週刊現代は2007年9月29日号（9月15日発売）において、安倍が相続税を脱税していたとの記事を掲載した。

週刊現代は安倍の辞意表明当日に、以前から脱税疑惑についての取材を安倍に申し入れていたことを明らかにした[106]。一方で安倍の事務所は「事実無根である」と反論し、週刊現代を発行する講談社に対して、該当記事を掲載しないよう「警告文書」を送った。事務所の関係者によると、父である晋太郎が個人資産を政治団体に寄付し、相続税の支払いを免れたのではないか、との質問が週刊現代からあったという。同事務所は、「収支報告書には、あくまでも第三者からの寄付を晋太郎氏名義で記載しているにすぎない」として、全面的に否定している。

危機管理
えひめ丸事件
2001年2月10日、アメリカ合衆国ハワイ州沖にて、愛媛県立宇和島水産高等学校所属練習船「えひめ丸」がアメリカ海軍所属原子力潜水艦「グリーンヴィル」に衝突され沈没する事件が発生した。森政権では、緊急事態発生時には内閣総理大臣、危機管理担当大臣、内閣官房長官、内閣官房副長官のいずれかが休日であっても30分以内に総理大臣官邸に参集し即応する危機管理体制を取っていた。えひめ丸事件発生時には、内閣総理大臣森喜朗、防災担当大臣（危機管理担当兼務）伊吹文明と内閣官房長官福田康夫は東京を離れており、緊急事態発生時の官邸参集は内閣官房長官の安倍が担当だった。しかし、都内の自宅にいた安倍は事件発生後30分以上経っても官邸に出向かず、ゴルフ場にいた森喜朗に対し官邸側からその場を離れないように指示するなど対応が混乱し、後に大きな批判を浴びることになった[107]。
イラク日本人人質事件
2004年4月8日、イラクで日本人3名が武装勢力によって誘拐され、犯行声明が出された際、小泉首相は読売新聞編集委員の橋本五郎、毎日新聞特別顧問の岩見隆夫など、複数の大手新聞社の幹部と懇談していた。そこに同席した安倍には、逐一、携帯電話で状況が報告されたが、会食が終わるまで小泉首相には報告しなかった。
能登半島地震
2007年3月25日、石川県輪島市沖の日本海でマグニチュード6.9の能登半島地震（最大震度6強）が発生した。地震発生から数分後には総理大臣官邸の危機管理センターに対策室が設置された。しかし、安倍は週末や休日は公邸ではなく私邸で過ごすことが多く、地震発生の日も私邸に滞在していたため、発生から2時間後に官邸に到着した。衆議院議員の江田憲司は「東京直下型地震やテロが発生したら、道路事情等で迅速に官邸入りできない可能性もある」[108]と指摘し「危機管理の最高責任者である総理が、官邸のオペレーションルームに寄せられる生の情報をもとに瞬時に判断を下せないと意味がない。首相としての自覚があるなら、私邸に泊まるのは控えるべき」[108]と批判した。なお、安倍内閣発足から204日間のうち、安倍が公邸に引っ越してから週末・休日に就寝した場所の内訳は公邸34%、私邸49%となる[109]。
平成19年台風第4号
2007年7月14日、平成19年台風第4号（SSHSカテゴリー4）が鹿児島県に上陸した。この台風は、沖縄県接近時に那覇市で最大瞬間風速56.3メートル（日本国内の7月の観測史上最大）を記録し、本土上陸時中心気圧は945ヘクトパスカル（7月に日本に接近した台風としては観測史上初）を記録したことから、極めて大きな被害が予想された。同日、官邸で開かれた災害対策関係省庁局長会議にて安倍は「人命救助を最優先してほしい」と指示した。しかし、内閣府特命担当大臣（防災担当）の溝手顕正は自身の選挙運動のため帰郷したまま東京に戻らず、安倍も溝手に対し帰京する指示を出さなかったことから、防災対策の最高責任者が不在のままとなり論議を呼んだ。なお、この台風により全国各地で大規模な被害が発生したため、激甚災害法に基づき激甚災害（いわゆる「本激」）に指定された。
新潟県中越沖地震
2007年7月16日、新潟県沖の日本海でマグニチュード6.8の新潟県中越沖地震（最大震度6強）が発生した。第21回参議院議員通常選挙の遊説中に地震発生を知らされた安倍は、いったん官邸に戻ってから、地震発生当日にもかかわらず震度6強を記録した柏崎市を訪問した。余震の発生が懸念される中で首相自らが震源地に程近い現地を訪問したことは、危機管理の観点から議論を呼んだ。元経済企画庁長官の堺屋太一は「現場に行ったときに果たして正確な情報が得られるのか。総理大臣は通信情報の拠点におられた方が良かった」[110]と指摘し、衆議院議員の加藤紘一は「担当大臣を派遣するっていうのが本来の第一歩だと思います。総理大臣は大将ですから、一番官邸にいて指示を出すっていうのがいい対応」[110]と指摘した。さらに、安倍の行動については「首相が発生直後に行けば、現場が首相への対応に人手を割かなければいけなくなり、行っても混乱するだけだ」[111]との指摘もなされている。

問題を指摘された発言2007年7月、マスコミからの取材に応じるアメリカ合衆国大統領ジョージ・W・ブッシュ（右）と安倍晋三