今出川校地は旧薩摩藩邸の跡地で、隣接して冷泉家、南に京都御所、北に相国寺がある。今出川校地内では同志社礼拝堂、クラーク記念館など、5棟が国の重要文化財に指定されている。これらの建物は現在でも講義・事務所・礼拝等に使用されている。 なお、2010年度に、今出川校地内にある同志社中学校の同志社岩倉校地への移転、同地の同志社高等学校との統合、跡地の大学による利用が決定している。同志社女子大学今出川校地、同志社幼稚園、同志社女子中学校・高等学校が隣接する。 今出川・新町・室町の3校地は近接しており、ほぼ一体として利用されており、3校地を併せて今出川校地と呼ぶことが多い。
同志社大学の前身である、同志社英学校時代からある校地である。同志社英学校が1875年11月29日に開校した時には京都市上京区寺町丸太町上ルの高松保実の屋敷（現在は新島旧邸）の一角を借り、教室として寄宿舎として利用していた。そのおよそ半年後に購入してあった土地、現在の今出川に建物ができたので学校を移す。当初は2棟（第一寮､第二寮）の建物で1階を教室、2階を寄宿舎として使用していた。また、同志社はキリスト教主義であるが、当時の京都ではキリスト教を排除する傾向にあり、住民の反対運動が相次いだ。そのため、今出川校地において教育を行う際に聖書を教えてはいけないとの契約を京都府とも結んでいた。そこで新島襄は現在のアーモスト館あたりにあった元豆腐屋を新島名義で買い上げ、学校外のその場所で聖書を教えることとなった。しかし、実際には学校内で聖書を教えていたところを京都府の役員に発見されて新島が始末書を書いたこともある。レンガ造りの建物がほとんどを占める同志社の建物だが最初に建てられたものは木造で、同志社に初めて登場するレンガ造りの建物は1884年に完成したアメリカン・ボードより寄付された彰栄館（京都で現存する最古のレンガ造り）である。第二寮はその後1970年代に京田辺校地に移築された。
使用学部
学部：神、文、社会、法、経済、商学部の各3?4年次および政策学部全学年
研究科：神学、文学、社会学、法学、経済学、商学、アメリカ、総合政策科学研究科
神学部、社会学部は2009年度に今出川校地へ統合。文学部心理学科は心理学部として改組され2009年度に全学年京田辺校地へ移転。文学部、法学部、経済学部、商学部も2013年度までに今出川校地に統合が予定されている。
教育施設
弘風館 (こうふう-かん 略称:K)経済学部事務室、法学部事務室、教室
至誠館 (しせい-かん 略称:S)商学部事務室、教室
神学館 (しんがく-かん 略称:G)神学部事務室、教室、神学館礼拝堂
クラーク記念館 (略称:CL)キリスト教文化センター、教室、クラークチャペル
明徳館 (めいとく-かん 略称:M)食堂、購買、教室、教育開発センター、研究支援課、学生ラウンジ
徳照館 (略称:T)文学部・文学研究科事務室
博遠館 (はくえん-かん 略称:H)教室、大学院共同図書室、アメリカ研究所・アメリカ研究科事務室、総合政策科学研究科事務室
今出川図書館EU情報センターがあり、EU関連の書物やレポートも充実している。
扶桑館 (ふそう-かん 略称:F)ワールドワイドビジネス研究センター、ヒューマンセキュリティ研究センター、社会的共通資本研究センター、国際センター（国際課）、日本語・日本文化教育センター（国際教育課）、生協書籍部
啓明館人文科学研究所、同志社社史資料センター
講武館 (こうぶ-かん 略称:KB)
寧静館 (ねいせい-かん 略称:N)
待辰館一神教学際研究センター
光塩館 (略称:KE)
啓明館
なし
その他施設
ハリス理化学館入試センター、広報課、アドミッションズオフィス、校友課
有終館庶務課
致遠館人事課、経理課、資金課、学事課、企画課
今出川校地には以下の文化財が存在している。
重要文化財今出川校地：礼拝堂（重要文化財）
同志社大学に存在する日本国政府に指定された重要文化財には以下のものがある。
建築物
同志社礼拝堂 (今出川校地)
番号:1575
種別1:学校建築
指定年月日:1963年7月1日
年代:明治19年
構造形式:煉瓦造、建築面積316.0㎡、一階建、一部中二階及び地下室付、鉄板葺
D.C.グリーンが設計し、1886年に竣工。アメリカン・ゴシック調の鉄板葺き煉瓦造り。アメリカン・ボードの寄付によって建築。日本におけるプロテスタント派の煉瓦造りの礼拝堂としては現存する最古のもの。施工は有終館も請け負った三上吉兵衛。ステンドグラスが美しく、徳冨蘆花の小説、黒い眼と茶色の目の中で「五色の光線」が降ると形容された。1963年に国の重要文化財に指定され、1987年から1990年まで半解体修理工事が行われた。現在も礼拝堂として使用されており、毎週礼拝も行われている。また、週末には同志社関係者に限り結婚式を挙げることもできる。同志社の礼拝堂としては2代目(初代は木造)。
有終館 (今出川校地)
番号:1575
種別1:学校建築
指定年月日:1979年5月21日
年代:明治20年
構造形式:煉瓦造、建築面積352.3㎡、二階建、地下一階、桟瓦葺（内装を除く）
1887年に、書籍館（しょじゃくかん）として竣工。竣工した当時は日本最大の学校図書館建築物であった。設計はD.Cグリーン。施工は三上吉兵衛。初代大学図書館。1928年昭和天皇が即位式で在京の折、この有終館が出火した[要出典]。即位式典の場所である御所は、同志社今出川校地の隣りなので、大学当局は即位式の間、全学あげて構内の警備をしていた。ところがその詰所にしていた部屋の木製の大火鉢が加熱して出火してしまったのである。これにより当時の海老名弾正総長および理事、監事は引責辞職。同志社は国賊であるかのように罵られたという。燃え残った有終館の駆体は撤去の予定であったが、当時隣の同志社女学校の建築を手がけていた武田五一が修理・保存を勧告、結局外壁の内部に15cmの鉄筋コンクリートの壁を作る方法で保存した。
