多くの医師は「医局」という組織に管理されている。これは大学の「教室」とほぼ同義であり、各診療科目の教室が運営する非公式な医師の同業者組織である。医局は教授を頂点とし、定期的に任命される医局長によって日常的な事務運営がなされる。通常、医師は卒業時に最初に就職した大学の診療科目の医局に生涯帰属する。
従来の方式では、医師は卒業と同時にいずれかの医局に「入局」していた。医局は医師の研修先・勤務先を指定し、医師はそれに従って転勤する。医局は医師を必要としている病院の情報を集中管理し、必要とされている医師の技能や経験年数に合わせて医師を派遣する。医師が派遣先で経験を重ね、技能を身につけると、派遣先の病院は医師に対して昇給をするか、賃金の安い医師と交代させるかしなければならない。そのため、数年おきに医局は医師を転属させ、新たに若い医師を派遣する。この繰り返しによって病院側は人件費を一定に維持し、経営の安定化を図ることができる。医師は自分の技能レベルに合った就職先で研鑽を積むことが出来る。また、高度な技術を取得することが可能な病院に派遣してもらった場合、「お礼奉公」と称して、しばらく低賃金で過疎地の診療所に派遣される慣習もあり、これによって地方の医師不足を埋め合わせていた側面があった。多くの場合、医師の派遣を受ける病院は大学教授に研究費などを提供し、教授の研究業績に寄与していた。こういう病院は医局の「関連病院」と呼ばれる。研究費が集まる有名教授の下にはさらに入局者が集まり、教授の権威を高める好循環を生む仕組みであった。
派遣を受けた医師は、国立病院に転属すれば「国家公務員」、公立病院に転属すれば「地方公務員」、私立病院に転属すれば「サラリーマン」、大学に戻り“研究生”“大学院生”などの名目で無給の労働力として使役される期間は「学生」と、転属先により身分が変遷する。また日雇い契約で雇われる場合は「フリーター」「非正規雇用」、僻地の診療所で一人医長に任命された期間は「管理職」と雇用階級も変遷し、数年おきに転属する。こういう身分の変遷は不安定で退職金も福利厚生もほとんどない。最近では、医療費削減に伴い、病院の経営状態が悪化し、多くの医師が「非正規雇用」か「管理職」のいずれかの身分で働くようになり、時間外手当もボーナスもなく、不当に長い労働時間を強いられている。
従来は医局の指示により、転職するのが一般的であった。しかし近年では初期臨床研修義務化に伴い医局に入局する医師の減少し、新たに医師の派遣を行ったり、医師の人材紹介や転職を斡旋する会社が出てきている。これらの医療従事者専門の転職支援サービスは、医局から医師の派遣を断られた病院の医師確保などにも一定の役割を果たしている。このビジネス分野は未開拓で、さまざまな会社がしのぎを削っている。
医師といえど一人の人間である事実にかわりはなく、QOML(Quality of My Life)を大切にするべきという考えも広がりつつあり、医師が過酷な勤務を要求する勤務先から独自の判断で転職するケースが増えている。
現在の日本における医師の労働環境は非常に厳しいものである。勤務医の労働時間は日本医労連の2007年4月発表の資料によると、平均労働時間は1日あたり10.6時間、週あたり58.9時間、月あたりの時間外勤務は62.9時間となっている[9]。厚生労働省の「医師の需給に関する検討会」の調査（同年）では、医師の労働時間は平均で週に63.3時間になっている。平均的な医師でも月90時間以上は時間外労働をしており、同省の過労死認定基準が目安とする「月80時間の時間外労働」を超えている。徹夜の当直開けに休みを取る“ディーンスト・フライ”は現在実行されず、５０才以下の医師の多くはその言葉の意味さえ知らない。徹夜明けの医師が外来診療や手術をすることは一般的で、32時間以上の連続勤務が珍しくない。中には週に２?３回の当直を強いられている場合もあり、睡眠不足・過労による医療事故が懸念されている他、医師の過労死が問題となっている。
医療崩壊も参照
日本のマスコミは、少なくとも1970年代以降、医師に対して厳しい目を向けている。特に医療の営利性に対する批判は高く、医療崩壊が叫ばれるようになった後も医療費削減を強く求める論調は継続している。また、医師は日夜休まず働くべきであるという論調も根強い。[10]
出産難民も参照
いわゆる少子化の影響で、妊娠・出産を扱う産婦人科や、これに続く乳幼児期の子供を扱う小児科の志望者が少なくなっている問題がある。また、特に産科領域では、一般的に子供は正常に生まれて当たり前との認識があるので、何か異常が起こると医療訴訟となる可能性も高いといわれている。また、そのような事故に対するマスコミによる患者側への医学的根拠のない過剰な擁護が医師を疲弊させている。これによって、産婦人科や小児科を扱う医療機関が減少し、残った医療機関への負担が増加し、妊娠・出産への対応や子供の急病などへの対応が困難になっている。陣痛が来て初めて病院に行き子供を生んだ後病院を抜けて行方不明になり費用を払わない野良妊婦なども増加しており、さらに産婦人科の減少と少子化に拍車をかけている。この問題については、少子化に関する諸問題の一つとして、マスコミなどで頻繁に取り上げられているが、厚生労働省は有効な対策を打てていないのが現状である。
著名な医師
医学者の一覧も参照
日本・古代?近世
大月景秀
小瀬甫庵
杉田玄白
前野良沢
田代三喜斎
丹波康頼
永田徳本
華岡青洲
曲直瀬道三
曲直瀬玄朔
竹田定加
半井通仙
施薬院全宗
玉木吉保
吉田政重
緒方洪庵
大槻俊斎
伊東玄朴
手塚良仙
平住専安
高野長英
医師の保護などをした人物
安国寺恵瓊
板倉勝重
一宮随波斎
宇野藤右衛門
小西隆佐
角倉了以
徳川家康
日本・近現代
高原喜八郎（癌治療専門医、東京大学医学部卒業、米国法人野口英世記念財団理事、米国臨床化学会正会員、元神奈川県立衛生短期大学教授、米国臨床化学会正会員、国際アカデミー賞受賞、国際文化栄誉勲章受章）
高木兼寛（東京慈恵会医科大学創設者）