1875年、明治六大教育家の一人である新島襄により設立された同志社英学校を前身とする大学である。
年表新島襄
1875年 新島襄が京都寺町に官許同志社英学校を開校する。教員2人、生徒8人。
1876年 今出川校地（旧薩摩藩邸跡）に移転。同志社英学校に余科を併置。この時、熊本バンド約35人が入学。
1887年 医学校（医学部）構想の一環として、同志社病院・京都看病婦学校を創設。同志社予備校設置。
1888年 同志社英学校と同志社予備校を併せて同志社学院（予備学部、普通学部、神学部）設置。「同志社大学設立の旨意」を全国の主要な雑誌・新聞に発表。
1889年 同志社学院を同志社予備学校、同志社普通学校、同志社神学校と改称。
1890年 新島襄永眠。同志社ハリス理化学校（現工学部）を9月に開校。
1891年 同志社政法学校開校。政治学科（現法学部）と理財科（現経済学部）を置く。
1892年 同志社ハリス理化学校を同志社ハリス理科学校と改称。
1893年 同志社徽章を制定。
1896年 同志社普通学校を同志社高等普通学校と改称。
1897年 同志社高等普通学校、同志社政法学校、同志社波理須理科学校を同志社高等学部文科学校、同志社高等学部政法学校、同志社高等学部波理須理科学校に改制。
1904年 専門学校令による同志社神学校と同志社高等学部文科学校及び同志社高等学部波理須理科学校を合併し、専門学校令による同志社専門学校を設置。同志社高等学部政法学校廃止。
1908年 同志社カレッジソング制定。
1911年 専門学校として再編成し、神学部、英語師範部、高等商業部（現商学部）、政治経済部の4部を置く。
1912年 同志社専門学校、同志社神学校廃止。専門学校令により同志社大学（神学部、政治経済学部、英文科）を開校。
1919年 英文科を文学部、政治経済部を法学部と改称。
1920年 関西地区で初めて大学令に基づいて大学に昇格。同志社大学文学部（神学科、英文学科）、法学部（政治学科、経済学科）、大学院、予科を開校。
1922年 専門学校令による大学を同志社専門学校と改称再編し、神学部、英語師範部、高等商業部、政治経済部を設置。
1923年 法学部法律学科を増設。同志社大学に同志社女子専門学校から女子学生が入学
1926年 文学部神学科に神学専攻、倫理学専攻を設置。
1927年 文学部哲学科を増設。
1930年 同志社専門学校高等商業部を廃止し、同志社高等商業学校を設置
1937年 ヘレン・ケラー女史が講演。専門学校神学部廃止
1940年 文学部哲学科倫理学及教育学専攻を倫理学、教育学専攻に分割。
1941年 文学部（神学科、英文学科、哲学科）を神学科（神学専攻）、文化学科（哲学倫理学、心理学、英語英文学、文芸学、厚生学専攻）に改制。
1944年 同志社大学研究所（現・人文科学研究所）設置。法文学部（神・厚生・法経の3学科）1学部に縮小。同志社工業専門学校を設置し、電気通信科、機械科、化学工業科を設置。
1946年 元の2学部に復旧。厚生学科は文学部社会学科へ改組。
1947年 文学部神学科から神学部へ改組。
1948年 新制大学開校、4学部（神学部、文学部、法学部、経済学部）を開設。
1949年 商学部、工学部を開設、6学部体制となる。日本の大学では初となる点字での入試を開始。学友会発足。
1950年 大学院修士課程、神・文・法・経済・商各研究科を開設。短期大学部（夜間2年制）英語・商・経・工各学科を開設。
1951年 大学教養学部（一般教育課程）を廃止。
1952年 同志社各専門学校を廃止。
1953年 大学院博士課程設置。
1955年 工学研究科修士課程開設。
1957年 同志社大学研究所を同志社大学人文科学研究所へ改称。
1958年 アメリカ研究所開設。
1959年 理工学研究所開設。
1974年 新町別館開館。
1976年 EU情報センター設置。
1986年 田辺校地（現・京田辺校地）開校。文学研究科社会福祉学専攻博士課程（後期課程）、国文学専攻博士課程（後期課程）開設。
1988年 文学研究科美学および芸術学専攻修士課程開設。
1991年 初の大学院独立研究科として、アメリカ研究科を開設。学術情報センター発足。
1993年 言語文化教育研究センター開設。宗教センターをキリスト教文化センターへ改称。文学研究科教育学専攻修士課程、文学研究科社会学専攻修士課程、アメリカ研究科アメリカ研究専攻博士課程（後期課程）開設。
1994年 工学部知識工学科、機能分子工学科、物質化学工学科を開設。また機械工学科を機械システム工学科に、機械工学第二学科をエネルギー機械工学科に改組。工学部および工学研究科、理工学研究所を田辺校地に統合移転。同志社大学政法会設立。
1995年 大学院独立研究科として、総合政策科学研究科を開設。
1996年 商学研究科専門職コース内に「ベンチャービジネス・プログラム」を開設。経済学研究科応用経済学専攻に「高度専門職コース」を開設。文学研究科美学および芸術学専攻に博士課程（後期課程）を開設。
1997年 文学研究科社会学専攻と総合政策科学研究科総合政策科学専攻に博士課程（後期課程）を開設。昼夜開講制を実施。
1998年 文学研究科新聞学専攻に博士課程（後期課程）を開設。
