東京都:東を台東区、南を千代田区と接し、南西に新宿区、北西に豊島区があり、北に北区と荒川区が一部接している。
各地域大塚(おおつか)音羽(おとわ)春日(かすが)小石川(こいしかわ)後楽(こうらく)小日向(こひなた)水道(すいどう)関口(せきぐち)千石(せんごく)千駄木(せんだぎ)西片(にしかた)根津(ねづ)白山(はくさん)本駒込(ほんこまごめ)本郷(ほんごう)向丘(むこうがおか)目白台(めじろだい)弥生(やよい)湯島(ゆしま)
区内を地下鉄6路線が走る。JRの駅はないが、山手線及び湘南新宿ラインの線路が本駒込六丁目をわずかな距離ながら通っている。 また、御茶ノ水駅、水道橋駅、飯田橋駅、大塚駅、巣鴨駅、駒込駅などは区界から至近であり、利用は十分に可能である。
東京地下鉄(東京メトロ)
丸ノ内線
新大塚駅 - 茗荷谷駅 - 後楽園駅 - 本郷三丁目駅 - 御茶ノ水駅
南北線
駒込駅 - 本駒込駅 - 東大前駅 - 後楽園駅(駒込駅は登記上豊島区。駅の大部分は豊島区だが、本駒込六丁目にも出入り口が設置されている。)
有楽町線
護国寺駅 - 江戸川橋駅
千代田線
千駄木駅 - 根津駅 - 湯島駅
東京都交通局(都営地下鉄)
都営三田線
千石駅 - 白山駅 - 春日駅 - 水道橋駅
都営大江戸線
上野御徒町駅 - 本郷三丁目駅 - 春日駅 - 飯田橋駅(上野御徒町駅は登記上台東区だが、ホームの一部が湯島三丁目にはみ出ている。)
道路
首都高速道路
5号池袋線が区南西を横切り、池袋方面から、目白台に護国寺出入口、新宿区と接して早稲田出口、飯田橋出入口と神田方面に続く。
国道
国道17号 - 日本橋起点の国道17号は、御茶ノ水付近から区中央を本郷通り、旧白山通り、白山通りとして横断し巣鴨方面へ抜け、新潟市まで至る。
国道254号 - 本郷三丁目交差点を起点に国道254号は池袋・川越方面に抜け、群馬県を経由して長野県まで至る。区内では春日通りの一部がこの国道になる。
都道
目白通り(東京都道8号千代田練馬田無線)
本郷通り(東京都道403号大手町湯島線、東京都道455号本郷赤羽線)
外堀通り(東京都道405号外濠環状線)
音羽通り(東京都道435号音羽池袋線)