歴史上多くの王や貴族などの支配者は政治家であると同時に軍人でもあった。軍事力を常に掌握しておくことが、政治的権力の維持のためにも必要であり、また外交が発展する近代までは安全保障の重要性が今以上に高かったためであると考えられる。また軍隊の組織も発展途上であり、軍事戦略・作戦・戦術に関する理論体系も整っておらず、兵器も原始的なものであったために専門的な知識・技能がなくとも作戦部隊の指揮官としての仕事がこなせたことも大きな要因である。
しかし、近世以降戦争が高度化・複雑化してくるとともに軍事に関して専門的な知識・技能を持つ人材の確保が軍隊の急務になってきたため、高度な専門知識・技能を習得した職業軍人が中枢を占めるようになってきた。それと同時に、まだ当時は軍隊に残っていた王族や貴族といった政治家勢力を軍隊から排除することが軍隊の指揮統率の合理化の上で必要である、ということが職業軍人たちから主張されるようになり、軍事の政治との分離が進んだ。これが軍隊の専門化を進め、現代の文民統制の基本形となっている。
文民統制は17世紀から18世紀のイギリスにおいて登場した。中世の国王の軍事力乱用やクロムウェルの独裁政治の影響から国王の常備軍を危険視する声が高まり、議会と国王の権力闘争が行われた中、1688年の名誉革命と翌年の権利章典によって、議会が軍隊を統制することによって国王の権限を弱体化させようとした。しかし議会はその意思決定に多大な時間がかかり、また軍事に関する決定事項は膨大であるために軍隊の仕事がしばしば滞り、結局後に議会は軍隊の指揮監督権を国王に返還した。1727年に責任内閣制が発足して陸軍大臣が選ばれたが、軍隊の総司令官の人事権と統帥権は国王にあったため、陸軍大臣は軍事政策に関する権限のみ委託されており、二元的な管轄が残っていた。
本格的に政軍関係問題が浮かび上がったのは19世紀に入り、プロフェッショナル将校団が台頭してきたことに起因する。プロイセン王国の将校であったカール・フォン・クラウゼヴィッツが、自著『戦争論』のなかで、「政治が目的であって戦争は手段である」と述べて政治の軍事に対する優越を論じ、その上で「戦争がそれ自身の法則を持つ事実は、プロフェッショナルの職業軍人に外部から邪魔されずにこの法則にしたがって専門技術を発展させることが認められることを要求する。」として軍事専門家組織としての軍隊の確立を要求した。これが現代の文民統制の原型である。また同時に効率的に軍事を政治の統制下におくために、「武官を入閣させるべきである」と論じた。しかしクラウゼヴィッツの理論は後世の研究者たちによって「政治を軍事行動に奉仕させるために、武官を入閣させるべきである」と誤解され、第一次世界大戦や第二次世界大戦における総力戦の理論に転用され、大量殺戮・破壊の背景となった。
第一次世界大戦前夜のドイツにおいては、総動員の速度差で、東西2正面の敵国を各個撃破するという軍事戦略が、唯一の方法として決定されていた。 この戦略を採る場合、動員の速度差に依存する関係で、自国の制御下にない敵国が総動員をかけてしまうと、自国の政治決断を待たずに即、自国も戦争準備に入らねばならないことになり、結果的に自国の元首による開戦決定という、文民統制の基本中の基本が不可能になった。 如何に有利に見える軍事戦略でも、それが軍事以外の視野を持たない場合、国家の自律性そのものを危うくしてしまう。このことは、軍事の統制権が簡単に失われかねない事例として、文民も、深く教訓として心に留めておくべきであろう。 このような作戦を立案しながら、説明を欠いた軍人側の無節操、重要な総動員指令に関して、充分な検討を行わなかった文民側の失策である。結果として、軍事戦略以外の視野を持つものが指導力を持たなかった第一次世界大戦後半のドイツにおいては、軍事戦略が国家戦略に優先すべきと考えたルーデンドルフが陸軍参謀総長として、権勢をふるい、軍事的勝利のみを追及して休戦にいたるまでに時間がかかった。ドイツ軍の優勢な時期での小さな譲歩の機会、アメリカとの外交の機会、などを全てを失してしまい、講和条約の締結においては、連合軍に大幅な譲歩を強いられている。軍事戦略以外の視野を持つものが指導力を持たない場合、外交、経済の面での、交渉準備、国家指導、ひいては軍事行動の目的そのものがおろそかになり、結果的に悲惨な結末をもたらすケースの、好例である。 第2次大戦後の金融システムまで、戦争指導に組み込んで居たアメリカ政府の例を見ても、優れた文民による統制は、優位を生む。
米国は軍隊を創設した当初から強力な常備軍を持たないことを掲げ、その統帥権を伝統的に文民政治家に委ねてきた。独立戦争においてワシントンが最高指揮官となり、南北戦争においてもリンカーンが戦争指導を行った。合衆国憲法においては大統領は軍隊の最高指揮官であると定めており、大統領が軍隊を統帥し、軍隊の維持および宣戦布告は議会の権限であると定めていた。そのために第二次世界大戦時のアメリカ合衆国においては文民統制が機能しており、フランクリン・ルーズベルト大統領は、ウィリアム・リーヒ統合参謀本議長との協議を通じて戦争指導を行った。
朝鮮戦争時においては、国連軍の司令官であったダグラス・マッカーサーが軍事的合理性から、核兵器の使用を含めた中華人民共和国への攻撃を示唆した。これに対し、トルーマン大統領は、中国への攻撃は、軍事面からは必要かもしれないが、全体的な国際情勢の観点から不利益となりうると考え、マッカーサーと意見が対立したために彼を罷免した。
ベトナム戦争において現地の総司令官ウェストモーランドは「政治がガイダンスを示さないために軍人が政治に介入せざるを得なかった」として国家戦略の不在のために軍事作戦の目的が曖昧化していたと述べており、また当時のアメリカ第7空軍司令官は政府の指令を30回も破っていたことに示されるように、常に文民統制が効率的に機能していたわけではない。