教養学部一学部制ではあるが、専門教育にも定評がある。アドバイザー制度を取っており、アドバイザーの指導の下、学際的なカリキュラムを組めることが特徴だが、他大学のように一つの専門を深く追求することもできる点がユニークである。
なお、2008年度から学科・専攻の枠に捉われない研究・教育を行うために、従来の6学科を統合し、アーツ･サイエンス学科とした。これにより、従来の専攻1つを選択する方式に加えて、主専攻と副専攻、あるいは2つの専攻を持つことができるようになった。
2008年度からの学科・専攻区分
アーツ･サイエンス学科
美術・考古学
音楽
文学
哲学・宗教学
経済学
経営学
歴史学
法学
公共政策
政治学
国際関係学
社会学
人類学
生物学
物理学
化学
数学
情報科学
言語教育
言語学
比較教育
教育・メディア・社会
心理学
メディア・コミュニケーションと文化
日本研究
アメリカ研究
アジア研究
ジェンダー・セクシュアリティ研究
開発研究
グローバル研究
平和研究
2007年度までの学科・専攻区分
人文科学科（Division of Humanities、略称：HまたはHum.）
美術・考古学専攻（略称：HAR）
文学専攻（略称：HLI）
音楽専攻（略称：HMU）
哲学・倫理学専攻（略称：HPH）
宗教学専攻（略称：HRE）
社会科学科（Division of Social Sciences、略称：SS）
経済学・経営学専攻（略称：SSEC）
歴史学専攻（略称：SSHI）
政治学専攻（略称：SSPO）
社会学・人類学専攻（略称：SSSO）
理学科（Division of Natural Sciences、略称：NS）
生物学専攻（略称：NSBI）
化学専攻（略称：NSCH）
情報科学専攻（略称：NSCO）
数学専攻（略称：NSMA）
物理学専攻（略称：NSPH）
語学科（Division of Languages、略称：LまたはLang.）
英語学専攻（略称：LEN）
フランス語学専攻（略称：LFR）
日本語学専攻（略称：LJA）
教育学科（Division of Education、略称：EまたはEd.）
教育学専攻（略称：EED）
心理学専攻（略称：EPS）
教育工学・コミュニケーション専攻（略称：ETC）
国際関係学科（Division of International Studies、略称：IS）
国際関係論専攻（略称：IIR）
国際経済・国際経営論専攻（略称：IEB）
国際コミュニケーション・言語論専攻（略称：ICL）
比較社会・文化論専攻（略称：ISA）
大学院
教育学研究科（博士課程〔前期・後期〕）（略称：GSE）
行政学研究科（博士課程〔前期・後期〕） （略称：GSPA）
比較文化研究科（博士課程〔前期・後期〕） （略称：GSCC）
理学研究科（修士課程）（略称：GSN）
教育学専攻科（専門課程）
ロータリー平和センター
※1963年に設置された行政学研究科は、日本初の行政大学院・公共政策大学院の機能を有している。
付属施設
⇒教育研究所
⇒社会科学研究所
⇒キリスト教と文化研究所
⇒アジア文化研究所
⇒平和研究所
⇒日本語教育研究センター
⇒高等臨床心理学研究所
⇒サービスラーニングセンター
⇒ジェンダー研究センター
⇒湯浅八郎記念館（民芸・考古博物館）
関連校
国際基督教大学高等学校
ICUには、独特の用語が極めて多い。初対面でも、お互いにICU出身だと分かると、「ディヴィジョンどこ？」「ランゲ！」「私、エジュケ！」「私、ヒューマニ！」と会話が始まる。英語を起源とした独特の用語と平板化したアクセント（日本語学では専門家アクセントと呼ぶ研究者もいるが、ある言葉を頻繁に使うようになるとそのアクセントが平板化し、その集団での仲間意識をも示すと言う）に特徴がある。ちなみに、ディヴィジョンは学科、ランゲは語学科、エデュケは教育学科、ヒューマニは人文学科の意味。さらに、アイエス（国際関係学科）、エスエス（社会科学科）、エヌエス（理学科）、なども学内では普通に使用され、日本語の名称はほとんど使用されない。他に、インラン（言語学入門）、インリン（言語学概論）、インバイ（生物概論、または、ヒューマニの聖書学概論）などの科目名はICU独特の用語としてよく例示される。学外でも使われるようになったと思われる言葉としてはノンジャパが有名。これは、日本人以外の人の総称であるが、初代学長が「ICUに外人なし」と考えて作ったと言われている。