現在の文京区に人が住み始めたのはおよそ18,000年前頃の旧石器時代と考えられている。区内28カ所に縄文遺跡が確認され、本郷台地周辺で貝塚と縄文土器が多数発見されている。1884年（明治17年）に向ヶ丘弥生町（現在の弥生一丁目）で発見された土器は、その発見地から弥生式土器と命名され、弥生時代の名の由来となっている。

明治29年に六義園（本駒込6丁目）から本郷通りの東側（現在の本駒込5丁目）で弥生後期の遺跡が発見されている。豊島区と文京区の区界にまたがって広がる遺跡。中世に至り上杉氏の支配下に入り太田氏・豊島氏などの豪族の影響を受け、後北条氏の支配地となり徐々に発展していったようである。

1590年（天正18年）、徳川家康の江戸幕府により、数多の武家屋敷や寺社が建った。徳川光圀（水戸黄門）で有名な徳川御三家の一つ、水戸徳川家屋敷をはじめ、徳川家康の生母である於大の方が埋葬された伝通院、五代将軍徳川綱吉の生母桂昌院の願いにより創建された護国寺などの寺社。

三代将軍徳川家光の乳母である春日局、大奥の奥女中であった音羽が土地を拝領した事から「春日」「音羽」など現在でも地名として使われる。 大政奉還後は十五代将軍徳川慶喜が旧小日向(春日)居住。 江戸時代は、区内の大半が武家地によって占められていたため、町人町の拡大は広大な武家地によって妨げられていたが、中期には区域の多くが市街化し、後期には中山道の街道筋に商店が建ち並ぶなど商業が活発化した。明治時代に入り広大な武家屋敷の跡地は、大学などの教育機関の敷地や軍用に転用された。

区内には、幕府の官学の府ともいうべき湯島聖堂、昌平坂学問所があった。 昌平坂学問所跡に師範学校、女子師範学校が設立され、東京大学が現在地に移転を完了し、文教地区文京の特色が鮮明になった。 一方、水戸徳川家の上屋敷内の庭園が現在の小石川後楽園となり、五代将軍徳川綱吉の大老柳沢吉保の六義園が返還され、国の名勝になるなど、都心の貴重な緑地を今に残している。

1878年（明治11年）、郡区町村編制法により小石川区と本郷区成立。広大な加賀前田家の屋敷跡に帝国大学（現東京大学）設置、大学周辺に出版社が集まり、それに伴って多くの文人達が集まり、坪内逍遥、森鴎外、夏目漱石、樋口一葉などが居を構えた。その後都市化が進むが、本郷通りなどの大通りから一歩住宅街へ入ると江戸や明治の名残ある場所が多数残されている。

1937年（昭和12年）、東京砲兵工廠の跡地に後楽園スタジアム（現在の東京ドーム）が誕生し、戦後のプロ野球復活と共に娯楽地として発展する。 1947年（昭和22年）、市街地編成として小石川区と本郷区が合併し文京区誕生（1947年（昭和22年）3月5日公布、同年3月15日施行）。区の名称は『文京』の名が書きやすく、“文教の府”のイメージと一致しているとして、両区の区議会で採用された。

1999年（平成11年）、35年ぶりに人口増加へ転じている。

人口

文京区と全国の年齢別人口分布図（比較）文京区の年齢・男女別人口分布図
■紫色は文京区
■緑色は日本全国■青色は男性
■赤色は女性

1980年202,351人
1985年195,876人
1990年181,269人
1995年172,474人
2000年176,017人
2005年189,632人

総務省統計局 / 国勢調査（2005年）

行政

区長

成澤廣修（なりさわ ひろのぶ）（任期：2011年4月26日）

経済

出版・印刷業が盛んであり区内製造業出荷額の9割を占めるほか、医療機関が多いことから、医療機器関連、秋葉原に近いことから、情報通信関連の産業も盛んである。 区内の産業を活性化するために産業情報ネットワーク「BUN-NET」を区が運営している。

姉妹都市・提携都市

カイザースラウテルン市（ドイツ、ラインラント＝プファルツ州）

隣接している自治体

東京都：東を台東区、南を千代田区と接し、南西に新宿区、北西に豊島区があり、北に北区と荒川区が一部接している。

地域

各地域大塚（おおつか）音羽（おとわ）春日（かすが）小石川（こいしかわ）後楽（こうらく）小日向（こひなた）水道（すいどう）関口（せきぐち）千石（せんごく）千駄木（せんだぎ）西片（にしかた）根津（ねづ）白山（はくさん）本駒込（ほんこまごめ）本郷（ほんごう）向丘（むこうがおか）目白台（めじろだい）弥生（やよい）湯島（ゆしま）