江戸時代においては、天皇は政治的実権を取得することなく、実際の石高は1万石（のち3万石）程度の経済基盤しか持たなかった。また禁中並公家諸法度により、その言動も幕府から厳しく制限された。庶民の尊敬の対象は大名や征夷大将軍（上様、将軍様）に向けられ、天皇や公家は庶民とは間接的に縁のある存在（天子様）として敬意が払われる程度であったとも考えられている。しかしながら公家は実権は失っていたものの茶道・俳諧等の文化活動においてその嫡流たる天皇の権威高揚に努め、天皇は改元にあたって元号を決定する最終的権限を持っていたこと（元号勅定の原則）を始め、将軍や大名の官位も、儀礼上全て天皇から任命されるものであり、権威の源泉として重要な意味を持つ存在であった（これに対しても幕府が元号決定や人事への介入を行い、その権威の縮小・儀礼化を図っている）。江戸時代後期には光格天皇が父親の閑院宮典仁（すけひと）親王に太上天皇の追号を送ろうとしたが、天皇に即位しなかった者への贈位は前例がないとして反対した幕府の松平定信と衝突する尊号一件と呼ばれる事件が発生した。
しかし18世紀後半から、征夷大将軍の権力は天皇から委任されたものであるから、将軍に従わなければならないとする大政委任論が学界で提唱されるようになり、将軍の権威付けとともに天皇の権威性も見直されていくようになっていった。そうした運動が幕末の尊皇攘夷運動へと繋がった。
幕藩体制が揺ぎ始めると、江戸幕府も反幕勢力もその権威を利用しようと画策し、結果的に天皇の権威が高められていく。ペリー来航に伴う対応について、幕府は独断では処理できず、朝廷に報告を行った。このことは前例にないことであった。このことによって天皇の権威は復活したが、幕府は当初、公武合体により、反幕勢力の批判を封じ込めようとした。しかしこの画策は失敗し、薩摩・長州を主体とする反幕勢力による武力倒幕が行われようとした。幕府はその機先を制して大政奉還を行ったが、将軍は「辞官納地」（全ての官職と領地の返上）を強要され、それに不満の旧幕府軍は鳥羽・伏見で官軍と衝突し、内戦となった。その過程で北海道函館では、榎本武揚らによって一時共和制が宣言される（「蝦夷共和国」）。「蝦夷共和国」は選挙によって大統領（総裁）を選出したが、官軍に程なく平定された。
この戊辰戦争を通じて倒幕に成功した大久保利通らは、天皇を中心とする新政権を当初、京都の太政官制度によって運営した。しかし征韓論政変によって参議から下野した板垣退助らが自由民権運動を開始し、それが次第に議会開設の国民運動として発展すると、政府は大日本帝国憲法を発布し、議会と内閣制度を発足させた。これにより皇室制度は、プロイセン式の立憲君主制を採ったが、大日本帝国憲法と同時に制定された皇室典範は、内閣や国会も改廃できない「皇室の家法」とされ、皇室制度は国民統治の神権的機関として利用されるようになる。こうした皇室制度は、国民から隔絶した絶対的な権力を有する天皇制絶対主義であると規定する学者も少なくない。 なお皇室制度について、一般には「天皇制」が広く用いられるが、天皇制とは本来コミンテルンの用語であり、歴史用語としては適当でない。
明治31年（1898年）には、第一次大隈重信内閣の文部大臣尾崎行雄が、ある教育会の席上で藩閥勢力の拝金主義を攻撃した演説に「日本で共和制が実施されれば、三井・三菱は大統領となるだろう」とあったため問題となり、皇室制度の下にあって共和制を想定することは不敬にあたるとして辞任に追い込まれた（共和演説事件）。その背景には反大隈勢力の桂太郎派の画策があったと言われるが、後任の文相には犬養毅が任命された。明治44年（1911年）には大逆事件が生じ、時の政権から社会主義者弾圧の口実に使用され、明治天皇を暗殺しようとしたとして幸徳秋水ら12人が死刑に処された。この事件は当時の多くの文化人にも衝撃的な影響を与えた。徳富蘆花は、「謀反論」を書き、謀反を恐れてはならないとし、石川啄木は「時代閉塞の現状」への宣戦布告を行ったが、永井荷風はこれを機に社会的関心から意識的に遠ざかるようになった。その後は、政府の方針に対する世論の批判をかわす目的で天皇の存在は利用され、天皇を批判する言論は不敬罪として厳重に罰せられたこともあって、天皇批判は影を潜め、「冬の時代」とも称されるようなった。
その後、2度にわたる憲政擁護運動を経て、大正デモクラシーと言われるように言論界も活況を呈するようになる。大正デモクラシーの時期には、皇室制度を自由主義的に解釈する吉野作造の民本主義なども現れた。しかし、大正14年（1925年）には普通選挙法と同時に治安維持法が公布され、国体の変革を包含する言論や運動が禁止された。昭和10年（1935年）、美濃部達吉はそれまで学会で主流だった天皇機関説を主張したことで貴族院で排撃され、著書は発禁処分となり不敬罪で告訴され、貴族院議員の職を辞した。政府や軍の活動に対する世論の批判を抑える目的として天皇の存在は大きく利用されることとなった。
世界恐慌の後、五・一五事件、二・二六事件を踏まえ、軍部が擡頭し天皇の存在を大きく利用する。
