作者は未詳である。
歌詞の出典はしばしば『古今和歌集』（古今和歌集巻七賀歌巻頭歌、題しらず、読人しらず、国歌大観番号343番）とされるが、古今集のテクストにおいては初句を「わが君は」とし、現在採用されているかたちとの完全な一致は見られない。「君が代は」の型は『和漢朗詠集』の一本に記すものなどが最も古いといえる（巻下祝、国歌大観番号775番）。
解釈の上で問題となるのは「わが君は」「君が代」の「君」である。古語の「君」には(1)単純な二人称と(2)君主、王の二義があり、その先後については古くより議論があってどちらとも容易に定めがたい。王朝和歌の世界においても両様が用いられた。
「わが君は」とする場合、考えられうる解釈は(1)「わたしの恋しいあなたは……」と恋人の長生を祈る歌、(2)「こちらのだんなさまは……」と祝言を専門とする芸能者が門付けによってその家の主の繁栄と長生を祈る歌、またはそうした態度をまねてある人がある人の長寿を祝う歌、(3)「わが大君は……」と天子の千秋万歳を祈る歌、の三つがある。古今集にかぎって考えるならば、読人しらずの民謡的な歌であること、四首つづけての読人しらずの後に仁明天皇が僧正遍昭の長寿を祈る歌が掲げられていることなどから、(3)の解釈を取るにはやや無理がある。もともと古今集の賀歌には聖代を寿ぐ意識よりも、長寿を祝い、祈る意識のほうがつよく、特に天子の宝算を祝祷する意識はあまりつよくないことはその詞書を見ても瞭然としているからである。ただし(1)の説を特に強調することも、古今集の解釈としてはやや無理があり、当時の人々の賀歌に対する態度からしてもっとも穏当と思われるのは(2)の解釈ということになるのではないだろうか（ちなみに以上はあくまで古今集採録の歌としての考察であり、それ以前に、あるいはその発生時において「わが君は」の歌がどのように解釈されていたかについてはまったく見当がつかないというのが正確なところである）。
元来民謡的性格の歌であったために、そのテクストに異文があることは特に奇異とするに足りない。古今集採録のかたちが古形である可能性はかならずしも否定できないが、ある時期以降「わが君は」と「君が代は」の両様が行われ、一方が古今集に採られたと見るべきであろう。「君が代は」とした場合、解釈としてはやはり上掲(1)から(3)の三説がありうるが、妥当性としては(1)の線がうすくなる。「君が代」は祝、賀の歌によく用いられる語であるから、単に長生を祈るというだけではなく、公式の場で堂々と祝いを述べるという性格がつよくなるためである。ちなみに和漢朗詠集での配列を閲するかぎりは、「君が代」はあきらかに(3)の解釈を与えられている（祝の部の漢詩は、たとえば「嘉辰令月歓無極、万歳千秋楽未央」などといったものである）。
ただしここで誤ってならないのは、マスコミュニケーションの発達していないこの当時の民衆にとって、君主とは手の届かない、想像も付かない、雲の上の神や大昔の伝説、おとぎ話に近い概念であり、『君が代』における「君の長生」を祈る歌詞は、忠誠心や尊王とは切り離された「この治世の平安が続きますように」といった「祝福」に近い意味でとらえられていたことであろう。
なお、「千代に八千代に」の部分であるが、中世期の古今集解釈には二様があり、現行のように「千代に八千代に」とする説（冷泉家系統）と、「千代にや、千代に」と「千代に」の反復であるとする説（二条家系統）がともに行われたが、現在では前者で落ちついている。学問的な通説としても前者とする人が多い。
また、和歌、朗詠の常識として、本文は同じであってもそれが引用され、朗詠される場によってその解釈は折々に変る。折に合うということが重んぜられた王朝の風俗としてはこれは当然のことであって、その変動する解釈のなかに文学としての生命があったことを忘れてはならない。あくまでも場の芸術、場の芸能であった『君が代』に、一元的な解釈を付与すること自体が、当時の人々の意識とは大きな乖離をはらんでいるのである。すなわち上記(1)〜(3)の解釈は、すべて可能であるし、それを決定するためには『君が代』自体の考察だけでは不十分であって、それがどんな場（あるいは撰集における配列）においてどのように行われたかを知る必要がある。そしてその「決定」も、あくまで相対的なものであって、絶対的なものではないことに注意を要するのである。
更に時代が下り江戸時代頃には、この歌は一般的な祝いの席で祝いの歌として庶民の間でも歌われるようになった。それに伴い「君」の解釈にも変化が生じ、例えば婚儀の席で歌われるときは「君」とは新郎のことを指し、すなわち新郎の長寿と所帯の安息を祝い祈願する歌として用いられた。この時代の薩摩琵琶歌には、現在知られるものと同じ歌詞のものが見られる。よって現在の「君が代」は、明治期に薩摩人がここから採ったものとする説が有力である。（「歴史」を参照）
因みに、文部省（現在の文部科学省）が編集した『小学唱歌集初編』（明治21年（1881年）発行）に掲載されている歌詞は、現在のものよりも長く、幻と言われる2番が存在する。曲はイギリスの古い賛美歌から採られた。
君が代は千代に八千代にさざれ石の巌となりて苔のむすまで うごきなく常盤かきはにかぎりもあらじ
君が代は千尋の底のさざれ石の鵜のゐる磯とあらはるゝまで かぎりなき御世の栄をほぎたてまつる
後半の「さざれ石の巌となりて」は、砂や石が固まって岩が生じるという考え方と、それを裏付けるかのような細石の存在が知られるようになった『古今和歌集』編纂当時の知識を反映している。（後の項で詳述する）
明治2年（1869年）に当時薩摩藩兵の将校だった大山巌(後の日本陸軍元帥)により、国歌あるいは儀礼音楽を設けるべきと言うイギリス歩兵隊の軍楽長ジョン・ウィリアム・フェントンの進言をいれて、大山の愛唱歌の歌詞の中から採用された。当時日本の近代化のほとんどは当時世界一の大帝国だったイギリスを模範に行っていたため、歌詞もイギリスの国歌を手本に選んだとも言われている。
ただし、この話には異論がある。佐佐木信綱が記した『竹柏漫筆』によると明治天皇が関西へ行幸する際、フランス軍から天皇行幸に際して演奏すべき日本の国歌を教えてほしいという申し出が日本海軍へあった。そのため、当初、海軍兵学校へ出仕していた蘭学者である近藤真琴へ歌詞を書かせたが、海軍内で異論があり、海軍海補であった川村純義が郷里で祝言歌として馴染みのあった歌詞を採用したというものである。ただし、この説は明治当初に海軍が陸軍に対抗して自ら国歌の必要性を理解した上で発起したということを知らしめるために利用されていた節があり、現在の国歌研究においては「大山発案説」が事実であると見られている。
当初フェントンによって作曲がなされたが、あまりに洋風すぎる曲であったため普及せず、後により日本人の音感に馴染みやすい曲に置き換えようということで、明治13年（1880年）に宮内省雅樂課の奥好義のつけた旋律を雅楽奏者の林廣守が曲に起こし、それにドイツ人音楽家フランツ・エッケルトによって西洋風和声がつけられた。以来、『君が代』は国歌として慣例的に用いられてきたものである。
明治36年（1903年）にドイツで行われた「世界国歌コンクール」で、『君が代』は一等を受賞した。
大山らが登場させて後は専ら国歌として知られるようになった『君が代』だが、それまでの賀歌としての位置付けや、天皇が「國ノ元首ニシテ統治権ヲ総攬」していた（明治憲法による）という時代背景から、戦前にはごく自然な国家平安の歌として親しまれていた。