歴史認識を巡って反日騒動が起こった中国と韓国の態度を批判し、外国が靖国神社参拝について抗議するのは内政干渉だという見解を持っている[93]。官房長官時代の2006年8月4日の記者会見で、同年4月15日朝に、密かに靖国神社を参拝していた（「内閣官房長官 安倍晋三」と記帳し、ポケットマネーで玉ぐし料を収めた）ことについて質問された際には「参拝したかしないかについては申し上げるつもりはない」と述べた[94]。
首相就任後も参拝を続ける意向を示しており、2007年1月17日の自民党大会で決定された運動方針でも「靖国参拝を受け継ぐ」ことが明記されたが、外交問題や政治問題になるのを避けるため自身の参拝については明言しない考えを改めて示した（靖国神社問題を参照）。2007年の終戦記念日は、参拝しなかった。
団体や人物との関係
統一協会・国際勝共連合
母方の祖父岸信介と父安倍晋太郎が統一教会及びその関連団体である国際勝共連合と関わりが深いと言われていた（詳細は岸信介の当該記事や安倍晋太郎の当該記事を参照）こともあり、晋三が次期総理候補として取り沙汰されるようになって以降、統一教会との関係を指摘をする雑誌等の記事が散見される。官房長官当時の2006年、統一教会系列の団体である「天宙平和連合」 (UPF) の集会（合同結婚式も行われたとも言われたが統一教会は否定[95]）のイベントに祝電を寄せた（保岡興治やその他の自民党議員も）ことが新聞、雑誌等で伝えられ[96]、社会的に問題の多い団体と関係することへの批判を呼んだ。映像はインターネット上の動画サイトyoutubeにアップロードされ、ネット上で広く話題になった。このイベントで司会者が晋三を「岸信介元総理大臣のお孫さんでらっしゃり」と、岸信介時代からの親密振りをアピールして紹介していた。この件に関して安倍の事務所は「秘書に確認している」との理由でしばしコメントしなかったが、後に「私人としての立場で地元事務所から『官房長官』の肩書で祝電を送付したと報告を受けた。誤解を招きかねない対応で、担当者に注意した」とのコメントを出した。統一教会に批判的なジャーナリスト有田芳生によれば、安倍は統一教会は拉致問題などを行った北朝鮮を経済的に支援しており、霊感商法などの問題で日本の公安当局の監視対象である団体であることから、面会を求められても会わないようにしているという方針を取っていると語っており[97]、また「目的のためなら平気で祝電を捏造するような組織ですから、勝手に名前を使うのもありうる話です」と解説している[98]。霊感商法被害対策に取り組んで来た「全国霊感商法被害者対策弁護士連絡会」が安倍と保岡に対し、真意や今後の姿勢を問う「公開質問状」を送ったが、二人とも回答をしていない[99]。
公明党・創価学会
父、晋太郎と祖父の岸信介は創価学会・公明党と関係が深かったと言われ、晋太郎は1985年、大石寺の正本堂完成記念の祝典に岸信介の代理で出席して以来、池田大作と何度も面会したという[100]。晋三は、創価学会から支援をもらっていたが、小選挙区制度が導入され、二大政党制に近づけば、創価学会は自分から離れてゆくとの判断から、1994年に創価学会と公明党に批判的な宗教団体や有識者で結成された「四月会」（代表幹事:俵孝太郎）[101]の集会などに参加したこともあった[102]。創価学会に関する自民党の勉強会『憲法20条を考える会』に参加した次の日、自身の選挙区の公明党の大幹部から電話で釘を刺されたことで、政治的野望を持った創価学会が政界での影響力を拡大して行くことを危険視していたという[102]。1989年に死去した池田大作の次男は成蹊高校時代の同期生である[9]。首相就任直前の2006年9月22日に安倍晋三は、極秘裏に東京都内の創価学会の施設で、池田大作創価学会名誉会長と会談を持ったと主要新聞[103]「『産経新聞』を除く」を初め各種メディアが伝えた。面会は安倍自身の要望だとも伝えられている。祖父、岸信介と創価学会第2代会長の戸田城聖が、父、安倍晋太郎と池田が親しかったことが話題となり、安倍は池田に父がお世話になったお礼を述べ、参院選での公明党、創価学会の協力を要請し、池田は協力を約束したという。また、日中関係の早期改善ということで意見の一致を見たという。同月30日には公明党大会に来賓として出席し、祖父も父も公明党とは交友関係が深かったとして「何か特別な運命を感じる」と語った[104]。その後、国会で池田と面会した事実があったかという野党の質問に対して安倍は「そういうことはございません。」という答弁を繰り返した[105]。2007年2月13日の衆議院予算委員会でも同様に否定した[106][107]。
安晋会
安晋会も参照国会で、 小嶋進 ヒューザー社長（当時）が自分は「安晋会」の会員で、「安晋会」会長の紹介で安倍の政策秘書を紹介してもらい、「耐震偽装問題」に関して国土交通省への対応を働きかけてもらったことを証人喚問で認めた[108]ことでその存在が知られることになった。