2001年（平成13年）1月、中央省庁再編に伴い、陸水空の運輸や鉄道・港湾・船舶・自動車交通・気象等に、海・空全体を所管する行政機関だった運輸省、道路・河川・官庁営繕・住宅・都市計画など社会資本整備の建設事業を所管する行政機関だった建設省、北海道の総合開発事務（河川・治山・農業・港湾等）を行う行政機関だった北海道開発庁、土地・水資源・離島振興・災害対策・大都市圏政策など国土行政に関する総合的な行政機関だった国土庁の4省庁を統合して誕生した。当該再編にあたっては、特に規模の大きなものであった。
2007年8月、国土交通省は、観光庁の新設、海難審判庁と航空・鉄道事故調査委員会の統合による運輸安全委員会の新設、船員労働委員会の廃止と同委員会業務の中央労働委員会と交通政策審議会への移管を柱とする組織改正を総務省（行政管理局）に要求、同年12月に両省で合意、これら組織改正を内容とする国土交通省設置法等の一部を改正する法律案が2008年1月29日に閣議決定され同日国会に提出、4月25日可決成立した。2008年10月1日に実施される。中央省庁における新たな外局の設置は、いわゆる中央省庁再編以来初めてのこととなる。
詳細は建設省を参照
詳細は運輸省を参照
詳細は北海道開発庁を参照
詳細は国土庁を参照
歴代大臣および長官（再編前）
歴代の運輸大臣
歴代の建設大臣
歴代の北海道開発庁長官
歴代の国土庁長官
所在
〒100-8918 東京都千代田区霞が関2-1-3 中央合同庁舎第3号館（国土交通省、海上保安庁）
〒100-8918 東京都千代田区霞が関2-1-2 中央合同庁舎第2号館（総務省、国家公安委員会（警察庁）、国土交通省（分館））
電話：03-5253-8111（大代表）
幹部
国土交通大臣
国土交通副大臣2人
国土交通大臣政務官3人
国土交通事務次官
技監（次官級）
国土交通審議官3人（次官級）
大臣官房
官房長
総括審議官 2人
技術総括審議官
建設流通政策審議官
総合観光政策審議官
運輸安全政策審議官
政策評価審議官
審議官 19人
技術審議官 4人
参事官 11人
技術参事官
秘書室
人事課
総務課
広報課
会計課
地方課
福利厚生課
技術調査課
総括監察官
運輸安全監理官
官庁営繕部
管理課
計画課
整備課
設備・環境課
基本方針の企画・立案や他部局の横断的な施策の総合調整を所管。運輸部門の地球温暖化対策、建設機械の損料、貨物の流通、交通消費など多岐にわたる。
総務課
政策課
安心生活政策課
環境政策課
環境政策課
交通計画課
建設業課
建設市場整備課
建設施工企画課
不動産業課
技術安全課
観光政策課
観光経済課
国際観光課
観光地域振興課
観光資源課
観光事業課
情報管理部
情報政策課
行政情報化推進課
情報安全・調査課
全国計画の他、首都圏、近畿圏、中部圏の大都市圏計画、各地域毎の地方開発促進計画を所管。
総務課
総合計画課
調整課
大都市圏計画課
地方計画課
首都機能移転企画課
計画官3人
参事官
土地政策、土地利用、地価調査、地価公表、不動産鑑定など土地関係を所管。
総務課
土地政策課
土地情報課
地価調査課
土地利用調整課
国土調査課
水資源部水資源政策、水資源開発基本計画、水源地域対策のほか、水資源に係る各省庁の総合調整も所管。
水資源政策課
水資源計画課
水源地域対策課
大都市圏整備、都市計画、交通整備、離島振興などを所管。
総務課
