日本語の音韻は、「っ」「ん」を除いて母音で終わる開音節言語の性格が強く、また共通語を含め多くの方言がモーラを持つ。アクセントは高低アクセントである。古来の大和言葉では、原則として
「ら行」音が語頭に立たない（しりとり遊びで「ら行」で始まる言葉が見つけにくいのはこのため。「らく（楽）」「らっぱ」「りんご」などは大和言葉でない）
濁音が語頭に立たない（「抱（だ）く」「どれ」「ば（場）」「ばら（薔薇）」などは後世の変化）
同一語根内に母音が連続しない（「あお（青）」「かい（貝）」は古くは [awo], [kapi, ka?i]）
文は、「主語・修飾語・述語」の語順で構成される。修飾語は被修飾語の前に位置する。また、名詞の格を示すためには、語順や語尾を変化させるのでなく、文法的な機能を示す機能語（助詞）を後ろにつけ加える（膠着させる）。これらのことから、言語類型論上は、語順の点ではSOV型の言語に、形態の点では膠着語に分類される（「文法」の節参照）。
語彙は、古来の大和言葉のほか、中国から渡来した漢語がおびただしく、さらに近代以降には西洋語を中心とする外来語が増大している（「語種」の節参照）。
待遇表現の面では、文法的・語彙的に発達した敬語体系があり、叙述される人物同士の微妙な関係を表現する（「待遇表現」の節参照）。
方言は、日本本土の東西および琉球地方で大きく異なる。さらに詳細に見れば、地方ごとに多様な方言的特色がある（「方言」の節参照）。様々な方言があるなか、明治以降の現代日本語では東京山の手の中流以上の方言（山の手言葉）を基盤に標準語（共通語）が形成されてきた（「標準語#日本の場合」参照）。
他の多くの言語と異なる点としては、まず、表記体系の複雑さが挙げられる。漢字（音読みおよび訓読みで用いられる）や平仮名、片仮名のほか、ラテン文字（ローマ字）など、常に3種類以上の文字を組み合わせて表記する言語は珍しい（「字種」の節参照）。