掃海艇が機雷を排除する方法には、掃海具を曳航して機雷を処分する機雷掃海と、機雷探知機により機雷を捜索し、発見した機雷を処分する機雷掃討の二つの方法が有る。このため、掃海艇は船体後部に機雷排除用の装備を各種搭載している。
各種機雷の詳細については機雷#機雷の種類参照
機雷掃海用には係維機雷を掃海するための係維掃海具、感応機雷を掃海するための感応掃海具が有る。
係維掃海具は掃海艇が曳航する掃海具に取付けられた機械式もしくは火薬作動式のカッターにより、係維機雷の本体と錘をつなぐ係維索を切断するのに用いる。浮上した機雷本体は掃海艇が機関砲などにより銃撃し爆発させ処分するほか、ヘリコプターから水中処分員（EOD）が降下し爆薬を設置して爆破することもある。
感応掃海具には、磁気掃海具と音響掃海具がある。前者は曳航した電線に電流を流すことで海中に磁界を発生させる装置で、これにより磁気機雷を作動させて処分する。後者は発音体とその曳航装置からなり、発音体が発する船舶のスクリュー音に類似した音波で音響機雷を作動させ処分する。
水圧機雷を効率的に掃海できる掃海具は未だ研究中である。
機雷掃討は掃海が困難な水圧機雷が出現した事により考案された。これは機雷探知機により機雷を捜索し、発見した機雷を処分用の爆雷やカッターで爆破するという処分方法である。爆雷やカッターは、時限式もしくは掃海艇からのコマンド信号により作動する。初期にはこれらの処分装置の設置を、掃海艇の支援を受けたディンギーと呼ばれる小型艇で行っていたが、ディンギーの乗員にとってこれは危険な作業だった。そのため現在では爆雷およびカッターの設置は自律形水中ロボットによって行うのが主流となっている。
機雷探知機は超音波により水中の機雷の捜索･種類の類別を行う装置である。目標の捜索および類別のために、異なるいくつかの周波数帯を使用する。小さな機雷の探知には高い周波数帯を使うが、この場合、探知精度が高くなる代わりに有効捜索距離は短くなる。探知機は当初は掃海艇の船体に直接装備されるか、または曳航されていたが、対潜水艦用に深深度に敷設される機雷が出現する水面からの探知が困難となった。このため、探知機を任意の深度に吊り下げ曳航するVDS方式が用いられるようになった。さらに、探知した目標に自走して接近、爆発するホーミング機雷など危害範囲が格段に広い機雷が出現するようになると、危険を避けるため探知機は掃海艇の前程に出すことが必要になった。このため、近時では探知機に推進装置を付けたPVDS方式に移行しようとしている。
このPVDS方式の探知機に爆雷、カッターを装備した物も現れたが、そのような多機能化した処分具は非常に高価で、そのような処分具を目標とし攻撃できる機雷も出現したため問題となった。そこで、PVDS方式の探知機を出来るだけ簡略化し運用される方向にある。このため自走爆雷という一種の使い捨ての処分具も出現しておりドイツのSea-Foxが有名である。
掃海艇は機雷に接近しても機雷が作動しないよう工夫がされている。昔から掃海艇は係維式の触発機雷に触雷しないように喫水が浅くなっている。また、喫水が浅いため航行により発生する水圧変化が小さく、これが水圧機雷に対して有効な対策となっている。
船が持つ磁気に反応する磁気機雷対策のために、掃海艇の船体は磁気を帯びない素材で作られる。船体の形状にもよるが、主に木や繊維強化プラスチック（FRP）などが使われている。木材に強化プラスチックのコーティングを施すなどして、両方を組み合わせることもある。船体材料については各国ごとに特徴がありドイツは非磁性鋼を、それ以外のヨーロッパ諸国はFRP製を、アメリカは木材にFRPのコーティングを施した材料を採用している。日本の海上自衛隊が保有するひらしま型までの掃海艇の船体は木製であったが現在（2007年12月）計画中の20MSCからはFRP製の船体が採用されることとなった。また、船体磁気を打ち消すため各種磁界に即した消磁コイルを装備している艇もある。最近では、軽くて強度のあるカーボン製の船体が注目を集めている。海上自衛隊がペルシャ湾への掃海に派遣されたときは掃海艇は木造船も含まれていたが、この掃海艇の特殊性を理解していなかった一部の新聞で「木造船などで派遣させるとは」との否定的意見が掲載されていた。
音響機雷への対策としては主機、発電機等を防振ゴムの上に載せたり、天井から吊り下げた特殊な架台に載せたりして外部へ振動が伝わらないようにされている。
掃海艇の艇内編成を示すため、ここでは海上自衛隊の掃海艇を例に示す。 海上自衛隊の掃海艇の艇内の編成は、「自衛艦の艦内の編制等に関する訓令」（昭和47年海上自衛隊訓令第17号）及び「自衛艦の艦内の編制等の細部に関する達」（昭和47年海上自衛隊達第32号）により、次の通りとなっている。幹部自衛官は、艇長・船務長・掃海長・処分士（水中処分員が乗り組んでいる艇に限る。）・機関長の5名が配属される。補給長は船務長（誰が兼務しても良い）が兼務しているのが、一般的であり、専門的業務は隊司令部に所属している隊補給が行っている。船体消磁については、電機員が担当しており、この関係で船務長ではなく機関科（長）が担当している。また、潜水は処分士が総括しており、処分士は掃海科に配置されている。このように下記の訓令などとは、かなりの相違があることに注意されたい。
艇長
三等海佐又は一等海尉。指揮系統に従い、上級指揮官の指揮監督を受け、艦務又は艇務を統括する。
船務科
情報、電測、通信、暗号、船体消磁、航行、信号、見張、操舵及び気象に関することを所掌する。
掃海科
掃海、敷設、水中処分、射撃、照射、運用、発射及び水測に関することを所掌する。
機関科
主機関、補機、電気、応急、工作及び潜水に関することを所掌する。
補給科
経費、物品の取扱い、給食、福利厚生、庶務、文書及び人事事務に関することを所掌する。
脚注^ 但し、戦後のソ連海軍やロシア海軍などでは、排水量を基準に5種類の区分がなされている。すなわち、排水量600 - 1300 tのものを海洋掃海艦(морские тральщики)、600 tまでのものを基地掃海艇(базовые тральщики)、250 tまでのものを泊地掃海艇(рейдовые тральщики)、100 tまでのものを河川掃海艇(речные тральщики)、より小型のものを掃海ランチ(катерные тральщики)としている。なお、艦か艇かについては日本語の問題で、ロシア語では区別なく「掃海する者」(тральщики)という単語を用いている。
関連項目
軍艦
機雷
機雷戦
海上自衛隊 設立時掃海部隊の存在が深くかかわっている。
海上自衛隊呉史料館 掃海の歴史と技術に関連した常設展示がある。
日本の掃海艇
参考文献
航路啓開史編纂会『日本の掃海?航路啓開五十年の歩み』図書刊行会、1992年。ISBN 4336033579