21世紀に入った現在では、志願倍率が0.1を切るところも少なくない。また、卒業率は半数前後であり、全日制の課程に比べてかなり低い。
定時制の課程については、中学校卒業時に就職する人が大幅に減少したため、夜間に授業を行なう定時制の課程に関しては大幅に生徒数が減少している。そのため、学校の統廃合が進んでいる。しかし、学校の統廃合は、志願者にとって近隣校が減少してしまうという側面もあり、勤労者が終業後に学校に通うことが困難になるなどの問題も生じる。なお、かつては季節定時制と呼ばれる農閑期に通学する形の農業関係の学科（農業科など）を設置する課程も多かった。
通信制の課程（通信制課程）とは、通信による教育を行う課程のことである。学校教育法により、修業年限は3年以上と定められており、2003年度は3年制は110課程、4年制は54課程である。（詳しくは、高等学校通信教育を参照のこと。）
基本的に自主学習により、一般的にレポートと呼ばれる課題の添削（添削指導）を受けることで学習を進めていくが、同時に一般的にスクーリングと呼ばれる面接指導が、一般的には月に数回程度（全日制の課程の約8単位時間分の授業に相当するといわれる）行われ、添削指導、面接指導、試験などを通じて単位が得られる。面接指導は、多くの学校が日曜日と月曜日に1つの科目に対して同じ内容で行われ、生徒はどちらかの日に出席すればよい形になっているところが多いが、複数の都道府県の生徒が在学する広域通信制をとる学校などでは、夏季などにまとめて合宿形式などで面接指導を行う学校もある。また、面接指導の一部時間を学校以外の公認の学習会によってまかなうこともできる制度を持っている学校もある。さらに、各教科・各科目または特別活動について、計画的かつ継続的に行われるラジオ放送、テレビ放送その他の多様なメディアを利用して行う学習を取り入れ、生徒がこれらの方法により学習し、その成果が満足できると認められるときにその生徒について、その各教科・科目の面接指導の時間数又は特別活動の時間数のうち、各メディアごとにそれぞれ10分の6以内、最大10分の8以内の時間数を免除する制度を持つ学校もある。ラジオ放送、テレビ放送については、NHK高校講座の利用が多い。また、インターネットを利用した通信制の課程もある。
入学に際して、学力検査による入学者選抜が行われることは少ない。ほかの高等学校や中等教育学校の中途退学者の場合などには、編入学試験を実施しているところもあるが、学ぶ意思があれば不合格にしない場合がほとんどで、中学校を卒業していれば、原則として入学に際して学力などを求められることはない。
単位制による課程も多く、2003年度は、修業年限を3年とする学校のうち83校、修業年限を4年とする学校のうち28校が単位制による教育を行っている。単位制による教育の場合は、ほとんど学年という概念は薄く、原級留置（留年）という概念は無く、最短3年で卒業する人から（修業年限が3年の場合）、在籍期間を最大限利用し、学校によっては20年以上の長い時間をかけて卒業する人もいるなど、自分なりの進度で学習することも可能である。また高等学校や中等教育学校の中途退学者の場合、以前の高等学校や中等教育学校の単位が認められる制度をもっている学校が多い。
自分なりの進度で学習できるということから、創立された当初の「職業人のための高等学校の課程」という機能とともに、不登校の人や、全日制の課程になじめなかった人たちが占める割合も増加してきている。したがって、生徒の年齢も幅が広く、15歳の中学校を卒業したばかりの人から80歳代を越える高齢の人が見られる。また、生徒の多様化によって1990年代からは、私立学校において広域通信制（複数の都道府県を学区とする通信制の課程）が増えている。個性的な課程も出てきており、スポーツ教育などを行っている通信制の課程などもある。
自学自習を基本とする学習のため、どうしても時間がとれず管理が難しい、学習が進まない、時間が決まっているわけではないのでほかに優先順位があるとどうしても後回しにしてしまう、さらには常に教員に質問などができないので難しいという声もある。学習面などを支援するために、通信制の課程の多くは、学校で独自の教材を作成して配布したり、副教材で「学習書」と呼ばれる、放送出版協会が発行する副教材を利用しているところが多い。特に学習書は広く使われているものであるが、国語科目ではその学習書の中に教科書の内容をそのまま含んでいるなどという場合もあり、教科書に比べて高価であるが、教科書と同義のものとしてあつかわれ、一部で一定条件を満たせば補助が出るところもある。
通信制の課程に在学する生徒を対象として学習支援を行なう教育施設として、サポート校があり、通信制の課程をおく高等学校と正式に提携を行っている教育施設もある。
高等学校には、「学年制による教育」と「単位制による教育」との2種類がある。以前の高等学校には、学年制による教育しか存在しなかったが、1988年度（昭和63年度）に、単位制による教育が、定時制の課程と通信制の課程で認められ、さらに1994年度（平成5年度）には全日制の課程にも認められた。
必ず各学年ごとに課程修了の認定がなされてから次学年の課程に進む方式である。年度末に各学校が個々の生徒に対して進級を認定し、認定されないと原級留置（留年）になる。最終学年の課程を修了し、各学校で全課程を修了したと認められれば卒業することができる。私立高校に関しては厳しく、留年は認められない場合がほとんどで、退学・転学を求められる。
学年による教育課程の区分を設けない方式である。したがって、原級留置（留年）という概念はない。一定期間（転学・編入学でない場合、全日制課程では3年、定時制課程・通信制課程では3年以上）を在学し、必要な単位の取得などをして、各学校で全課程を修了したと認められれば卒業することができる。#外部リンクの「情報教育雑貨屋さん」を参照。
日本の高等学校には、学科がおかれる。高等学校設置基準第5条により、学科の種類は次の通り定められている。
普通教育を主とする学科（公式名称: 普通科）
専門教育を主とする学科 （通俗名称: 専門学科）
普通教育及び専門教育を選択履修を旨として総合的に施す学科 （公式名称: 総合学科）
普通科とは、一般的学習である普通教育を主とする学科である。国語、地理歴史、公民、数学、理科、保健体育、芸術、外国語、家庭、情報などの普通教育に関する教科・科目を中心として学習する。どの分野にも依存しない普遍的教育を理念とするが、一方で大学などの高等教育機関進学のための準備教育にならざるを得ないという意見もある。
専門教育を主とする学科は、専門学科とも呼ばれる。専門学科は、職業教育を主とする学科（職業学科）と、それに限らない普通教育をより高度に拡充させた専門教育を行う学科（普通系専門学科）に分類される。