吉野川水系の河川施設は、1966年（昭和41年）の「吉野川水系水資源開発基本計画」（フルプラン）に基づいて、国土交通省四国地方整備局と独立行政法人水資源機構吉野川局によって管理・運営されている。水資源施設のほとんどは水資源機構管理ダムであり、国土交通省直轄ダムは銅山川の柳瀬ダムのみである。これは他の水系ではない珍しい体系である。2000年（平成12年）の富郷ダム完成によって「吉野川総合開発事業」は全ての計画を完了した。
一方水力発電施設においては、吉野川本川上流部や祖谷川流域で発電用ダムが多く建設されているが、大規模水力発電所は本川揚水発電所 (615,000kW) 程度である。特殊なところでは銅山川源流部に建設された別子ダムで、住友グループの系列企業である住友共同電力株式会社が保有する民間企業所有ダムである。
一次
支川名
（本川）二次
支川名三次
支川名ダム名堤高
(m)総貯水
容量
（千m?）型式事業者備考
吉野川--長沢ダム71.531,900重力式四国電力
吉野川--大橋ダム73.524,030重力式四国電力
住友共同電力土木遺産
吉野川--早明浦ダム106.0316,000重力式水資源機構
吉野川--山崎ダム--重力式電源開発小堰堤
吉野川--池田ダム24.012,650重力式水資源機構
吉野川--吉野川第十堰堰-固定堰国土交通省
吉野川--吉野川可動堰6.26,500可動堰国土交通省凍結中
大森川--大森川ダム73.219,120中空重力式四国電力
瀬戸川--稲村ダム88.05,800ロックフィル四国電力
穴内川--穴内川ダム66.646,260中空重力式四国電力
祖谷川--名頃ダム37.01,367重力式四国電力
祖谷川--三縄ダム17.0299重力式四国電力
祖谷川若宮谷川-若宮谷ダム32.294重力式四国電力
祖谷川松尾川-松尾川ダム67.014,300重力式四国電力
銅山川--別子ダム71.05,628重力式住友共同電力
銅山川--富郷ダム111.053,200重力式水資源機構
銅山川--柳瀬ダム55.532,200重力式国土交通省愛媛県施工
銅山川--新宮ダム42.013,000重力式水資源機構
銅山川--影井堰堰-固定堰水資源機構
銅山川--銅山川ダム--重力式四国電力小堰堤
銅山川柴川谷川-柴川ダム40.0252重力式徳島県建設中
曾江谷川--夏子ダム43.81,600重力式徳島県
貞光川明谷川-明谷ダム19.652重力式四国電力
旧吉野川--旧吉野川河口堰7.34,930可動堰水資源機構
旧吉野川宮川内谷川-宮川内ダム36.01,350重力式徳島県
旧吉野川今切川-今切川河口堰堰-可動堰水資源機構
（注）：黄色欄は建設中もしくは計画中のダム・堰。
（注2）：赤欄は建設凍結中のダム・堰（2006年現在）。
昭和初期に、当時の最先端技術を投じて架けられ、当時「東洋一の吊り橋」と言われた三好橋がある。いくつかの潜水橋も見ることができる。河口付近では近年の優れた橋梁技術を多数見ることができる。
大杉橋（長岡郡大豊町）
川口大橋（長岡郡大豊町）
吉野川橋（長岡郡大豊町）（高知自動車道）
吉野川橋（長岡郡大豊町）（国道32号）
薬師橋（長岡郡大豊町）
長瀞橋（長岡郡大豊町）（国道32号）
豊永大橋（長岡郡大豊町）
大岩橋（長岡郡大豊町）
大歩危橋（三好市）（徳島県道45号西祖谷山山城線）
祖谷口橋（三好市）（徳島県道32号山城東祖谷山線）
三好橋（三好市）（徳島県道268号野呂内三縄停車場線）
池田大橋（三好市）（国道32号・国道192号）
池田へそっこ大橋（三好市）（徳島自動車道）
四国中央橋（三好市）（国道32号）
三好大橋（三好市）（香川県道・徳島県道5号観音寺池田線）
土讃線吉野川橋梁（三好郡東みよし町・三好市）（土讃線）
吉野川橋（三好郡東みよし町・三好市）（徳島自動車道）
美濃田大橋（三好郡東みよし町・三好市）（徳島県道県道266号昼間辻線）