旅客営業ではJR東日本とJR東海の境界駅となっているが、当駅自体はJR東日本が管轄する。
島式ホーム3面6線を有する地上駅で、橋上駅舎を持つ。4方向へ路線が延びており、名古屋・東京の二つの都市圏と長野県の二大都市、長野・松本方面からの路線が集まる要衝である。路線だけなら実質的なターミナル駅となっている。
みどりの窓口(営業時間 6:00 - 21:30)、自動券売機、エレベーター(改札内外)が設置されている。2005年12月19日には自動改札機が設置された。待合室・ホーム上にはキオスク・売店・立ち食いそばがある。改札の外とホームにトイレが設置されている(3番線・4番線ホームを除く)。多目的トイレは設置されていない。
3番線、4番線ホームには、「一駅一名物」として、塩尻特産のブドウ(メルロー種)の木柵があり、地元の人々が管理している。季節になると実をつける。
駅は、1982年5月に現在地に移転している。駅位置移転後、塩尻駅をまたいで中央東線?中央西線を直通運転したのは臨時急行「たてしな」(1986年7月19・20日に名古屋駅?小淵沢駅間を運転)と臨時特急「あずさ木曽号」(2001年9月8・9・15・16日に東京駅?上松駅間を運転)の2本だけである。この両路線を結ぶ連絡線は塩尻駅の東京・名古屋寄りにあるため、直通運転するには以下の方法以外ではできない。
連絡線を通る(当駅を経由しない)
当駅でスイッチバックする
当駅を通過して松本駅に停車後、当駅に戻り西線もしくは東線に直通する方法
この場合特別乗車扱いとなる
なお、塩尻駅で方向転換をして中央東線・中央西線の直通運転をする場合は全方向に対応している4番線を使用する必要がある。
移転前は、中央本線の東京方面(中央東線)と名古屋方面(中央西線)がスルー可能な配線になっており、その一方で中央西線と篠ノ井線の間を直通する列車(「しなの」・「ちくま」など)は、スイッチバックを強いられていた。なお、旧駅の着発線は通称「塩尻大門」として残されており、主に貨物列車が待避するために用いられている。JR貨物の塩尻機関区はここに接して置かれている。
また、JR東海・JR東日本の境界点は中央本線の第一場内信号機のところに明示されている。
東口(2006年10月9日撮影)右手に松本電鉄と塩尻市地域振興バスのバス乗り場が見える
駅南方にある中央本線の分岐。左がみどり湖・小野方面、右が洗馬方面
1■中央東線岡谷・上諏訪・甲府・新宿方面
2■篠ノ井線松本・長野方面
3■中央東線小野・辰野方面
■篠ノ井線松本・長野方面
4■中央東線(待避)岡谷・上諏訪・甲府方面
■篠ノ井線(待避)松本・長野方面
■中央西線(待避)木曽福島・中津川・名古屋方面
5■中央西線木曽福島・中津川・名古屋方面
6■篠ノ井線松本・長野方面
現在、JR貨物の駅は車扱貨物の臨時取扱駅となっており、貨物列車の発着はない。貨物設備もなく、専用線も当駅には接続していない。
2000年3月まで旧駅跡地の「塩尻大門」から分岐し、その西側にある昭和電工塩尻事業所へ至る専用線があった。新興駅発送の酸化アルミニウム(アルミナ)輸送が行われていたが、3月17日の新興駅発送をもって廃止された。
また、有蓋車用の貨物ホームも設置されていたが、駅移転に伴い1982年に廃止された。
カワカミ
アルプス賛歌
アルプスの四季
岩魚すし
うなぎ釜めし
おむすびサラダ街道
牛肉弁当
栗ごはん
山菜釜めし
とり釜めし
とりめし
ワイン・ランチ(要予約)
2007年度の1日平均乗車人員は3,701人である。
駅周辺
塩尻市役所
レザンホール
サントリー塩尻ワイナリー
昭和電工塩尻事業所
中南信運転免許センター
イトーヨーカドー塩尻店
平出遺跡
桔梗ヶ原
塩尻インキュベーションプラザ(エプソンアヴァシス、信州大学、塩尻市による産学官連携施設)