漂着物として、主に韓国、中国など日本海を航行する貨物船や漁船、また朝鮮半島や日本本土から不法投棄されるゴミが海流にのって、対馬や日本海沿岸に漂着する。その量は膨大で沿岸地方自治体の財政を圧迫するほどである。さらに、ロシアなどが遺棄していた放射性物質は深海を汚染しているおそれが大きく、カニや深海魚の汚染に不安感がもたれている。特に経済が悪化していた当時のロシアでは太平洋艦隊の古い原子力潜水艦の原子炉を日本海公海上の海溝に投棄していたことが問題とされている[1]。また、冬季の天候の悪化時に起きる海難事故では、ナホトカ号重油流出事故のように大量の重油で沿岸部を汚染する事件が多発している。中国、ロシア、韓国船の中には船内を海水で洗浄した廃油を海に投棄する船が後をたたない。主に冬から春にかけて、航行中の船から材木などが大量に流出し航行に危険をもたらす事件もおこっている。
沿岸部の岩礁地帯の植物が死滅して、焼いたサザエの殻のように、水面下の岩についた貝等の屍骸で磯全体が広範囲にわたって白く焼けたように見えることから、この呼び名がある。 日本海沿岸部全体で観察される現象で、沿岸部での魚の激減、えさの減少から沿岸部で産卵されて育つ人間に有用な魚の稚魚の成長が難しくなることなど、漁業全体への深刻な影響が懸念される。 川の水が流入する直近の場所では少ないことから、海水の変化が原因と考えられている。 海水の変化の理由として、有力な説は船底塗料等の中に含まれる環境ホルモンによる海洋汚染、流入する河川の治水による有機物の減少、最新の説には、温暖化による海水の有機物の減少（貧栄養化現象、栄養減化現象）をあげる説等があるが、原因は不明である。 なお、現代の磯を見慣れている人には「磯焼け」が常態であるのでこの言葉に実感はないが、半世紀前の人々が普通に見た磯（水中）は、岩などが見えないほど海草が生い茂っていたのである。
太平洋より種族数が少なく固有種も乏しいことから、日本海の形成時代はあまり古くないといわれている。カニなどの沿岸性底動物は一般に豊富で、能登半島を境にしてその動物相にやや変化がみられる。太平洋岸に比べ、対馬暖流の影響で南方系種族の北限がはるか北方にのびている。例を挙げると、サザエは日本海側では青森でも漁獲されるのに対し太平洋側では関東以北には現れない。 プランクトンは沿海沖の冷水域および陸棚上に多く、中央部に乏しい。種類は対馬暖流系の暖水種と、リマン寒流系の冷水種に分けられるが、両者の分布は水塊分布ほど明確に区分されず、混在海域が広い。北方系の魚類としては、ニシン、サケ、マス、タラなどがあり、南方系の魚類としてはやや温帯性に属するブリが多いが、代表的な暖水魚であるカツオ、マグロなどはほとんど漁獲されない。魚類としてもっと重要なものは温帯性のマダイ、マイワシ、サバ、カレイなどである。これらの分布を太平洋と比較すると、次のような特徴がある。
南方系魚類の回遊範囲は太平洋岸より北上し、北方系魚類の境界ははるかに南下している。
カツオ、マグロが少ないので、日本海中央のサバ延縄漁業以外に遠洋漁業が発達しない。
表層水は夏に高温になるが、わずか下層では寒冷となるため、表層でイワシ、サバ、タイなど温暖水魚がとれ、深海や海底ではタチウオ、タラなどの冷水魚がとれる。
天橋立、鳥取砂丘、千里浜海岸、丹後の鳴き砂など海と砂の作る不思議な海岸の光景が有名である。また、多くの風光明媚な観光地や天然記念物が散在し、北海道から対馬まで、観光資源としての価値もたかい。
暑寒別天売焼尻国定公園、ニセコ積丹小樽海岸国定公園、津軽国定公園、男鹿国定公園、鳥海国定公園、佐渡弥彦米山国定公園、能登半島国定公園、越前加賀海岸国定公園、若狭湾国定公園、北長門海岸国定公園、玄海国定公園、壱岐対馬国定公園など多くの地が国定公園の指定を受けているが、近時、道路港湾によりその風景は破壊されつつある。
多数のフェリー航路が設定されている。
東日本フェリー （室蘭 - 直江津 - 博多）※休航中
新日本海フェリー （舞鶴 - 小樽、敦賀 - 新潟 - 秋田 - 苫小牧（直行便もある）、新潟 - 小樽）
東日本海フェリー （稚内 - 大泊（コルサコフ））
関釜フェリー（下関 - 韓国・釜山）
高速船「ビートル」（福岡 - 韓国・釜山）
オリエントフェリー（下関 - 中国・青島）
オリエントフェリー（下関 - 中国・太倉）
また、上海から北米への航路は日本海から津軽海峡を経て太平洋に抜けるのが夏場は普通である。