山陽新幹線が島式2面4線の3階の高架ホーム、在来線が4面10線の地平ホームを持つ。なお、2005年から行われた構内改修により西口側にあった津山線・吉備線の16・17番ホームは西口広場拡張のため撤去されているなど、ホームの形状とのりばが大幅に変更されている。
駅舎は新幹線口が表口になっている数少ない駅のひとつ。2006年10月に橋上化され、新幹線連絡も含め主だった機能は2階に設置されている。また、東西連絡道路ができたことにより西口駅舎が廃止、改札口も一部を除き2階と地下に集約された。かつてあった高架下の長いコンコースも多くが商業施設になっている。
21・22■山陽新幹線(下り)■「のぞみ」
■「ひかり」「ひかりレールスター」
■「こだま」広島・小倉・博多方面
23・24■山陽新幹線(上り)■「のぞみ」
■「ひかり」「ひかりレールスター」
■「こだま」新大阪・京都・名古屋・東京方面
1・2■山陽本線
(下り)■普通(一部広島地区で快速)倉敷・福山・尾道・三原・広島方面
■快速「サンライナー」倉敷・新倉敷・笠岡・福山方面
■伯備線■普通倉敷・総社・備中高梁・新見・米子方面
■特急「やくも」備中高梁・新見・米子・松江・出雲市方面(2番乗り場から)
3・4■山陽本線
(上り)■普通瀬戸・和気・上郡・相生・姫路方面
■特急「スーパーいなば」上郡・智頭・鳥取方面(智頭急行経由)(5号を除き3番乗り場から)
■寝台特急「富士・はやぶさ」
■寝台特急「サンライズ瀬戸・出雲」横浜・東京方面(4番乗り場から)
■赤穂線 西大寺・長船・備前片上・日生・播州赤穂方面
5■瀬戸大橋線■普通茶屋町・児島方面(朝晩の一部列車のみ)
■快速「マリンライナー」茶屋町・児島・坂出・高松方面(一部列車のみ)
■宇野線 茶屋町・宇野方面(ごく一部のみ)
6・8■瀬戸大橋線■普通茶屋町・児島方面(朝の一部列車のみ)
■快速「マリンライナー」茶屋町・児島・坂出・高松方面
■特急「しおかぜ」観音寺・伊予西条・今治・松山・宇和島方面
■特急「南風」琴平・阿波池田・高知・中村・宿毛方面
■特急「うずしお」高松・志度・引田・徳島方面
■寝台特急「サンライズ瀬戸」児島・高松方面(8番乗り場から)
■宇野線 茶屋町・宇野方面(朝晩の一部列車のみ)
■伯備線■寝台特急「サンライズ出雲」倉敷・新見・米子・松江・出雲市方面(8番乗り場から)
7■瀬戸大橋線■普通茶屋町・児島・観音寺・琴平方面
■宇野線 茶屋町・宇野方面
9■津山線■普通・■快速・■急行「つやま」法界院・金川・福渡・亀甲・津山方面