この区間では東海道・山陽新幹線と岡山空港発着の航空便が競合している。新幹線は航空機に対し7割を超えるシェアで押していたが、2000年2月に航空法が改正され、航空会社がより自由に運賃を設定できるようになってからは、新幹線が急速にシェアを落としていき2003年には50%を割った。2003年10月に品川駅が開業し、東京 - 岡山の「のぞみ」が1時間あたり2 - 3本（2005年3月からは3本）になってからはややシェアを回復した。
東京都 - 岡山県のJRと航空機のシェア[9]
1999年度 - 74 : 26
2001年度 - 66 : 34
2003年度 - 48 : 52
2005年度 - 52 : 48
この区間でも、岡山県内と同じく東海道・山陽新幹線と広島空港発着の航空便が競合している。新幹線と航空機のシェアは1996年度には53:47でほぼ拮抗していたが、そこからは次第に新幹線が押され始め、2002年度には38:62となった。2003年10月に東海道新幹線の品川駅が開業し、東京 - 広島間の「のぞみ」が1時間あたり2 - 3本へ増発され、そのうち1本が福山駅に止まるようになってからは、徐々に新幹線のシェアが回復している。東京 - 福山では、2006年9月から、福山駅 - 岡山空港間にリムジンバス（ももっちライナー）が運行開始され、羽田 - 岡山便との競争が期待されたものの2008年1月31日をもってももっちライナーは需要が伸びず廃止された。また、近年は「のぞみ早特往復きっぷ」や「エクスプレス予約」などの割引サービスも充実してきた。また、JR西日本広島支社がこの区間の利用者向けに2007年6月と7 - 8月の2回「のぞみDVD無料レンタルキャンペーン」、2008年2月 - 3月は「のぞみ×DSキャンペーン」と称しDVDやゲーム機の無償貸し出しを行っている。岡山と広島とのシェアの差を比べたとき、広島と福岡のシェアの差よりも差が小さいのは広島市から、広島空港までの所要時間が長くかかり、広島空港までのアクセス時間、チェックインなどの時間などを計算していくと大差なく、また、広島空港は、山の上にある事情上、霧などでの気象の制約を受けて、飛行機が欠航になる場合もあることが挙げられる。しかし、広島空港のCATIIIaと呼ばれる高度計器着陸装置が2008年6月5日より運用が開始された。これにより飛行機の就航率が上がれば、新幹線はさらに劣勢を強いられることも考えられる。また都市高速が広島駅まで延伸され、リムジンバスの広島空港?市内間の所要時間が短くなれば（現行45分が38分に短縮）、更に飛行機が有利になるものと考えられる。
東京都 - 広島県のJRと航空機のシェア
1996年度 - 53 : 47
1999年度 - 45 : 55
2002年度 - 38 : 62
2005年度 - 45 : 55
東京 - 山口間に関しても近年のダイヤ改正で新山口駅に停車する「のぞみ」が増発傾向である。そのために山口宇部空港発着の航空機との競合が出てきている。
この区間では、東海道・山陽新幹線と、羽田 - 新北九州・福岡空港などの航空便が競合している。2005年度のJRと航空のシェア（東京都 - 福岡県）は7:93で、航空便に圧倒的にシェアを奪われている。これは新幹線のほうが割高で、且つ、所要時間が長い（近年は徐々に差が縮まりつつある）ことが原因とも言われる。さらに新幹線の方が終列車が早い（18時台）一方で航空便の最終便が遅い（21時台）ことや、福岡空港が市中心部に隣接しており、空港までの移動時間がさほどかからないことも影響している。
航空便ではバーゲン型運賃や「チケットレス割引」などといった、各種の格安運賃が用意されている。さらに、利用距離によってポイント点数が加算されるマイレージサービスの拡充も進められている。
この区間の特徴としてスターフライヤーやスカイマークなどといった新規参入会社が低価格運賃で売り出している。そのために航空会社同士での争いも熾烈化している。
一方、新幹線の割引制度は、JR線全体に共通の、片道営業キロ数601キロ以上の区間の往復乗車券購入割引が、一般の人が通年利用できる唯一のもので、他には回数券や一部フリー切符のような「トクトクきっぷ」、「ジパング倶楽部」（シルバー世代対象）や「エクスプレス予約」など、対象を限定した会員制組織による割引制度が存在する程度である。それでも、「エクスプレス予約」を除いて、のぞみ号の特急料金は割引対象外である。また超繁忙期（ゴールデンウィーク、お盆、年末年始）においてのトクトクきっぷの制限がかかることも影響している。
JR西日本は「のぞみ早特往復きっぷ」の発売や、2006年3月のダイヤ改正で、博多 - 東京の「のぞみ」を毎時2本に増やした。
この区間では、東海道・山陽新幹線と、中部国際空港（セントレア）・県営名古屋空港 - 福岡空港間の航空便が競合している。2004年度のJRと航空のシェアは31:69で、中部国際空港開港後はそれ以前よりも競争が激化している。JR側は「のぞみ早特往復きっぷ」や「エクスプレス予約」などの割引サービスを充実させると共に、2006年3月のダイヤ改正で、名古屋 - 博多「のぞみ」間を1時間に2本へ増発や、始発列車や最終列車の増発や時刻変更で、中京地区から福岡での滞在時間を増加させるなど利便性の向上も行っている。JR東海は2006年春から中京地区で「九州（当初は博多）行くなら、新幹線。」キャンペーンを展開し、対抗してANAもビジネス特割の設定や「行こおか ふくおか」キャンペーンを展開、セントレア - 福岡便を増発している。JALは中部国際空港の他に、県営名古屋空港からも福岡便を運行している。
しかし航空各社は近年の原油高の影響で2008年度中に利用客が不振気味のセントレア - 福岡便を廃止もしくは減便することを示唆している。
中京圏（愛知県・岐阜県・三重県） - 福岡県間のJRと航空便の旅客シェアと輸送人員（単位 千人）[10][11]（04/05年度）
年度シェアJR航空合計備考
198560 : 40565379944
199049 : 517217631,484
199538 : 626351,0331,6681995年1 - 4月 阪神・淡路大震災により不通
200028 : 725441,3851,929
200130 : 705811,3761,957
200431 : 696131,3511,964
200533 : 677611,5112,271「愛・地球博」開催
この区間では、山陽新幹線と、伊丹空港・関西国際空港 - 福岡空港の航空便が競合している。JR西日本は発足後、2+2シートの「ウエストひかり」で快適な車内サービスを提供する一方で、「グランドひかり」や300系「のぞみ」などを投入しスピードアップによる速達サービスも向上させてきた。1994年に関西国際空港が開港した後も、1997年に最高速度300km/hの500系車両の導入や、山陽区間内のトクトクきっぷの使用制限（お盆、年末年始などの超繁忙期）を緩和・撤廃した上で格安の回数券を発売したが、航空会社が大阪空港 - 九州方面の航空便を増便やマイレージサービスの拡充を図り、新幹線はシェアを徐々に落としていった。