河川政策、スーパー堤防、ダム・河川の建設管理、河川環境保全政策、水害に関する防災政策・統計などを所管。
総務課
水政課
河川計画課
河川環境課
治水課
（参考）国土交通省直轄ダム（ダム建設：治水課、ダム管理：河川環境課）
防災課
砂防部-土砂災害の軽減・防止や緑化による治山など砂防関係事業を所管。
砂防計画課
保全課
道路整備計画の立案や、国道・高速道路整備・ETC導入の促進、地方自治体の道路整備事業などを所管。
総務課
路政課
道路交通管理課
企画課
国道・防災課
地方道・環境課
有料道路課
住宅行政（公的住宅、持家取得、住宅の品質、居住環境整備）、建築行政（建築基準法、省エネ、耐震性能）を所管。
総務課
住宅政策課
住宅総合整備課
住宅生産課
建築指導課
市街地建築課
鉄道の高速化、都市鉄道の整備などを所管。
総務課
幹線鉄道課
都市鉄道課
財務課
鉄道業務政策課
技術企画課
安全監理官
施設課
自動車に関する登録、貨物輸送、安全対策、環境保全、整備などを所管。現在も物議をかもす自動車のリコールも同局が所管している。
総務課
安全政策課
旅客課
貨物課
保障課
技術安全部
自動車情報課
技術企画課
審査課
整備課
環境課
海運・船舶・船員に関する事業を所管
総務課
外航課
内航課
離島航路経営改善対策官
内航海運効率化対策官
運航労務課
首席海技試験官
安全技術調査官
造船課
舶用工業課
安全基準課
検査測度課
船員政策課
海技資格課
港湾整備事業を所管
総務課
港湾経済課
計画課
振興課
技術企画課
国際・環境課
海岸・防災課
航空関連事業を所管。運送事業、飛行機の登録、騒音・環境対策、パイロット育成、管制体制など。
監理部
総務課
航空安全推進課
国際航空課
航空事業課
飛行場部
管理課
計画課
成田国際空港課
技術部
運航課
航空機安全課
乗員課
管制保安部
保安企画課
管制運用企画調整官
運用課
管制技術課
信頼性管理業務センター
北海道開発に関わる各省庁分の予算の一括計上、北海道の生活環境の安定や、アイヌの伝統・文化の啓蒙活動などを所管。
総務課
予算課
地政課
水政課
港政課
農林水産課
国交省の政策課題のうち、総合交通体系の整備、貨物流通政策、政策評価を所管する。関係者間の高度な総合調整が求められる業務を行っている。なお、同官は本省局長級に相当する（局長級分掌官）。
政策調整官3人
政策評価官
審議会等
国土審議会
社会資本整備審議会
交通政策審議会
運輸審議会
中央建設工事紛争審査会
中央建設業審議会
土地鑑定委員会
国土開発幹線自動車道建設会議
中央建築士審査会
航空・鉄道事故調査委員会
独立行政法人評価委員会
奄美群島振興開発審議会
小笠原諸島振興開発審議会
施設等機関
国土交通政策研究所
国土技術政策総合研究所
国土交通大学校
航空保安大学校
地方支分部局
地方整備局（東北、関東、北陸、中部、近畿、中国、四国、九州）
北海道開発局
地方運輸局（北海道、東北、関東、北陸信越、中部、近畿、中国、四国、九州）