1885年12月22日、内閣職権に基づいて伊藤博文が初代の内閣総理大臣として内閣を組織したのが始まりとされている（ただし、「内閣」と言う用語自体は1873年6月に太政官正院内に設置された太政大臣と参議から構成される合議体を指す言葉として使用されたのが初出である。また、内閣書記官長は非常設ながらその時期より設置されている）。
4年後に制定された大日本帝国憲法においては行政は天皇が行うものとされて、国務大臣が天皇の輔弼を行うとする規定（55条）にあるものの、内閣・内閣総理大臣の規定は存在しなかった。内閣は当時の「内閣官制」という法令で定められたものの、「内閣総理大臣は（国務大臣）同輩中の首席」でしかなく、実はその職掌すらも明確にはされていなかった。内閣閣僚に対する任免権もなく（親任官のため任命権者は天皇）、「閣内不統一」は直ちに内閣総辞職に結びついた。
また、内閣総理大臣は天皇からの大命降下によって組閣を命じられる事になっていたが、その人選は「元老」や「重臣」と呼ばれる首相経験者などの推薦を経て任命される事になっており、大正末期から昭和初期の政党内閣時代においてさえも、あくまでも総選挙の結果を参照した元老の推挙によって政党党首への大命降下が行われたのである。
また、組閣に関しても陸軍大臣及び海軍大臣は現役の大将・中将をもって任命するという軍部大臣現役武官制が一時期を除いて採用されており、軍がその規定を利用して内閣の人事に介入することもしばしば行われた。さらに陸軍・海軍は軍政の面では一応大臣の下にあったが、軍令の面では天皇に専属する「統帥権」として独立した立場にあった。軍令の権限が現在よりも強かったこともあり、内閣が軍事政策に関与する事は事実上困難であった。
第二次世界大戦後、日本国憲法制定によって天皇は国家国民の象徴として行政権から切り離された。代わって内閣が名実ともに行政権を行使する機関となった。また、内閣官制にかわって内閣法が制定された。
現在の日本の内閣については、日本国憲法第5章が規定する。主に次のような特徴を有している。
行政権を担当する最高の合議体として、国会（立法）、裁判所（司法）と並ぶ憲法上の機関である。
国会に対して連帯して責任を負う（日本国憲法第66条）。
議院内閣制をとる。
内閣総理大臣に首長的地位を与える。
内閣総理大臣に国務大臣の任免権を保障する。（ →「罷免」の項を参照）
職務内閣制度創始100周年記念500円白銅貨幣 表 (左) は総理官邸、裏は内閣公印の意匠
法律の執行と国務の総理（憲法73条1号）
外交関係の処理（憲法73条2号）
条約の締結（憲法73条3号）
条約の締結は、内閣の職務であるがその成立、発効には国会の承認が必要とされる。承認は事前が原則であるが、事後であってもよい。
官吏（公務員）に関する事務の掌理（憲法73条4号）
予算の作成（憲法73条5号）
政令の制定（憲法73条6号）
大赦、特赦、減刑、刑の執行免除、復権の決定（憲法73条7号）
天皇の国事行為について助言と承認（憲法7条） - 内閣はその責任を負う
最高裁判所長官の指名（憲法6条2項）
最高裁判所と下級裁判所の裁判官の任命（憲法79条1項、80条1項）
呼称
◯◯内閣とは、首班指名選挙で内閣総理大臣が選出された後、組閣した内閣を指す。（例：石橋内閣)
第◯次◯◯内閣とは、首班指名選挙で内閣総理大臣が選出された後、組閣した内閣を指す。第○次とつく場合は、その回数分国会から指名されているということである。（例：第2次池田内閣)
改造内閣とは、内閣が総辞職しなければならない法律上の事情はないにもかかわらず、総理大臣が国務大臣の入れ替えを目的として組閣しなおした内閣を指す。（例：三木内閣改造内閣）2回以上内閣改造が行われた場合、第◯次改造内閣という。（例：第2次池田内閣第2次改造内閣)
日本における閣僚は、国会で指名され天皇に任命された内閣総理大臣と、内閣総理大臣から任命された国務大臣とで構成される。国務大臣として任命された者は、天皇から認証され、内閣総理大臣から補職辞令がなされる（例：外務大臣を命ずる）。国務大臣の過半数は国会議員の中から選任しなければならない。国務大臣をもってあてられる職は、内閣法、国家行政組織法、その他個別の法律によるため、中央省庁の長であるからといって閣僚であるとは限らない。（例：宮内庁長官、公正取引委員会委員長などは閣僚ではない。
