日本においては、日本国憲法第76条で「すべて司法権は、最高裁判所及び法律の定めるところにより設置する下級裁判所に属する。」と定め、裁判所が司法権を行使する国家機関とされ、裁判所の構成は裁判所法（昭和22年法律第59号）に定められる。
裁判所法によれば、裁判所は、全国に一つの最高裁判所（最高裁）と下級裁判所からなる。最高裁判所は、最高裁判所長官（1名）と最高裁判所判事（14名）の計15名の裁判官により構成される（5条）。下級裁判所には、高等裁判所（高裁）、地方裁判所（地裁）、家庭裁判所（家裁）、簡易裁判所（簡裁）がある。下級裁判所の裁判官は、高等裁判所の長たる裁判官を高等裁判所長官とし、その他の裁判官を判事、判事補及び簡易裁判所判事とする（同条）。
高等裁判所には支部を置くことができ（裁判所法22条）、地方裁判所・家庭裁判所には支部または出張所を置くことができる（同31条、31条の5）。2005年（平成17年）4月には、知的財産権に関する事件を専門的に取り扱う裁判所として知的財産高等裁判所（知財高裁）が、東京高等裁判所の「特別の支部」として設置された。
2006年（平成18年）4月現在のそれぞれの数は以下の通り。
最高裁判所：1庁
高等裁判所：8庁（支部：6庁、知的財産高等裁判所：1庁）
地方裁判所：50庁（支部：203庁）
家庭裁判所：50庁（支部：203庁、出張所：77庁）
簡易裁判所：438庁
詳細は司法行政権を参照
裁判所を設営・管理する行政作用を司法行政という。日本国憲法の下では、最高裁判所規則の制定をはじめとする司法行政を行う権限（司法行政権）の多くは、最高裁判所以下の裁判所に帰属する（憲法77条1項、80条、78条後段。裁判所法64条、83条1項。）。司法行政事務は、裁判官会議の議によって行われるのが原則である。
司法行政の監督については、最高裁判所が最高監督権者とされる（裁判所法80条1項）。この監督権は、裁判権に影響を及ぼしたり、制限することはできないと解されている。もっとも、司法行政の実権を握る最高裁判所事務総局は、裁判官の人事・処遇を通じて、裁判の内容に影響を与えているとする見方もある[2]。
大日本帝国憲法の下では、司法行政権は、行政権の一部門である司法大臣の監督下にあった。日本国憲法の下では、司法権の独立を確立・強化するため、裁判所に司法行政権も帰属することとした。
詳細は特別裁判所を参照
日本国憲法では、特別の事件や人を裁判の対象とする特別裁判所は、設置することができないと定める（憲法76条2項）。この規定は、平等原則や司法の民主化、法の解釈の統一などを、その趣旨とする。なお、家庭裁判所のように、特定の種類の事件を扱う裁判所であっても、通常の裁判所の系列に属する下級裁判所として設置される裁判所は、特別裁判所にあたらないと解されている[3]。
また、憲法は「行政機関は、終審として裁判を行ふことができない。」とも定めた（同条項）。