大きく別けると、
初代:マーチン2-0-2に施された暫定塗装。
2代目:1952年の自社運航のダグラスDC-4B型機の導入時に採用された、初の正式塗装。赤と青のラインを用い、尾翼には機種名が大きく書かれていた。
3代目:1970年のボーイング747型機の導入時に採用された塗装。赤と紺のラインを窓の部分に配し(窓の部分にラインを引く、という塗装の仕方はパンアメリカン航空をはじめ、世界各国の大半の航空会社が採用していた)、垂直尾翼には大きな赤い「鶴丸」マークが入れられた。ちなみに、超音速旅客機の導入を睨んで、この塗装によるコンコルドの模型も作られたが、実現することは無かった。
4代目:1989年のボーイング747-400型機の導入に合わせて採用された2代目「鶴丸」塗装。ホワイトボディに、ランドーアソシエイツによるロゴを大きく配したもの(これも1980年代以降世界的に採用されるようになった塗装の仕方である)。ロゴは、黒い文字で「誠実さ、堅実さ」を、赤で「燃える情熱」を、グレーで「躍動感・スピード感」を象徴している。
5代目:2002年の日本航空と日本エアシステムとの経営統合を機に採用された「太陽のアーク」。先代と同じくランドーアソシエイツによるデザイン。
なお、それぞれの塗装は導入以降ロゴや書体の変更、ポリッシュドスキンバージョンの導入などの微調整が行われている他、アロハエクスプレスやリゾッチャ、創立50周年記念などの特別塗装が存在していた。
初の正式塗装(DC-8型機)
初代鶴丸塗装のボーイング747型機
2代目「鶴丸」塗装のボーイング777-200型機
現行塗装をベースにした「Samurai Blue」特別塗装のボーイング777-300ER型機
現行の機体塗装は2002年以降、新規導入機体だけでなく、旧日本航空グループの2代目「鶴丸」塗装や、吸収合併した旧日本エアシステムの「レインボー」塗装などが施された既存機の塗装にも重整備の際に順次導入された。
なお、日本航空グループとしてのブランドイメージ保持のために、複数種類の塗装が施されていた旧日本エアシステムの機材が率先して変更され、2006年4月に旧日本エシステムのエアバスA300-B2/B4型機が退役し、同年夏に売却先のアメリカへ移送されたと同時に、旧日本エアシステムの塗装は完全に消滅した。なお、旧日本航空の鶴丸塗装が施された機材は、2008年5月31日を以て全て運行が終了したことにより、惜しまれつつも消滅することとなった。
また、現行塗装機にも「たまごっち」やワンワールド加入記念、FIFAワールドカップ日本代表チーム(「Samurai Blue」)や「先得ジェット」などの複数の特別塗装機が存在している。
機内誌として「SKYWARD(スカイワード)」があり、日本語だけの国内線版と、日本語、英語記事併記(一部案内については韓国語、北京語、広東語表記もある)の国際線版が用意されている。なお同誌は一部の書店でも販売されている他、定期購読も可能である。
国際線の場合、併せてファーストクラスとJALグローバルクラブ会員向け配布用の「AGORA(アゴラ)」も搭載される他、ファーストクラスとビジネスクラス乗客に無料配布される地図とレストランリスト、観光やエンターテインメイント情報が記載された主な就航都市のガイドブック「JAL GUIDE」も搭載される。なお、これらの機内誌は無償で持ち帰りが可能である。
国内線の場合は、飛行時間が短いことや経費削減もあり、全日空やスカイマーク、エア・ドゥなどの競合他社と同じく機内誌以外の雑誌の搭載は行われていない(子供向けの絵本や子供向けの漫画単行本のみ)。
国際線の場合は、週刊文春や週刊新潮などの週刊誌の他、婦人画報やアンアン、BRUTUSやMen`s Exなどのファッション雑誌、東洋経済などの経済誌、セブンシーズなどのクラスマガジンなど数十種類の雑誌が搭載されている。また、タイムやニューズウィーク、ニューヨーカーやヴォーグなどの英語誌の他、出発地の地元有力誌も搭載されている。
国内線の場合、日本経済新聞、産経新聞、読売新聞、朝日新聞、毎日新聞などの全国紙と、ジャパンタイムスなどの英字紙、スポーツ紙、出発地の地元有力紙も搭載されている。国際線の場合は、上記に併せてウォールストリート・ジャーナルやフィナンシャル・タイムズなどの国際経済紙の他、出発地の地元言語の有力紙や出発国の日本語紙なども搭載されている。
現在国際線のほぼすべての機内クラスにおいて個人用液晶テレビが設置されており、ファーストクラス、ビジネスクラス、ボーイング777全クラスにはオンデマンド形式によるビデオ・オーディオ及びビデオゲームプログラムを提供しているが、ボーイング747-300のエコノミークラスや一部の機材には設置されていない。また国内線では一部のボーイング777-200に個人用テレビが設置されている。
路線や機内クラスにより異なる。詳細は下記「国際線」、「国内線」各欄を参照。
なお、国際線では通常の機内食の他に、糖尿病食や低カロリー食、低たんぱく食等の特別食や、ヒンドゥー教やイスラム教、ユダヤ教徒などのための機内食も用意されている他、12歳以下の子供用や幼児用の機内食も用意されている。