2001年（平成13年）1月の中央省庁再編により、厚生省と労働省を統合して誕生した。医療・健康・福祉・年金や、労働・雇用といった分野を職掌とする。
また、旧厚生省時代に戦前の旧陸軍・海軍の資料の一部を当時の陸軍省・海軍省から引継ぎ、遺骨収集事業や軍歴証明書の発行（同省及び各都道府県で担当）などの業務を行っている（注：軍人恩給の支給については総務省人事・恩給局の所管）。
幹部
厚生労働大臣
厚生労働副大臣2人
厚生労働大臣政務官2人
厚生労働事務次官
厚生労働審議官
内部部局
大臣官房
統計情報部
医政局
健康局
医薬食品局 - 医薬品・医療機器等の承認審査や安全対策、薬物乱用対策などを所管。
食品安全部 - 食品安全、健康食品などについての事務のほか、検疫所を所管。
労働基準局
安全衛生部
労災補償部
勤労者生活部
職業安定局
高齢・障害者雇用対策部
職業能力開発局
雇用均等・児童家庭局
社会・援護局 - 生活保護制度や災害救援などの社会福祉、および中国残留邦人や戦没者遺族などに対する援護を所管。
障害保健福祉部
老健局 - 介護保険制度など高齢者の健康・福祉に係る事務を所管。
保険局 - 医療保険制度を所管。診療報酬や薬価の設定も行う。
年金局 - 公的年金制度及び企業年金制度を所管。
政策統括官（社会保障担当）（局長級分掌官）
政策統括官（労働担当）
審議会等厚生労働省（中央合同庁舎第5号館）
社会保障審議会
厚生科学審議会
労働政策審議会
医道審議会
薬事・食品衛生審議会
独立行政法人評価委員会
中央最低賃金審議会
労働保険審査会
中央社会保険医療協議会
社会保険審査会
疾病・障害認定審査会
援護審査会
施設等機関
検疫所 - 13検疫所、14支所、80出張所
国立高度専門医療センター - 6センター
国立がんセンター
国立循環器病センター
国立精神・神経センター
国立国際医療センター
国立成育医療センター
国立長寿医療センター
国立ハンセン病療養所 - 13療養所
国立医薬品食品衛生研究所
国立保健医療科学院
国立社会保障・人口問題研究所
国立感染症研究所
国立児童自立支援施設 - 2施設（国立きぬ川学院、国立武蔵野学院）
国立光明寮 - 4施設（国立○○視力障害センターと称する）
国立保養所 - 2施設（国立○○重度障害者センターと称する）
国立知的障害児施設 - 1施設（国立秩父学園）
国立身体障害者リハビリテーションセンター
※「国立高度専門医療センター」は法令に明記された正式な機関名だが、国立がんセンターをはじめとする6センターの言わば総称に当たるものであり、これら6センターと別に本部のような組織が存在する訳ではない。※上記のうち国立児童自立支援施設から国立身体障害者リハビリテーションセンターまでの5区分の機関は慣例上「国立更生援護機関」と総称される。
特別の機関
中央駐留軍関係離職者等対策協議会
