撰者である太朝臣安万侶（おおのあそみやすまろ）が、天子に奏上する形式に倣って記した序文である。
序第1段 稽古照今（古を稽へて、今に照らす）
ここでは天地開闢からはじまる『古事記』の内容の要点を挙げ、さらにそれぞれの御代の事跡は異なるがほぼ政治に誤りはなかった、と述べている。臣安萬侶言す。それ、混元既に凝りて、気象未だ效（あらは）れず。名もなく為も無し。誰れかその形を知らむ。…（臣安萬侶言 夫混元既凝 氣象未效 無名無爲 誰知其形）…歩驟（ほしう）各異（おのおのこと）に、文質同じくあらずと雖も、古を稽（かむが）へて風猷を既に頽れたるに縄（ただ）し、今に照らして典教を絶えむとするに補はずといふことなし。（雖歩驟各異 文質不同 莫不稽古以繩風猷於既頽 照今以補典?於欲絶）
序第2段 『古事記』撰録の発端
ここではまず、天武天皇の事跡を厳かに述べた後、天武天皇が稗田阿禮に勅語して『帝記』・『旧辞』を暗誦させたが、時世の移り変わりにより文章に残せなかった経緯を記している。…ここに天皇（天武）詔（の）りたまひしく「朕（われ）聞きたまへらく、『諸家のもたる帝紀および本辞、既に正実に違ひ、多く虚偽を加ふ。』といへり。今の時に当たりて、其の失（あやまり）を改めずは、未だ幾年をも経ずしてその旨滅びなんとす。これすなはち、邦家の経緯、王化の鴻基なり。故これ、帝紀を撰録し、旧辞を討覈して、偽りを削り実（まこと）を定めて、後葉（のちのち）に流（つた）へむと欲（おも）ふ。」とのりたまひき。時に舎人（とねり）ありき。姓（うぢ）は稗田（ひえだ）、名は阿禮（あれ）、年はこれ二八。人と為り聡明にして、耳に度（わた）れば口に誦（よ）み、耳に拂（ふ）るれば心に勒（しる）しき。すなはち、阿禮に勅語して帝皇日継（すめらみことのひつぎ）及び先代旧辞（さきつよのふること）を誦み習はしめたまひき。…（於是天皇詔之 朕聞諸家之所 帝紀及本辭 既違正實 多加虚僞 當今之時 不改其失 未經幾年 其旨欲滅 斯乃邦家經緯 王化之鴻基焉 故惟撰録帝紀 討覈舊辭 削僞定實 欲流後葉 時有舍人 姓稗田名阿禮 年是廿八 爲人聰明 度目誦口 拂耳勒心 即勅語阿禮 令誦習帝皇日繼 及先代舊辭）
序第3段 『古事記』の成立
ここでは、元明天皇の世となって安万侶に詔が下り、稗田阿禮の暗誦を撰録した経緯を述べ、最後に内容の区分について記している。経緯では、言葉を文字に置き換えるのに非常に苦労した旨が具体的に記されている。…ここに、旧辞の誤りたがへるを惜しみ、先紀の謬り錯（まじ）れるを正さむとして、和銅四年九月十八日をもちて、臣安麻呂に詔りして、阿禮阿禮の誦む所の勅語の旧辞を撰録して献上せしむるといへれば、謹みて詔旨（おほみこと）の随（まにま）に、子細に採りひろひぬ。然れども、上古の時、言意（ことばこころ）並びに朴（すなほ）にして、文を敷き句を構ふること、字におきてすなはち難し。…（於焉惜舊辭之誤忤 正先紀之謬錯 以和銅四年九月十八日 詔臣安萬侶 撰録稗田阿禮所誦之勅語舊辭 以獻上者 謹隨詔旨 子細採?然、上古之時 言意並朴 敷文構句 於字即難）…大抵記す所は、天地開闢より始めて、小治田（をはりだ）の御世に訖（をは）る。故、天御中主神（あめのみなかぬしのかみ）以下、日子波限建鵜草葺不合命（ひこなぎさたけうがやふきあへずのみこと）以前を上巻となし、神倭伊波禮毘古天皇（かむやまといはれびこのすめらみこと）以下、品蛇御世（ほむだのみよ）以前を中巻となし、大雀皇帝（おほさぎのみかど）以下、小治田大宮（をはりだのおほみや）以前を下巻となし、併せて三巻を録して、謹みて献上る。臣安萬侶、誠惶誠恐、頓首頓首。（大抵所記者 自天地開闢始 以訖于小治田御世 故天御中主神以下 日子波限建鵜草葺不合尊以前 爲上卷 神倭伊波禮毘古天皇以下 品陀御世以前 爲中卷 大雀皇帝以下 小治田大宮以前 爲下卷 并録三卷 謹以獻上 臣安萬侶 誠惶誠恐頓首頓首）和銅五年正月二十八日 正五位上勲五等太朝臣安萬侶
天地開闢から日本列島の形成と国土の整備が語られ、天孫が降臨し山幸彦までの神代の話を記す。いわゆる「日本神話」である。
天地開闢とともに様々な神が生まれたとあり、その最後にイザナギ、イザナミが生まれた。二神は高天原（天）から葦原中津国（地上世界）に降り、結婚して結ばれ、その子として、大八島国を産み、ついで山の神、海の神などアニミズム的な様々な神を産んだ。こうした国産みの途中、イザナミは火の神を産んだため、火傷を負い死んでしまった。そのなきがらは出雲と伯耆の堺の比婆山(現；島根県安来市)に葬られた。イザナギはイザナミを恋しがり、黄泉の国（死者の世界）を訪れ連れ戻そうとするが、連れ戻せず、国産みは未完成のまま終わってしまう。
イザナギは、黄泉の国の穢れを落とすため、禊を行い、左目を洗った時に天照大御神（アマテラスオオミカミ）、右目を洗った時に月読命（ツクヨミノミコト）、鼻を洗った時に須佐之男命（スサノオノミコト）を産む。その後、最初に生んだ淡路島の幽宮で過ごした。これら三神は、三貴子と呼ばれ、神々の中で重要な位置をしめるのだが、月読命に関しては、その誕生後の記述が一切ない。スサノオノミコトは乱暴者なため、姉の天照大御神に反逆を疑われる。そこで、天照大御神とスサノオノミコトは心の潔白を調べる誓約を行う。その結果、スサノオノミコトは潔白を証明するが、調子に乗って狼藉を働いてしまう。我慢の限度を越えた天照大御神は、天岩屋戸に閉じこもるが、集まった諸神の知恵で引き出すことに成功する。
一方スサノオノミコトは神々の審判を受けて高天原を追放され、葦原中津国の出雲国に下る。ここまでは乱暴なだけだったスサノオノミコトの様相は変化し、英雄的なものとなって有名なヤマタノオロチ退治を行なう。次に、スサノオノミコトの子孫である大国主神が登場する。大国主の稲羽の素兎（因幡の白兎）や求婚と受難の話が続き（大国主の神話）、スクナヒコナと供に国作りを進めたことが記される。国土が整うと国譲りの神話に移る。天照大御神は、葦原中津国の統治権を天孫に委譲することを要求し、大国主と子供の事代主神はそれを受諾する。しかし、子の建御名方神は、始めは承諾せず抵抗するが、後に受諾する。葦原中津国の統治権を得ると高天原の神々は天孫ニニギを日向の高千穂に降臨させる。次にニニギの子供の山幸彦と海幸彦の説話となり、浦島太郎の説話のルーツとも言われる、海神の宮殿の訪問や異族の服属の由来などが語られる。山幸彦は海神の娘と結婚し、彼の孫の神武天皇が誕生することをもって、上巻は終わる。
上巻に出てくる主な神々
別天（ことあま）つ神五柱（いつはしら）独神（ひとりがみ）
天之御中主神（あめのみなかぬし）独神、天原の中心の神
高御産巣日神（たかむすび）独神、生成力の神格化
神産巣日神（かみむすび）独神、生成力の神格化
宇摩志阿斯詞備比古遲神（うましあしかびひこぢ）独神
天之常立神（あめのとこたち）独神
神世七代（かみよななよ）
国之常立神（くにのとこたち）独神、国土の根源神
豐雲野神（とよくもの）独神、
宇比地邇神（うひぢに）と妹須比智邇神（すひぢに）