「内閣総理大臣が欠けたとき」とは、「内閣総理大臣が死亡又は失格（議員の議席を失う）などの理由によって欠けたとき」と内閣では解釈している。
旧内閣は、次の内閣総理大臣が任命されるまでは引き続きその職務を行う（憲法71条）。
内閣総理大臣に事故のあるとき、または内閣総理大臣が欠けたときは、その予め指定する国務大臣が臨時に内閣総理大臣の職務を行う（内閣法9条）。
内閣総理大臣が外遊などの一時的な理由で国内で職務を行えない場合にも、この内閣法第9条に基づいて国務大臣の1人が内閣総理大臣臨時代理としてその職務を行う。以前は組閣時に内閣総理大臣臨時代理予定者に指名された国務大臣を副総理と呼ぶ慣行があったが、2000年（平成12年）4月以降、組閣時に内閣総理大臣臨時代理の就任予定者5名を指定して官報に掲載するように方針が改められた。これにより、原則として内閣官房長官たる国務大臣が第1順位となった。
主任の大臣
内閣府の長は、内閣総理大臣とする（内閣府設置法6条）。
内閣総理大臣は内閣府の主任の大臣であるが、自らを助けるものとして内閣府に特命担当大臣を置くことができる。内閣総理大臣は、また内閣官房と内閣法制局の主任の大臣でもあるが、こちらは内閣官房長官と内閣法制局長官が事務を統括している。
権限首相・政府の紋章、「五七の桐花紋」自衛隊で用いられている内閣総理大臣旗
日本国憲法及びその他の法令が規定する内閣総理大臣の権限は次のとおり。
他の国務大臣を任命し、任意に罷免すること（憲法68条）。
在任中の国務大臣に対する訴追に同意すること（憲法75条）。
内閣を代表して議案を国会に提出すること（憲法72条）。
内閣を代表して一般国務及び外交関係について、国会に報告すること（憲法72条）。
内閣を代表して行政各部を指揮監督すること（憲法72条）。
法律及び政令への連署をすること（憲法74条、権限であると同時に義務でもある）。
閣議を主宰すること（内閣法4条2項）。
内閣総理大臣及び主任の国務大臣の代理を指定すること（内閣法9条、10条）。
行政各部の処分又は命令を中止せしめ、内閣の処置を待つことができる（内閣法7条、「中止権」）。
緊急事態の布告を発すること（警察法71条）。
布告時における警察の統制（警察法72条）。
自衛隊の最高指揮監督権を有する（自衛隊法7条）。
武力攻撃事態又はその発生が切迫していると認められるに至った事態に際して、自衛隊の全部又は一部に出動を命ずる（自衛隊法76条、「防衛出動」）。
間接侵略又はその他の緊急事態に際して、一般の警察力をもっては治安を維持することができないと認められる場合には、自衛隊の全部又は一部に出動を命ずる（自衛隊法78条、「命令による治安出動」）。
防衛出動又は治安出動による自衛隊の全部又は一部に対する出動命令があった場合において、特別の必要があると認めるときは、海上保安庁の全部又は一部をその統制下に入れること（自衛隊法80条）。
武力攻撃事態等に至り、対処基本方針が定められたときは、内閣に設置される「武力攻撃事態対策本部」の対策本部長（内閣総理大臣をもって充てる場合）として、所要の権限を行う（武力攻撃事態平和確保法14条）。
上記14条の総合調整に基づく所要の対処措置が実施されない場合、内閣総理大臣として地方公共団体の長等に対し、対処措置を実施すべきことを指示すること（武力攻撃事態平和確保法15条）。
気象庁長官から地震予知情報の報告を受けた場合において、地震防災応急対策を実施する緊急の必要があると認めるときは、閣議にかけて、地震災害に関する警戒宣言を発する（大規模地震対策特別措置法9条）。
裁判所による行政処分等の執行停止に対して異議を申し述べる（行政事件訴訟法27条）。
また、行政府である内閣府の長としての、各種許認可権を持っている。特に、内閣府の外局の一つである金融庁に関連する許認可権が多い。（銀行法や貸金業法、金融商品取引法などが挙げられるが、具体的な法律名は多岐に渡るため割愛。）
「内閣総理大臣」は日本固有の官職名であり、外国の首相に対しては原則として使用しないことになっている。現在日本では、イギリスの指導者（Prime Minister）もドイツの指導者も（Bundeskanzler,-kanzlerin 英： Federal Chancellor）も中国の指導者（国務院総理）も、みな一律に「首相」と呼んでいる。「ニコポン宰相」桂太郎「平民宰相」原敬
内閣制度の設立にあたって、英国式の「プライムミニスター」の訳語をどうするかが問題となった。内閣制度が発足する前から伊藤や彼の側近だった伊東巳代治や金子堅太郎などは日記や備忘録などに「首相」「宰相」という語を用いていた。しかし保守派の太政大臣・三條實美を納得させるためには、日本の指導者の呼称は大化の改新から連綿と続く「〜大臣」である必要があった。
