現行の機体塗装は2002年以降、新規導入機体だけでなく、旧日本航空グループの2代目「鶴丸」塗装や、吸収合併した旧日本エアシステムの「レインボー」塗装などが施された既存機の塗装にも重整備の際に順次導入された。
なお、日本航空グループとしてのブランドイメージ保持のために、複数種類の塗装が施されていた旧日本エアシステムの機材が率先して変更され、2006年4月に旧日本エシステムのエアバスA300-B2/B4型機が退役し、同年夏に売却先のアメリカへ移送されたと同時に、旧日本エアシステムの塗装は完全に消滅した。
旧日本航空の鶴丸塗装が施された機材は、2008年5月31日を以て全て運行が終了したことにより、多くのファンに惜しまれつつも消滅することとなった。
また、現行塗装機にも「たまごっち」やワンワールド加入記念、FIFAワールドカップ日本代表チーム（「Samurai Blue」）や「先得ジェット」、「成田国際空港開港30周年記念」などの複数の特別塗装機が存在している。
機内誌として「SKYWARD（スカイワード）」があり、日本語だけの国内線版と、日本語、英語記事併記（一部案内については韓国語、北京語、広東語表記もある）の国際線版が用意されている。なお同誌は一部の書店でも販売されている他、定期購読も可能である。
国際線の場合、併せてファーストクラスとJALグローバルクラブ会員向け配布用の「AGORA（アゴラ）」も搭載される他、ファーストクラスとビジネスクラス乗客に無料配布される地図とレストランリスト、観光やエンターテインメイント情報が記載された主な就航都市のガイドブック「JAL GUIDE」も搭載される。なお、これらの機内誌は無償で持ち帰りが可能である。
国内線の場合は、飛行時間が短いことや経費削減もあり、全日空やスカイマーク、エア・ドゥなどの競合他社と同じく機内誌以外の雑誌の搭載は行われていない（子供向けの絵本や子供向けの漫画単行本のみ）。
国際線の場合は、週刊文春や週刊新潮などの週刊誌の他、婦人画報やアンアン、BRUTUSやMen`s Exなどのファッション雑誌、東洋経済などの経済誌、セブンシーズなどのクラスマガジンなど数十種類の雑誌が搭載されている。また、タイムやニューズウィーク、ニューヨーカーやヴォーグなどの英語誌の他、出発地の地元有力誌も搭載されている。
国内線の場合、日本経済新聞、産経新聞、読売新聞、朝日新聞、毎日新聞などの全国紙と、ジャパンタイムスなどの英字紙、スポーツ紙、出発地の地元有力紙も搭載されている。国際線の場合は、上記に併せてウォールストリート・ジャーナルやフィナンシャル・タイムズなどの国際経済紙の他、出発地の地元言語の有力紙や出発国の日本語紙なども搭載されている。
現在国際線のほぼすべての機内クラスにおいて個人用液晶テレビが設置されており、ファーストクラス、ビジネスクラス、ボーイング777全クラスにはオンデマンド形式によるビデオ・オーディオ及びビデオゲームプログラムを提供しているが、ボーイング747-300のエコノミークラスや一部の機材には設置されていない。また国内線では一部のボーイング777-200に個人用テレビが設置されている。
路線や機内クラスにより異なる。詳細は下記「国際線」、「国内線」各欄を参照。
なお、国際線では通常の機内食の他に、糖尿病食や低カロリー食、低たんぱく食等の特別食や、ヒンドゥー教やイスラム教、ユダヤ教徒などのための機内食も用意されている他、12歳以下の子供用や幼児用の機内食も用意されている。なお、これらの特別機内食を希望する場合は事前の予約が必要である。
国内線には日本採用の客室乗務員（日本人や在日韓国人など）しか乗務しないものの、多くの国際線の路線においては日本採用の客室乗務員の他に、香港採用、上海採用、シンガポール採用、ヨーロッパ採用（フランクフルトとロンドン）、サンパウロ採用の客室乗務員がおり、各採用地を拠点に乗務している。なお、これらの客室乗務員は日本語や英語の訓練も受けているため、広東語や北京語、ポルトガル語などの現地語以外に日本語や英語も堪能である。
なお、過去には一部の国際線において、女性客室乗務員による着物着用のサービスが行われており、多くの外国人乗客から好評であった。しかし、経費削減と、機内で着用の手間がかかる上に緊急時の対応に支障が出ることにより、1980年代後半に廃止された。
子供向け玩具子供向け玩具信州まつもと空港のチェックインカウンター（左端が自動チェックイン機）
幼児から小学生程度の年齢の子供を対象とした子供向け玩具が年齢や性別に合わせて複数種類用意されており、希望者には無償で提供されている。
