正式な領土とされなかった統治区域の在来住民は、日本国籍が与えられず、国民として扱われなかった。
国際連盟からの委任統治区域であった南洋群島の在来住民を島民といった。島民は国籍がなかった。島民の大部分はカナカ族であり、他にチャモロ族がいた。
租借地である関東州や満鉄附属地の在来住民は当初清国籍、後に中華民国籍を経て、1932年に満州国が建国されたあとは満洲国籍とみなされた[2]。租界の在来住民は清国籍・中華民国籍とみなされた。これらの大部分は漢族である。
大日本帝国は1890年帝国憲法施行に伴い立憲君主国家に移行した。帝国憲法上は国家元首である天皇が統治権全体を掌握する建前であったが（憲法第4条）、実質上は国家の各機関が権限を分掌していた。これは「統治構造の割拠性」といわれる（辻清明）。
統治権に関する天皇の権限は国務大臣の輔弼（補佐）に基づいて行使された（憲法第55条）。内閣は国務大臣で組織され（内閣官制第1条）、帝国憲法上天皇大権とされた権限は原則として内閣の決定に基づいて行われた。
内閣総理大臣は国務大臣の首班であり、重要決定事項を天皇に報告し、その了解に基づいて行政を統制した（内閣官制第2条）。内閣総理大臣の選任方法については、明文の規定はなく、元老（のち重臣）とよばれる有力者たちが内閣総理大臣を選んだ。
天皇の実際の役割は、内閣の決定に従ってこれに形式的な裁可を与えて国家意思を確定することであった。ただし、天皇は単なる傀儡ではなく、当時のイギリス国王など他の立憲君主と同様、政治上の決定に関与していた（伊藤之雄）。天皇の側近には、侍従長や内大臣などがおり、特に内大臣は昭和期に天皇の政治秘書として活動した。その他、皇室の事務については宮内大臣が輔弼した。なお、内大臣と宮内大臣は国務大臣ではなく内閣に関与しない。
立法権は、天皇が帝国議会の協賛（同意）に基づいて行った（憲法第5条）。帝国議会は貴族院・衆議院の二院制であり、貴族院は皇族華族と勅任議員（元官僚など）で組織され、衆議院は公選された議員から組織された（憲法第33 - 35条）。
帝国議会は法律の制定について協賛（同意）する権限を持った（憲法第37条）。国民の権利・義務に関わる事項は原則として法律によらなければ（すなわち帝国議会の同意がなければ）侵害されなかった（憲法第2章）。また、帝国議会は毎年の予算に対しても協賛権を持った（憲法第64条）。予算が不成立の場合は前年度の予算が施行されるが（憲法第71条）、前年度予算では行政が成り立たないため、帝国議会の予算審議が内閣の死命を制することとなり、これにより政党内閣への道が開かれた。ただし、他の立憲諸国と比較すれば、以下の点で議会の権限は弱かった。
政府は法律の定めのない事項につき独立命令により法規を定める権限を有した（憲法第9条）。
国際条約の締結に関して帝国議会の協賛は不要であった（憲法第12条）。
教育関係の規定は、国民の権利義務に関わる事項であっても、法律ではなく勅令で定められる慣習があり、帝国議会の協賛は不要であった。
皇室典範改正については帝国議会の協賛は不要であった（憲法第74条）。
憲法改正については帝国議会に発案権がなかった（憲法第73条）。
もっとも、これらの事項に関しても政府が自由に裁量できるものではなく、帝国議会の代わりに枢密院の審議を経る必要があった。枢密院は天皇の諮詢（相談）を受けて重要の国務を審議する機関にすぎないが（憲法第56条）、これらの事項に関して事実上の拒否権を有した。枢密院は行政への関与を禁じられたが（枢密院官制第8条）、しばしば政府に干渉した。
司法権は天皇の委任により裁判所が行った（憲法第57条）。民事・刑事の裁判については、大審院を頂点とする通常裁判所が裁判したが（裁判所構成法）、欧州大陸型の司法制度に倣って、行政訴訟は特別の行政裁判所が扱った（憲法第61条、行政裁判法）。
陸海軍の統帥（憲法第10条）は国務大臣の輔弼の外に置かれ、統帥部が担当した（統帥権の独立）。統帥部は陸軍の参謀本部と海軍の軍令部が並立し、戦時に両者は形だけ統合して大本営が置かれた。
