ここ最近、主に小学校において「義務教育」の言葉に託けて給食費を支払う経済的余裕のある家庭ですらその支払いを拒否、怠っている現状があるなど、憂うべき保護者の意識低下が問題視されている。その一方で、経費削減を目的として、学校給食の外部委託を行なう自治体が増えてきた。また、「外部委託により質の低下が起こるのではないか」と保護者の反発が強いところもあり、自治体と保護者などが協議会を作り、委託状況を監視している所もある。

BSE発生による牛肉不使用運動

給食センターなどの集中調理法式に関連して、2000年に前後して社会問題となったBSE問題により、保護者側の根強い牛肉使用に対する抗議活動もあり、一つの学校が牛肉を使用した給食供給を中止したため、その学校の給食供給を受託した業者の請けおう地域全体で牛肉を使った料理を給食に出せないなどの事態を招いた。このため業者側では牛肉料理を他の肉で代用したアイデアメニューを採用するといった対応を行った。この問題は、第三セクター経営や公営の給食センターにおいても発生した。2003年には（豚肉よりも安価になった輸入牛肉を含む）牛肉が56%の学校給食で用いられていないとする報告が農林水産省より提出された。

O157食中毒への対応

1996年7月、大阪府堺市で、学校給食を食べた児童ら約9500人がO157集団食中毒に感染し、3人が死亡した。これを受け当時の文部省、厚生省から新たに調理方法（大量調理マニュアル）が示された。施設が不十分でそれに対応できない学校給食施設では、生の野菜や果物を献立に使用することができなくなり、これらの施設で調理される学校給食の献立から、生野菜であるサラダや切った果物が姿を消した。現在、多くの学校の学校給食では、例えばトンカツのつけあわせに茹でたキャベツ（→温野菜）を使うなど、生野菜やサラダを使わない献立になっているが、安全な地場産の野菜を使うなどの工夫から生野菜を復活させている地方もある。また従来では、児童らに特別な思い入れが出ることから持ち帰りを大目に見ていたゼリーやプリン等も、持ち帰りも原則として禁止している。児童・生徒側の防止策として学校によっては食べる前に手を消毒液に浸けて殺菌させているケースもある。

朝食抜き児童と給食

朝食を食べない児童生徒は、午前中に栄養不足となるため学業の能率が落ちる。このため、朝食抜きの児童生徒と給食の関係も問題となっている。近年では諸事情により朝食を取らずに登校し、給食まで何も食べない児童生徒も存在し、学校側は対応を迫られている。

たとえばヤマギシズムの村では、基本的信条により食事は一日二食であり、朝食は食べない。この村の学齢児童が地元学校に通っているが、彼らが朝食を取らないことにより学業に支障が出ている。ヤマギシズムの本拠地は三重県であるが、現地の学校側では午前中に砂糖水を支給するなど、応急的な対応を行なっている。

教育の中での給食三角食べの例（管理教育に利用された）

学校給食は学校生活の一部であり、給食を通じた学校行事を計画する学校も見られる。また、各学年あるいは各学級で、児童生徒の中で様々なルールや遊びが作られることもある。給食は個食や弁当とは違い、多くの児童生徒と同じ食事を共にするため、子供へ影響を与える傾向がある。給食を通じての子供社会の確立や、子供独自の遊びなどが挙げられる。かつては給食を食べ残すことは禁止されている場合があり、放課後まで残されて残さず食べることを強要されたり、地域によっては「三角食べ」と称する食べ方を強制される場合もあった（管理教育#管理教育の地域性を参照）が、これらの行為は逆に反教育的であるとして行われなくなってきている。場合によってはいじめにも繋がることもある。食生活の指導を一般教員が行うことには限界があるという例である。

いくつかの自治体では、学校給食を通して食育（食事を通した食に関する教育）が行われている。様々な食材をバランスよく摂取する指導、地元の素材や食器を使い、正しい食事作法を身につける指導などが実践されている。

給食の行事
校長先生と一緒に食べる
校長先生がクラスや児童生徒の状況を観察する為、及び一緒に食事をすることで児童生徒とのコミュニケーションを図る為に実施される。児童生徒にとっては、この行事を大いに受け入れる者、嫌がる者と千差万別である。
保護者の給食
保護者が児童生徒と一緒に給食を食べる、あるいは保護者のみで別の教室で食べる。特に前者の場合はクラスや児童・生徒の状況観察や児童・生徒とのコミュニケーションを図るねらいもあるが、給食を実際に食べて、味などの学校給食の実体を把握することが大きな目的である。普通、給食費とは別に料金（実費負担分）がかかる。
特別メニュー
何らかの行事に関連させるなどして、特別な献立を用意することがある。例えば、地元や交流都市などの郷土料理、豪華な料理など、通常のメニューとは大きく変わったものが出される。行事との関連を図ったり、食を通した郷土理解や異文化理解などがねらいとして挙げられる。学校の実態にもよるが、このような例は増加している。例えば学校農園の収穫祭では、児童生徒が栽培した米や野菜などを給食の献立に使用する。また、郷土理解を図る場合には、地場産業を子供達に知って貰う趣旨で地元の食材を使う事が多い。地域によってはこのとき、イセエビやアワビなどの高級食材が出る場合もある。(例として下関の給食ではフグ雑炊や鯨の竜田揚げなどが出ている)また異文化交流の例としては、サッカーのワールドカップで出場国の民族料理などが出される。
リクエストメニュー
児童生徒に献立の希望をアンケートなどで募り、それを提供するものである。多くはこれまでの給食の中で人気の高かったメニューが選ばれる。
学年、学級を超えた給食
他の学年の生徒と一緒に食べる。縦割り班ごとに食べたり、個人が他のクラスに混ざって食べたりする事がある。
リザーブ給食（バイキング給食）
あらかじめ数種類の食品を示されたなかから選ぶことができるもの。バイキング形式と考えてもよい。主食や副菜、飲み物、デザートを選べることが多い。好きなものが選べることから人気が高いが、当日に給食当番（配膳係）にあたると配布がやや面倒になる。

給食での遊び

以下、遊びを推奨するものではないことを、あらかじめ断っておく。
早食い競争
2人以上で行われ、誰が給食全てを早く食べきれるかを競う。食べきって終わりではなく、誰が早くグラウンドへ出られるかなど昼休みへと繋がることが多い。かつて、ある中学校で給食に出たパンを早食い競争したことが原因で窒息死する悲惨な事故が発生した。その生徒は早食い競技のテレビ番組を見ていたことがありそれを真似たものとされている。この事件以降、テレビ番組から早食い競技が消えた。