人権規定は、主に第3章にまとめられている。人権は、包括的自由権、法の下の平等、精神的自由、経済的自由、人身の自由、受益権、社会権、参政権などに大別される。
まず包括的な人権規定、包括的自由権である生命・自由・幸福追求権（13条）がある。プライバシーの権利、自己決定権などの新しい人権は、同条により保障される。また、14条では法の下の平等が定められる。同条2項は貴族制度の禁止と栄典に伴う特権付与の禁止を定める。同条のほか、24条では両性の平等が、44条では選挙人資格などの平等が定められている。
精神的自由のうち、内面の自由としては、思想・良心の自由（19条）、信教の自由（20条）、学問の自由（23条）がある。20条1項（後段）及び3項は89条と共に、政教分離原則を定める。学問の自由からは、大学の自治および学校の自治が導き出される。表現の自由は21条に定められる。同条では、明文にある集会の自由・結社の自由・出版の自由や言論の自由のほか、知る権利、報道の自由・取材の自由、選挙運動の自由など、重要な人権が保障されている。また、同条2項では、検閲の禁止と通信の秘密が保障されている。
経済的自由としては、まず22条1項では、職業選択の自由を保障している。ここからは営業の自由が導き出される。また2項と共に、居住移転の自由、外国移住の自由、海外渡航の自由、国籍離脱の自由も保障されている。29条では、財産権が保障されている。
人身の自由は、まず18条で、奴隷的拘束からの自由が定められる。31条では適正手続の保障が規定される。刑事手続に関する詳細な規定は、日本国憲法の特徴とされる。これには、不当な身柄拘束からの自由（34条）、住居等への不可侵（35条）など被疑者の権利と、公務員による拷問及び残虐な刑罰の禁止（36条）、公平な裁判所の迅速な公開裁判を受ける権利、証人審問権・喚問権、弁護人依頼権（37条）、自己負罪拒否特権（38条、黙秘権）、刑罰不遡及（39条）、二重の危険の禁止（一事不再理、39条）など被告人の権利がある。
大日本帝国憲法体制からの経験則として、英米法の経験則が導入された経緯がある。大日本帝国憲法では、法律によらなければ、逮捕・監禁・審問・処罰を受けないと定めていたが、実際には警察による拷問などが行われ、人身の自由の保障は不十分だった。
なお、人身の自由に関する憲法直接付属法は人身保護法（昭和23年法律第199号）である。この人身保護法に関する細則は、最高裁判所規則である人身保護規則（昭和23年最高裁判所規則第22号）に定められる。同法及び同規則によれば、人身保護事件の審理は、原則として民事訴訟の手続で扱われる（規則33条、46条）。人身保護法は、人身の自由を奪い、あるいは制限・拘束をする者を、公務員・公的機関に限定していない。
受益権とは国務請求権ともいう。国民が国家に対し、行為や給付、制度の整備などを要求する権利である。受益権には、請願権（16条）、裁判を受ける権利（32条）、国家賠償請求権（17条）、刑事補償請求権（40条）などがある。
社会権とは、個人の生存・教育・維持発展などに関する給付を、国家に対し要求する権利である。社会権には、生存権（25条）、教育を受ける権利（26条）、勤労の権利、労働基本権（27条、28条、労働三権）などがある。