大学病院は、文部科学省の管轄である大学の設置者が設置する病院であるが、病院を含む医療行政全般は厚生労働省の管轄であるため、両者の影響を大きく受ける。
その他としては自治医科大学が旧・自治省(現・総務省)、産業医科大学が旧・労働省(現・厚生労働省)の関与によって設立された学校法人が設置する医科大学であるため、それらの大学病院は、これらの省の関与もある。また、防衛医科大学校は、文部科学省ではなく防衛省が管轄する教育施設なので、防衛医科大学校病院は、防衛省の管轄である。
明治時代に、政府によって西洋医学が推し進められると、それまでの藩校・私塾における学問的な医学教育や、医師家庭における家内教育などで扱っていた東洋医学を学ぶだけでは医師の免許を受けられなくなった。
医学教育は、病院が附属している教育機関における専門職教育に変化した。また、医師・看護婦というような職種の分離のなされていいった。
その後、第二次世界大戦前の複雑な学校体系により、医師養成では実践的な専門学校(大学という名称であった旧制専門学校を含む)の医学専門部と、研究にやや力点が置かれた大学(帝国大学および大学令に基づく大学)の医学部などが存在し、それらに病院が附置する形に変化した。
第二次世界大降伏後になって、それまでの教育機関を改組して新制大学が成立すると、附属病院が医学部・歯学部に附置すことが原則となり、「大学病院」「学部附属病院」という名称が定着した。他方、看護系は、養成施設(大学などの学校教育法第1条に規定するものを含む)に附属病院を設けることが必須でなかったため、21世紀においても「国立国際医療センター」に置かれる「国立看護大学校」などをはじめ病院に従属するものとして教育機関が設けられるところもあった一方、医師の養成・歯科医師の養成とともに大学組織の中で、大学病院が活用されたところもあった。
医療の高度化や社会からの要請によって、医療系のコメディカルや福祉系の職業分離・専門職化が進むと、それらの教育機関が病院などでの実習をするようになった。その際、他大学の大学病院で実習がなされることも多かったが、少子化により受験生獲得競争が激しくなったことなどの現代の事情より、各大学において教育課程の編成を行いやすくするために、主に私立大学の薬学部やリハビリテーション系学部を持つ大学や福祉系大学などを中心に、自大学に附属病院を設置する例が見られるようになった。
医学部・歯学部の双方を持つ国立大学においては、国立大学法人化に伴い、医学部・歯学部ごとに設けられていた附属病院を1つに統合するなどの組織変革をし、「○○大学病院」と称する例が見られる。
日本における大学病院をまとめた。
旭川医科大学附属病院〒078-8510 北海道旭川市緑が丘東2条1丁目1-1
北海道大学病院〒060-8586 北海道札幌市北区北14条西5丁目
*北海道医療大学病院〒002-8072 北海道札幌市北区あいの里2条5丁目
札幌医科大学附属病院〒060-8543 北海道札幌市中央区南1条西16丁目291
弘前大学医学部附属病院〒036-8563 青森県弘前市本町53
岩手医科大学附属病院〒020-8505 岩手県盛岡市内丸19-1
岩手医科大学附属病院歯科医療センター〒020-8505 岩手県盛岡市中央通1-3-27
岩手医科大学附属循環器医療センター〒020-8505 岩手県盛岡市中央通1-2-1
岩手医科大学附属花巻温泉病院〒025-0305 岩手県花巻市台第2地割85-1
秋田大学医学部附属病院〒010-8543 秋田県秋田市本道1-1-1
東北大学病院〒980-8575 宮城県仙台市青葉区星陵町1-1
山形大学医学部附属病院〒990-9585 山形県山形市飯田西2-2-2
*奥羽大学歯学部附属病院〒963-8611 福島県郡山市富田町字三角堂31-1
福島県立医科大学附属病院〒960-1295 福島県福島市光が丘1
筑波大学附属病院〒305-8576 茨城県つくば市天久保2-1-1
獨協医科大学病院〒321-0207 栃木県下都賀郡壬生町大字北小林880
獨協医科大学越谷病院〒343-8555 埼玉県越谷市南越谷2-1-50
自治医科大学附属病院〒329-0498 栃木県下野市薬師寺3311-1