三国時代になると呉の孫権が229年に石頭城という要塞を築いて建業と称してこの地に都を置いた。西晋にて一旦、建業とされた後に司馬?（愍帝）を避諱して建康と改められ、東晋及びその後の四王朝（宋、斉、梁、陳）の都となった。呉を含めた六国が全て同じ地に都を置いたことから六朝時代の名がある。
隋で江寧県、唐では金陵県、白下県、上元県などと称される。この時代には、新たに開削された大運河により、長江対岸の揚州が物資の集積地となり、この地域の中心地としての地位を奪われた恰好となり、往時の都としての繁栄は見られなくなった。唐崩壊後の五代十国時代には、南唐の都金陵府が置かれ、後に改名されて西都と称する。
明の太祖朱元璋（洪武帝）は1356年に集慶路と呼ばれていたこの地を征服し、以後ここを根拠地として全土を統一するに至った。1368年、応天府と改められ、首都とする。1421年には、靖難の役で皇位を簒奪した永楽帝により首都が北京（順天府）へ遷都され、「南京」と改められる。明一代に於いて首都北京周辺の北直隷に対して南京は副都として扱われ、南京周辺は南直隷とされた。南京には首都北京に異常があった際に備えて北京に置かれた朝廷を縮小したものが置かれていた。南京の紫禁城は現在の故宮公園であり皇城の中に宮城があり、現在の故宮公園はかつての宮城の一部であり、門や主要建築物の石壇が残っている。ちなみに北京のあの有名な紫禁城（故宮）も明の北京遷都の際、南京の紫禁城を模して建てたものだ（南京の紫禁城は靖難の役のとき攻城のあげく、焼却されてがれきとなった。）
清代に入ると江寧と呼ばれるようになった。太平天国の乱では占領され、天京とされた。また1858年の天津条約・1860年の北京条約に於いて西欧に対して開港した。
辛亥革命により中華民国が成立すると、1912年には一時的に臨時政府が置かれ、1927年4月には国民政府の首都となった。日中戦争中の1937年12月には日本軍によって占領された（詳細は南京攻略戦、南京大虐殺を参照。）。
1940年3月、汪兆銘傀儡政権の首都となる。
1949年10月1日に中華人民共和国が建国されると直轄地になる。
1953年に江蘇省の発足とともにの同省の省都となった。
1994年副省級市になる。
2004年のGDPは2000億元超で、前年比17.4%の成長であり、その内訳は
第1次産業によるものが70億元（前年比5.2%増）
第2次産業によるものが1005億元（前年比20.7%増）
第3次産業によるものが835億元（前年比14.9%増）であった。
2004年の輸出入の総額は206.4億ドルで、そのうち輸出は104.6億ドル（前年比36.5%増）であった。
2004年までの外資投資高は120億ドルで投資件数は8652件、そのうち日本企業の総投資額は7.64億ドルであった。日本との貿易高は21.33億ドルで、輸出が11.25ドル（14.99%増）輸入が10.08ドル（18.53%増）
農業
耕地面積30.3ha
林業用地8.3ha
水産業等3.7ha
工業
自動車、電子、鉄鋼、石油化学、鉄鋼などが主な産業。それらを含めて36業種200分野、2000種類の製品が生産されている。これらの齎す工業総生産は3285億元（南京市のGDPの43.1%を占める）。南京市政府は今後は資本集約産業から技術集約産業への転換を進めて行く方針。
観光業のみならず物流、金融、情報センターを指向、投資の拡大を狙っている。
経済政策
外資起業に対して投資額に応じた税制面での優遇措置
4つの国家開発特区の建設
南京ハイテク産業特区（ソフト開発、IT、生物医薬）
経済技術開発特区（IT、新型材料、生物医薬のLCD、PDPなど）
ケミカル産業開発特区（エチレン、酢酸、塩素加工）
江寧経済開発技術開発区（自動車、自動車部品、精密機器、IT）
5つの省級開発特区の建設
人口統計表年居民(万人)自然増加率(%)
1949年256.7013.09
1950年256.7015.64
1955年280.3419.94
1960年322.590.23
1965年345.2925.58
1970年360.5320.76
1975年392.999.53
1978年412.388.84
1980年435.878.08
1985年465.774.56
1990年501.829.18
1995年521.722.62
1996年525.432.63
1997年529.822.16
1998年532.311.00
1999年537.442.01
2000年544.892.48
2001年553.041.60
2002年563.280.70
2003年572.23-0.60
行政区画
市域には以下の区および県がある。
玄武区
白下区
秦淮区
建?区
鼓楼区
下関区
雨花区
浦口区
栖霞区
江寧区
六合区
?水県