弥生時代は、前代（縄文時代）とはうってかわって、集落・地域間の戦争が頻発した時代であったとされる。 集落の周りに濠をめぐらせた環濠集落や、低地から100m以上の比高差を持つような山頂部に集落を構える高地性集落などは、集落間の争いがあったことの証拠とされ、また、武器の傷をうけたような痕跡のある人骨（受傷人骨）の存在なども、戦乱の裏づけとして理解されてきた。 しかし、近年ではこうした一面的な理解に対する反論も多く、未だ定説となるに至っていない。
弥生時代前期の墓には、人骨の胸から腰にかけての位置から十五本の石鏃が出土した例がある。 このように、多くの石鏃が胸部付近に集中して見つかる墓の事例は、瀬戸内海を中心とする西日本一帯に比較的多く見られる。以前には、こうした例は、戦闘の際に矢を何本も射込まれて、やっと倒れた人物と解釈されることが多く、「英雄」などとも呼ばれた。 しかしながら近年では、矢を特定の部位に集中して射込まれていることの不自然さから、むしろ埋葬の際に副葬品として鏃を胸のあたりに埋納した、あるいは何らかの儀礼的行為の際の犠牲（生け贄）となって胸に矢を射込まれたなどといった解釈も現れている。 また、北部九州では、前期から中期にかけて銅剣・銅戈・石剣・石戈の切っ先が棺内から出土することが多い。
こうした例は、従来、武器を人体に刺突した際に先端が折れて体内に残ったものと解釈されてきたが、これも、武器の先端を折りとって副葬品として棺内に埋納するという風習があったのではないかといった反論がだされており、決着はついていない。 さらに、佐賀県吉野ヶ里遺跡や福岡県隈・西小田遺跡などでは、甕棺内に頭部を除く全身が埋葬されていたと考えられる事例が見つかっており、しばしば戦闘の際に敵に頭部を切り取られた死者を連れ帰り、埋葬したものと理解されているが、このような例が本当に戦闘の犠牲者なのか、それとも何らかの儀礼的行為によるものなのかは実際のところは未だ論証されていない。
これに対して、受傷人骨の中でも、明らかに武器によってつけられたと考えられる傷のある人骨の存在は、戦闘の存在を示す証拠として扱うことが可能である。 例えば、額から右眼にかけて致命的な傷痕があり、更に右手首を骨折していた人骨が見つかっているが、右手首の骨折は、攻撃から身を守る際につけられる、防御創と呼ばれる種類の傷としては一般的なもので、争いによる受傷者である可能性は極めて高い。また、人骨に武器の切っ先が嵌入している事例も、北部九州を中心に数例が確認されているが、これらは武器による受傷人骨であることが明らかである。 このような受傷人骨の例は縄文時代にもないわけではないが、弥生時代には前代と比べて明らかに数が増加しており、縄文時代と比べて戦闘が頻繁に起こったことは確実といえる。
また、戦闘の証拠とされる上記のような事例のうち、武器の切っ先が棺内から出土する例、頭部がない人骨、あるいは人骨に残る受傷例などは、前期後半?中期前半の北部九州地域、特に福岡県小郡市を中心とした地域に多く認められることが特徴的である。 弥生前期後半から中期前半は、西日本の多くの地域で集落が可耕地に乏しい丘陵上へと一斉に進出することが指摘されており、各地域において弥生集団が急激な人口の増加を背景に可耕地の拡大を求めた時期であるとされる。 この可耕地の拡大が原因となって、各地で土地と水に絡む戦いが頻発したものと考えられ、中でも北部九州における受傷人骨の多さは、こうした争いが頻発した証拠と考えられている。なお、中期後半以降は受傷人骨や切先が棺内から出土する例は減少する。
環濠集落は、このような集団同士の争いに備えた防衛集落であったと考えられていた。
しかし、環濠集落の出現は、未だ戦闘の証拠がほとんどない弥生時代早期にさかのぼること（福岡県江辻遺跡、同那珂遺跡群など）、受傷人骨などの事例から戦乱が頻発したと考えられる前期後半?中期前半、特に中期初頭以降の北部九州ではむしろ環濠集落の事例は少ないこと、しばしば環濠を掘削する際に排出された土を利用して環濠の外側に盛り土をした痕跡のある事例が報告されているが、環濠の外側に盛り土をすることによって、外敵を有利にしてしまう（外敵は、盛り土を矢避けにしたり、盛り土の上から攻撃できる）ことなどから、環濠集落と戦乱とを直接的に関連づける、すなわち環濠集落を防衛集落と考える研究者は最近では少なくなってきており、それよりは、環濠を掘削するという大規模な土木作業を共同で行うことによって共同体の結束を高めることが目的であったとか、環濠によって集団を囲い込むことによって集団意識を高めることが目的であったなどといった議論も提出されてきている。
しかしながら、弥生時代後期の高地性集落にしばしば環濠が掘削されていること、環濠内に逆茂木（さかもぎ）と呼ばれる防御施設が設置された事例が認められること（愛知県朝日遺跡など）などから、環濠自体に防御的な機能を持たせた事例が存在することもまた明らかであり、環濠の性格については地域・時期によって異なる意味づけを持たせるべきではないかといった主張は説得力がある。
一方、やはり古くから防衛集落と目されてきた集落の類型として、高地性集落が挙げられる。 高地性集落は、弥生時代中期後半?末（IV期後半?末）、そして後期中葉?末（V期中葉?末）に瀬戸内沿岸から大阪湾にかけて頻繁に見られるもので、弥生時代の一般的な集落からみて遙かに高い場所（平地からの比高差が50?300メートル以上）に営まれている集落のことである。 北部九州から北陸・中部・東海地域などといった広い範囲に分布する。1970年代までは、畿内IV期がおおよそ北部九州の後期前半、畿内V期が後期後半に併行するとされ、実年代では紀元50年?250年ごろに比定されていた。 史書にある、いわゆる倭国大乱は、各種の史書に記載された年代がおおよそ2世紀後半?末に当たり、当時の年代観ではおおよそ畿内IV期末?V期前半期に該当していた。 このため、高地性集落の盛行は倭国大乱を原因とするものだという理解が主流であった。しかし、畿内と九州の年代の併行関係が是正されると、倭国大乱は畿内V期後半?末に該当し、畿内IV期の高地性集落とは時代的に整合的でないとされ、これらは倭国大乱とは無関係とする意見が主流を占めるようになった。 このため、畿内IV期の高地性集落については、この時期に史書には記載されない戦乱があったという主張の他に、背景に戦乱を想定する必要はないという意見も見られるようになった。特に後者の場合、見晴らしがよい立地に住むことで、海上交通の見張り役となっていたとか、畑作を主とする生活をしていた集団であって水田耕作に有利な低地に住む必要がなかったなどといったさまざまな議論が行われており、未だ決着はついていない。 一方、後期後半期の近畿の高地性集落（大阪府和泉市観音寺山遺跡、同高槻市古曾部遺跡などは環濠を巡らす山城）については、その盛行期が、上述の理由から北部九州・畿内ともおおよそ史書に記載された倭国大乱の年代とほぼ一致することから、これらを倭国大乱と関連させる理解が主流を占めているようである。
魏志倭人伝には、卑弥呼が邪馬台国を治めるより前は、諸国が対立し互いに攻め合っていたという記述がある。 また、後漢書東夷伝には、桓帝・霊帝の治世の間、倭国が多いに乱れたという記述がある（倭国大乱）。 近年、畿内の弥生時代IV・V期の年代観の訂正により、これらはおおよそ弥生時代後期後半?末（V期後半?VI期）に併行するという考えが主流になった。 この時期には、畿内を中心として北部九州から瀬戸内、あるいは山陰から北陸、東海地域以東にまで高地性集落が見られること、環濠集落が多く見られることなどから、これらを倭国大乱の証拠であるとする考え方はほぼ定説となっている。 しかしながら、前代に比べて武器の発達が見られず、特に近接武器が副葬品以外ではほとんど認められないこと、受傷人骨の少なさなどから、具体的な戦闘が頻発していたと主張する研究者はあまり多くない。 倭国大乱がどのような争いであったのかは未だ具体的に解明されていないのが現状である。
邪馬台国畿内説では、北部九州勢力が大和へと移動したことを示す物的証拠は考古学的にはほとんど認められないのが実情であり、近年ではむしろ北部九州勢力が中心となって、鉄などの資源の入手や大陸からの舶載品などを全国に流通させていた物流システムを畿内勢力が再編成し直そうとして起こった戦いであったという。一方、邪馬台国九州説では、弥生時代後期中葉以降に至っても瀬戸内地域では鉄器の出土量は北部九州と比べて明らかに少なく、また、鉄器製作技術は北部九州と比べて格段に低かった、倭国大乱の原因については、古事記等の西遷の記述と結びつけ、北部九州勢力が大和へと移動してヤマト朝廷を建てたとする。
時代が下るにつれ、大型集落が小型集落を従え、集落内で首長層が力を持ってきたと考えられている。 首長層は墳丘墓に葬られるようになった。このことは身分差の出現を意味する。 弥生時代後期になると墓制の地域差が顕著となっていく。 近畿周辺では方形低墳丘墓がつくられ、山陰（出雲）から北陸にかけては四隅突出墳丘墓が、瀬戸内地方では大型墳丘墓がそれぞれ営まれた。