法制化後

1996年6月26日 - 内閣法の一部改正により内閣総理大臣補佐官（定数は最大3人）として法制化され、内閣官房に設置される。

2001年1月6日 - 内閣法の一部改正により、定数が最大5人となる。

2001年9月3日 - この日以降に任命されるすべての補佐官について、内閣総理大臣からの辞令の内容（担当業務）が官報に掲載されるようになる。

事実上の首相補佐官

第1次橋本内閣において、沖縄の米軍基地・楚辺通信所一部用地の強制使用手続に関する大田昌秀沖縄県知事の代理署名拒否問題解決のため、1996年8月から9月にかけて、沖縄問題に詳しく人脈を持つ下河辺淳（国土庁国土審議会会長、元国土事務次官）をいわゆる密使として沖縄に派遣するなど交渉・処理に当たらせたが、この際いわゆる「政府筋」から下河辺を「事実上の補佐官」と評する発言があり、その旨の新聞報道もなされた。この時点では既に補佐官は法制化されていたが、下河辺がこれに任じられることはなかった。この件の約2か月後に初代の内閣総理大臣補佐官2人が任命され、うち1人は沖縄担当とされたことから、当時の報道では下河辺がテストケースであったと評価するものもあった。

歴代内閣総理大臣補佐官の一覧（法制化以後）

現に在任中の者は黄色地で表示する。

辞令のある再任は個別に記載する。

発令日の古い順（同日の場合は官報掲載順）に記載する。ただし、同一人物についてはとりまとめて記載。

辞令内容（担当事項）の官報掲載は小泉内閣からであり、それ以前（中曽根補佐官まで）の担当事項は新聞報道等を参考に記載したため、必ずしも正確なものではない。

氏名形態在任期間担当事項
水野清常勤1996年11月12日-1998年7月30日行政改革担当
※総理府行政改革会議事務局長兼任（1996年11月21日-1998年6月30日）
岡本行夫非常勤1996年11月12日-1998年3月10日沖縄担当
2003年4月15日-2003年11月19日イラクに係る諸課題に対応するための施策担当
2003年11月19日-2004年3月31日
町村信孝非常勤2000年3月1日-2000年4月5日教育改革担当
※衆議院議員
2000年4月5日-2000年7月4日
中曽根弘文非常勤2000年7月18日-2001年4月26日教育改革担当
※参議院議員
牧野徹常勤2001年9月3日-2003年11月19日都市再生本部が中心となって推進する都市再生に係る諸施策等担当
2003年11月19日-2005年9月21日
2005年9月21日-2006年9月26日
熊代昭彦常勤2002年1月22日-2002年10月2日行政改革を推進するための施策担当
※内閣府副大臣兼任
※衆議院議員
根本匠常勤2002年10月2日-2003年9月25日行政改革の推進及び食品安全委員会（仮称）等に係る施策担当
※内閣府副大臣兼任
※衆議院議員
※食品安全委員会（仮称）に係る施策担当部分は2003年7月1日解除
2006年9月26日-2007年8月27日経済財政担当
※衆議院議員
佐藤剛男常勤2003年9月25日-2003年11月19日行政改革の推進等に係る施策担当
※内閣府副大臣兼任
※衆議院議員（衆議院解散期間を除く）
2003年11月20日-2004年9月29日
渡辺好明常勤2004年4月26日-2005年9月21日郵政民営化を推進するための施策担当
※内閣官房郵政民営化準備室長兼任（2004年5月1日-2005年11月9日）
※内閣官房郵政民営化推進室長兼任（2005年11月10日-2006年9月26日）