春秋共に総当たりによる勝率制。（引き分けは勝率計算上は除く）但し変則的な方法で行なっている模様。（詳細不明）※2部、3部リーグ戦は1部リーグ戦完了後に実施。
連盟規定により、当該チームの全勝数を引き分け数を除いた全試合数で割った数値（勝率）が高いチームを上位とする。勝率が同じ場合は、優劣の決定が必要な場合に限り決定戦（プレイオフ）を行なう。但し、決定戦での成績はリーグ戦の諸成績には含めない。
各部のリーグ戦の終了後に上位リーグの最下位校と下位リーグの優勝校との間で対戦を組み、勝者チームを次シーズンの上位リーグの所属とする。（敗者チームは次シーズンは下位リーグ所属となる。）対戦方法は2戦先勝方式。
同一の対戦校に対して先に2勝したチームがその相手校との対戦に勝利したとして対戦を終了する。（1勝1敗の場合は第3戦を行い決着を付ける。）
1部は旭川市花咲スポーツ公園硬式野球場（スタルヒン球場）、苫小牧緑ヶ丘球場、網走呼人球場を中心に江差町民野球場も利用している。2部と3部は愛別球場とぴっぷ野球場を主に利用している。
加盟大学
旭川大学
帯広畜産大学
北見工業大学
釧路公立大学
拓殖大学北海道短期大学
東京農業大学生物産業学部
道都大学（05年より社会福祉学部が紋別から北広島に移転したためリーグ脱退。チームは札幌校と統合
苫小牧駒澤大学
函館大学
北海商科大学
北海道大学水産学部
北海道教育大学旭川校
北海道教育大学函館校
東海大学北海道
室蘭工業大学
公立はこだて未来大学
大学野球
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