一貫制博士課程は、前期2年および後期3年の課程の区分を設けない課程であり、「専攻分野について、研究者として自立して研究活動を行い、又はその他の高度に専門的な業務に従事するに必要な高度の研究能力及びその基礎となる豊かな学識を養うこと」を目的として一貫して教育を行う。この課程は、大学（短期大学を除く）を卒業した者などが入学できるが、通例として入学者選考が行われ、合格したもののみが入学できる。修了するためには、規定の単位を取得し、研究指導を受け、各大学院による博士論文審査と試験に合格することが必要である。修業年限は5年。ただし在学中に特に優れた成果を挙げたものは修業年限を短縮できる学校もある。修了すると博士の学位が授与される。
さらに一貫制博士課程に入学し、前述の博士前期課程、修士課程の修了要件を満たした場合、大学院によっては、修士の学位が授与される。
4年制博士課程は、標準修業年限を4年としている、医学を履修する博士課程、歯学を履修する博士課程、6年制薬学系学部に接続している薬学を履修する博士課程、獣医学を履修する博士課程である。修了すると博士の学位が授与される。4年制博士課程に接続する学部の修業年限は6年であるため、4年制博士課程に入学できる者は、修業年限を6年とする学部を卒業した者、修士の学位を授与された者、専門職学位を授与された者などである。（ただし6年制学部卒業者が修士課程修了と同等となるわけではないため逆に6年制学部卒業者が博士後期課程に入学することはできない）、目的、修了要件、授与される学位は、一貫制博士課程と同様である。
専門職学位課程は、専門職大学院の課程であり、「高度の専門性が求められる職業を担うための深い学識及び卓越した能力を培うこと」を目的としている。大学（短期大学を除く）を卒業した者などが入学できるが、通例として入学者選考が課され、合格したもののみが入学できる。修了するためには、規定の単位の取得その他の教育課程の履修により課程を修了することが必要である。標準修業年限は、通例2年であるが、専攻分野によっては、1年以上2年未満である。修了すると修士（専門職）の学位が授与される。専門職学位課程で授与される学位は、専門職学位と呼ばれる。
法科大学院は、法曹養成のための特別な専門職学位課程である。修了するためには、規定の単位の取得が必要である。修業年限は3年。修了すると「法務博士（専門職）」の学位が授与される。
主に夕刻から授業を始める大学院の課程であり、通常の研究科が夜間にも授業を行っている形態と「夜間において授業を行う研究科」（夜間研究科、夜間大学院）の形態の2種類がある。学部の夜間部（第2部）や「夜間において授業を行う学部」（夜間学部）の大学院版ともいえる。日中、仕事を持つ社会人などが、就業後に通学するなど利便性の点で、大学院の通信教育とともに注目されている。なお、修了して授与される学位は、大学院の（昼間において授業を行う）通常の課程を修了して授与されるものと同一のものである。 なお、日本初の夜間大学院は1958年に開設された東京電機大学大学院工学研究科電気工学専攻である。また文科系における日本初の夜間大学院は、1990年開設の青山学院大学大学院国際マネジメント研究科である。さらに社会人を対象とする日本初の夜間大学院は1989年開設の筑波大学大学院修士課程教育研究科である。
通信による教育を行う大学院の課程であり、大学通信教育を大学院で行うものである。「印刷教材等による授業」（印刷授業）・「面接授業」などの授業や、研究指導を経て学位が授与される。
修士課程・博士前期課程では、放送大学大学院、明星大学大学院、東北福祉大学大学院、名古屋学院大学大学院、帝京平成大学大学院、中京大学大学院、吉備国際大学大学院、倉敷芸術科学大学大学院、人間総合科学大学大学院、桜美林大学大学院、東京福祉大学大学院、高野山大学大学院、東亜大学大学院、京都造形芸術大学大学院などがある。
また、博士後期課程には、日本大学大学院、佛教大学大学院、聖徳大学大学院、日本福祉大学大学院、九州保健福祉大学大学院などがある。
これまでの大学院教育では、学位の修得が即ち修了資格と不可分の関係にあり、修了するということは学位の修得を意味していた。 また、その学位の修得状況については修士の学位についてはともかく、一般に日本国内における人文科学、社会科学分野の博士号については、課程期間内で取得するのが困難で、単位取得満期退学で教職に就き、その後研究を積み重ね、定年近くになって名誉称号的に授与されるのが慣例になっていた。しかしながら近年、日本の慣例を嫌う留学生が日本への留学を回避するようになる状況が起こり、文部科学省の指導により、博士号の課程内の取得が可能となる状況にある。
しかし、今日ではその大学院の修士課程及び専門職学位課程、または博士課程の定める学位の他に、他の大学との提携による他大学の学位修得の道が開かれている分野もあり、これをダブルディグリー・プログラムという。一方で、技術と知識の習得のみを前提とし学位の授与を行わないノンディグリー・プログラムも存在し、大学院教育の幅や選択肢は多岐に拡がりつつある。
（1）大学、国の研究機関、（2）民間企業に就職するものが主流である。前者の場合、「ポスドク」（ポストドクターの略）といわれる身分になることが多く問題になっている。後者の場合、理系でしかも工学系など企業に入ってからの職務と結びつくことが多い専攻であれば成功することが多いが、そうでない場合（バイオ系や文系に多い）は苦労することが多いと言われていた。しかし近年では団塊の世代の大量退職によって、売り手市場（応募する学生が有利な状況）になっていることや大学側でも就職支援に乗り出すなどしていることや採用する企業側も人物重視に切り替えている事等から、以前よりはかなり改善されている。
また、修士の学位は教育職員免許状における専修免許状の基礎資格となるため、教員を目指す人が修士課程修了により専修免許状を得て教育現場に入ることも増えている。
大学院博士課程修了者は大学教員、研究者や国の研究機関に就職する場合がほとんどである。だが、日本ではアメリカの博士課程と異なり就職に苦労するという現実があることから、近年学生の博士離れが進んでいる ⇒[1]。