1895年の下関条約の締結から1945年の日本の敗戦まで台湾を支配・統治した。台湾総督は台湾の行政・司法・立法から軍事までを一手に掌握しうる強大な権限を持ったため「土皇帝」と呼ばれた程である（後に軍事権が台湾軍司令官に移譲されたことにより、文官の総督就任が可能になる）。但し台湾総督は内閣総理大臣、内務大臣、拓務大臣の指揮監督を受けることになっており、天皇直属の朝鮮総督より地位が低かった。初代総督は樺山資紀で当初は陸海軍の将官が総督を務めた。兒玉源太郎総督の下で1898年に民政長官に就任した後藤新平は、土地改革、ライフラインの整備、アヘン中毒患者の撲滅、学校教育の普及、製糖業などの産業の育成を行うことにより台湾の近代化を推進し、一方で植民地統治に対する反逆者には取り締まりをするという『飴と鞭』の政策を有効に用いることで植民地支配の体制を確立した。
代氏名身分在職期間
1樺山資紀
かばやま すけのり武官1895年5月10日 - 1896年6月2日
2桂太郎
かつら たろう1896年6月2日 - 1896年10月14日
3乃木希典
のぎ まれすけ1896年10月14日 - 1898年2月26日
4兒玉源太郞
こだま げんたろう1898年2月26日 - 1906年4月11日
5佐久間左馬太
さくま さまた1906年4月11日 - 1915年5月1日
6安東貞美
あんどう ていび1915年5月1日 - 1918年6月6日
7明石元二郎
あかし もとじろう1918年6月6日 - 1919年10月29日
8田健治郎
でん けんじろう文官1919年10月29日 - 1923年9月6日
9内田嘉吉
うちだ かきち1923年9月6日 - 1924年9月1日
10伊沢多喜男
いざわ たきお1924年9月1日 - 1926年7月16日
11上山満之進
かみやま みつのしん1926年7月16日 - 1928年6月16日
12川村竹治
かわむら たけじ1928年6月16日 - 1929年7月30日
13石塚英蔵
いしづか えいぞう1929年7月30日 - 1931年1月16日
14太田政弘
おおた まさひろ1931年1月16日 - 1932年3月3日
15南弘
みなみ ひろし1932年3月3日 - 1932年5月17日
16中川健蔵
なかがわ けんぞう1932年5月17日 - 1936年9月2日
17小林躋造
こばやし せいぞう武官1936年9月2日 - 1940年11月27日
18長谷川清
はせがわ きよし1940年11月27日 - 1944年12月30日
19安藤利吉
あんどう りきち1944年12月30日 - 1945年10月25日
（昭和15年末現在）
総督官房
内務局
文教局
財務局
殖産局
米穀局
警務局
法務局
外事部
所属官署
交通局
総務課
道路港湾課
鉄道部
逓信部
専売局
税関
気象台 等
詳細は日本統治時代の台湾行政区分を参照
台湾人の職員も多く採用されたが、徹底した差別により高位高官への昇進の機会は閉ざされていた。州知事・庁長、市尹（内地の市長に相当）は全て日本人であり、総督府に属する高等官1,444人（1943年時点）のうち、台湾人は30人以下にすぎず台湾人の警察人員は全て巡査以下だった。公立中学校の校長に任命された台湾人はなく、国民学校も分教場を入れて4人のみだった。