特別の機関
日本学士院
日本芸術院（文化庁に置かれる特別の機関）
地震調査研究推進本部
日本ユネスコ国内委員会
地方支分部局
水戸原子力事務所
この省庁には財務省や総務省、厚生労働省のような「○○地方?局」や「地区?事務所」といった地方出先の支分部局がないのが特徴である。
外局
文化庁（文化庁の組織については、文化庁の記事を参照のこと）
すべて、いわゆる非公務員型の独立行政法人である。
独立行政法人国立特別支援教育総合研究所
独立行政法人大学入試センター
独立行政法人国立青少年教育振興機構
独立行政法人国立女性教育会館
独立行政法人教員研修センター
独立行政法人科学技術振興機構
独立行政法人日本学術振興会
独立行政法人理化学研究所
独立行政法人宇宙航空研究開発機構
独立行政法人日本原子力研究開発機構
独立行政法人日本スポーツ振興センター
独立行政法人日本学生支援機構
独立行政法人海洋研究開発機構
独立行政法人国立高等専門学校機構
独立行政法人大学評価・学位授与機構
独立行政法人国立大学財務・経営センター
独立行政法人メディア教育開発センター
独立行政法人国立科学博物館
独立行政法人物質・材料研究機構
独立行政法人防災科学技術研究所
独立行政法人放射線医学総合研究所
国立大学法人
86法人 - 各都道府県に1法人以上
大学共同利用機関法人
大学共同利用機関法人人間文化研究機構
国立歴史民俗博物館
国文学研究資料館
国際日本文化研究センター
総合地球環境学研究所
国立民族学博物館
大学共同利用機関法人自然科学研究機構
国立天文台
核融合科学研究所
基礎生物学研究所
分子科学研究所
生理学研究所
大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構
素粒子原子核研究所