総督及び総務長官以外に総督官房、警務局、農務局、財務局、文教局、鉱工局、外事部、法務部などが設置され、これら行政機関以外に法院、刑務支所、少年教護院、警察官訓練所、交通局、港務局、専売局、台北帝国大学、各直属学校、農林業試験所などの司法、教育関係の部署を擁していた。
中央行政機構以外に、内政統治を行うための行政区域が設置され、日本統治の50年間に10回もの改変が行われている。1895年、台湾統治に着手した日本は台北、台湾、台南の3県と澎湖庁を設置した。その後組織可変が頻繁に行われ、1920年に実施した台北州、新竹州、台中州、台南州、高雄州、台東庁、花蓮港庁および澎湖庁（1926年高雄州より離脱）の5州3庁設置と、その下に置かれた市・街・庄（高砂族の集落には社が置かれた）の地方行政区域で最終的な地方行政区域が確定することとなた。この時の行政区域はその後の国民政府による台湾行政区域決定にも影響を与えている。なお、5州3庁は内地の都道府県に、市・街・庄および社は内地の市町村にそれぞれ相当する。また1920年の行政区域設定の際には、打狗を高雄、錫口を松山、枋橋を板橋、阿公店を岡山、媽宮を馬公としたような日本的地名等への改称が行われ、改称された地名は現在でも数多く使用されている。
行政区域面積
（k㎡）現在備考
台北州4,600.8台北県、台北市、基隆市、宜蘭県
新竹州4,573.0桃園県、新竹県、新竹市、苗栗県
台中州7,395.7台中県、台中市、彰化県、南投県
台南州5,444.2雲林県、嘉義県、嘉義市、台南県、台南市
高雄州5,721.9高雄県、高雄市、屏東県
台東庁3,515.3台東県屏東県の一部含む
花蓮港庁4,628.6花蓮県
澎湖庁126.9澎湖県1926年に高雄州より分割
詳細は台湾民主国を参照
1895年に日清戦争の敗北が決定的になった清朝は、戦争の早期講和を目指して同年4月17日に日本と下関条約を締結し、その際に日本が求めた台湾地域（台湾島と澎湖諸島）の割譲を承認した。
しかし台湾に住む清朝の役人と中国系移民の一部が清朝の判断に反発して同年5月25日「台湾民主国」を建国、丘逢甲を義勇軍の指揮官とし日本の接収に抵抗した。しかし日本軍が台北への進軍を開始すると、傭兵を主体として組織された台湾民主国軍は間もなく瓦解、台南では劉永福が軍民を指揮、また各地の民衆も義勇軍を組織して抵抗を継続したが、同年6月下旬、日本軍が南下、圧倒的な兵力・武器の差の前に敗退した。10月下旬に劉永福が大陸に逃亡、日本軍が台南を占領したことで台湾民主国は崩壊した。台湾軍民で戦死又は殺害された者は14,000人（『台湾史小事典』）に及んだ。
台湾民主国の崩壊後、台湾総督樺山資紀は1895年11月8日に東京の大本営に対し台湾全島の鎮圧を報告、日本による台湾統治が開始された。しかし12月には台湾北部で清朝の郷勇が台湾民主国の延長としての抗日運動を開始した。1902年になると漢人による抗日運動は制圧され、民間が所有する武器は没収された。これらの抗日運動で戦死又は逮捕殺害された者は1万人余り（図解台湾史）との説もある。
この時期の総統である児玉源太郎は鎮圧を前面に出した高圧的な統治と、民生政策を充実させる硬軟折衷政策を実施し、一般民衆は抗日活動を傍観するに留まった[4]。日本統治前期の抗日活動は台湾を制圧し清朝への帰属を目指すものであり、台湾人としての民族自覚より清朝との関係の中で発生した武装闘争であると言える。西来庵事件で台南刑務所より法院に押送される逮捕者
一旦は平定された抗日武装運動であるが、1907年に北埔事件が発生すると1915年の西来庵事件までの間に13件の抗日武装運動が発生した。規模としては最後の西来庵事件以外は小規模、または蜂起以前に逮捕されている。そのうち11件は1911年の辛亥革命の後に発生し、そのうち辛亥革命の影響を強く受けた抗日運動もあり、4件の事件では中国に帰属すると宣言している。また自ら皇帝を称するなど台湾王朝の建国を目指したものが6件あった。
詳細は霧社事件を参照
後期の抗日運動の中で大規模なものとして霧社事件がある。これは1930年10月27日に台中州能高郡霧社（現在の南投県仁愛郷）でサイディック族の大頭目莫那魯道が6部落の300余人の族人を率いた反日武装事件であり、小学校で開催されていた運動会会場に乱入し日本人約140人を殺害した。事件発生後総督府は原住民への討伐を決定、軍隊出動による討伐作戦を2ヶ月にわたって展開し、対立部族の協力も得た鎮圧作戦の結果700人ほどの抗日サイディック族が死亡もしくは自殺、500人ほどが投降した。その後生き残った約300人は川中島に移され、霧社タイヤル族は消滅した。
日本統治時代の台湾は植民地型経済構造であり、総論的には台湾の資源と労働力を日本内地の発展のために利用していたと言える。この経済構造は児玉源太郎総督の時代に基礎が築かれ、太平洋戦争により最盛期を迎えた。
