戦死に関するもの山本長官生前最後の写真
戦死時、山本の遺体を最初に発見した第6師団第23連隊の某小隊長の証言として、『山本長官の遺体は座席と共に放り出されていた。そして軍医長が地を這って近寄ろうとして絶命した痕跡を残していた』としている。また、他の遺体が黒焦げで蛆虫による損傷が激しいにもかかわらず、この二名だけは蛆も少なく比較的綺麗な形で残っていた。つまりこれが本当だとするならば、不時着から暫くは両名生存していたと言う事になる。
軍医の遺体検死記録によると『死因は戦闘機機銃弾がこめかみ（眦とも）から下アゴを貫通した事によるもの』という結論が出され、ほぼ即死状態であったと推察されている。しかし山本が搭乗していた一式陸上攻撃機を銃撃したP38戦闘機の機銃の口径は12.7mmであり、検死記録の事実通りであれば頭半分は吹き飛ぶはずである。こういった疑問点から山本の頭部を打ち抜いていたのは、拳銃弾などの小口径の銃弾であった可能性が否定できず。こういった疑問点から『山本自決説』『第三者による射殺説』が論じられる事がある。
その他
一説によると長岡空襲は、当地が彼の故郷であったというだけの理由で行われた。しかしこれを断定できるだけの史料は、米国公文書館には存在していない。山本五十六の故郷が新潟県長岡であるとの記録が残るのみである。しかしながら、米国マスコミの取材に、当時の軍関係者が、山本五十六の故郷だから国民の戦意喪失のために空襲をしたとエピソードを語っている映像がTVで報道されたことがある。
また長岡空襲を紹介した書籍・文献などに山本五十六の故郷だから、空襲が行われたともいうとの記述が散見される。長岡空襲は、市民を怯えさせるように大量の焼夷弾がB-29から落とされて、市内の約8割を焼き尽くしたが、軍施設・公共施設より市街地が中心に狙われるなど、一般の空襲と目的が違っていたことが伺える。但し、当時の長岡市には、理化学研究所（理研）の研究施設があり、長岡空襲は、この理研の施設を攻撃することが目的であったとも言われている。
山本の映像は戦死直前にラバウルで撮影されたものと、海軍病院船氷川丸を訪問した時のものが残っている。前者は日本ニュースで紹介され、後者は記録映画「海軍病院船」で見ることが出来る。
肉声はロンドン海軍軍縮会議（1934年の第二次軍縮予備交渉）の代表を務めた際に、当時開設されたばかりの日英間無線電話（国際電話）を介して録音されたものだけである。国葬当日の夜に特別番組「在りし日の山本元帥」の一つとして放送された他、旧海軍軍楽隊メンバーが集まって録音した行進曲集のレコード・CDにも東郷平八郎のそれとともに収録されている。音質が非常に悪いが、大まかな内容としては、前半では交渉団が日本を出発した翌日（1934年9月21日）に襲来した室戸台風の被害にあった人々への見舞いの言葉と復興を願うコメントを述べ、後半では山本自身や松平恒雄を含めた関係者が総力を集めて交渉成立に向けて全力を注いでいる、といったものである。なお、録音の中で山本は「海軍少将」と言っているが、渡英中に海軍中将に昇進している。
山本に関する史跡
山本の墓は多磨霊園と故郷･長岡の長興寺にあるが、後者にある墓は2004年10月23日の新潟県中越地震で倒壊し、翌2005年4月に復旧した。また、山本が長岡に帰省するたびに立ち寄っていた曹洞宗の禅寺・堅正寺も倒壊。この寺は1964年の新潟地震でも被害を受け、「もう一度地震が来たら倒れる」と言われていた。
山本の生家は長岡空襲で焼失し、現在は山本記念公園となっている。
山本が戦死した後、ここに“山本神社”を建立して元帥の遺徳を称えようという関係者の動きがあったが、米内光政や井上成美などが「山本は自分が神様にされるのを一番嫌っていた。そんなこと（神社建立）をしても山本は喜びません」と言って猛烈に反対した為、山本神社建立話は沙汰止みになった。[11]
その代わり、山本記念公園には復元された生家や胸像が建っている。この胸像はもともと全身像で、かつては霞ヶ浦にあった海軍航空隊にあったものであったが、終戦後の1948年に進駐軍による取り壊しを避けるために、密かに霞ヶ浦に投げ込んで湖底に隠され、後に引き上げた際胸部のみを長岡の山本元帥景仰会が貰い受け、ブロンズ像に鋳直したものである。
また、公園の向かい側には山本五十六記念館があり、家族や親友に宛てた手紙や軍服などの遺品、ブーゲンビル島上空で戦死した時に搭乗していた一式陸攻の左翼などが展示されている。
長男・義正が、府立一中を受験するに当たって、居宅を鎌倉材木座から青山南町に移している（後に一中父兄会の理事に就任した）。なお、青山南町の居宅は東京大空襲で焼失した。
高野貞通＝高野貞吉―高野五十六
