同大会は選手の健康管理を考え、第73回大会（1994年度）より、それまでの新年元日（1月1日）開幕（試合は1月2日から）から年内12月30日開幕（試合は大晦日（12月31日）から）に早め、試合日程に余裕を持たせる措置をとった。これに伴い、以前は3回戦と準々決勝の中間日（1月5日）のみだった休養日が拡大され、3回戦と準々決勝の中間日（1月4日）に加えて、1回戦と2回戦の中間日（元日）、準々決勝と準決勝の中間日（1月6日）も休養日に当てられるようになった。
なお、第81回大会（2002年度）以降は、決勝戦をハッピーマンデー制度が適用された成人の日（1月第2月曜日）に移動して、さらに余裕を持たせている（ただし、1月第2月曜日の成人の日が1月8日であった、第85回大会（2006年度）については、準々決勝と準決勝を1月5・6日の連続開催とし、7日を休養に当てた。また、第86回大会（2007年度）は、1月6日が日曜日である点を考慮して準決勝を開催）。準決勝と決勝の間隔が開いたことにより、その間のコンディションの維持、もしくは回復が新たなポイントとなった。
元日開幕の頃は、開会式は天皇杯決勝戦の前座イベントとして行われていた（開幕式の模様は1月2日に1回戦の実況に先だって放映されていた）。ところが、12月30日開幕となって以降、開幕日は開会式のセレモニーのみ行われ、試合自体は行われていなかったため、観客動員の減少が懸念されていた。これをふまえて、第78回大会（1999年度）から一部変更し、開会式直後に国立競技場にて「オープニングマッチ」を開催することになった。
初めて開催された第78回大会では集客を考え、地元の東京のチームの試合が選ばれた。東京都は毎年2校出場するが、この年は帝京高校が2回戦から登場のシード校だったため、もう一校の国学院久我山高校の試合と事前に決められた（抽選の結果対戦相手は沖縄県の具志川高校となった）。
次年度の第79回大会（2000年度）では、趣向を変えて、前年度優勝チームの市立船橋を推薦出場とし、対戦相手を抽選で決めて開幕戦を開催してみたものの、その後、同校が2回戦敗退と成績がふるわなかったことから、前年度優勝チームの推薦出場・開幕戦招待はその年度限りで廃止。第80回大会（2001年度）以降は、1回戦の対戦カードのうち、埼玉県、千葉県、神奈川県代表の試合を除いたものの中から1試合抽出し、対戦カードが決定されるようになった。さらに第86回大会（2007年度）より、東京B代表のチームの試合が1回戦に組まれた場合、その試合が最優先で開幕カードとなることになった。
回年度優勝校スコア準優勝校ベスト4備考
日本フートボール優勝大会
11917年御影師範1?0明星商神戸一中、姫路師範
21918年御影師範5?1明星商姫路師範、奈良師範
31919年御影師範4?1姫路師範神戸一中、関学高等
41920年御影師範3?0姫路師範明星商、関学高等
51921年御影師範（0?0）3?0神戸一中京都師範、関学高等
61922年御影師範4?0姫路師範神戸一中、桃山中
71923年御影師範5?1京都師範神戸商、神戸一中
81924年神戸一中3?0御影師範京都師範、池田師範
全国中等学校蹴球選手権大会
91925年御影師範1?0広島一中京都師範、暁星中
?1926年大正天皇崩御のため中止
101927年崇実6?1広島一中東高師付中、都島工
111928年御影師範6?5（延長）平壌高普青山師範、明星商
121929年神戸一中3?0広島師範市岡中、東高師付中
131930年御影師範3?2広島一中青山師範、堺中
141931年御影師範6?1愛知一師範京都師範、広島一中
151932年神戸一中2?1青山師範愛知一師範、京都師範
161933年岐阜師範8?4（延長）明星商御影師範、京都師範
臨時大会1934年神戸一中5?3明星商御影師範、広島一中
171935年神戸一中2?1天王寺師範刈谷中、富山師範
181936年広島一中5?3韮崎中海星中、埼玉師範
191937年埼玉師範6?2神戸一中明星商、豊島師範
201938年神戸一中5?0滋賀師範崇仁商、広島一中
211939年広島一中3ー0聖峰中札幌師範、湘南中
221940年普成中4?0神戸三中明星商、滋賀師範
231941年中止
241942年中止
?1943年?1945年太平洋戦争により中断
251946年神戸一中2?1神戸三中堺中、和歌山中
261947年広島高師付中7?1尼崎中甲府中、水戸工
全国高等学校蹴球選手権大会
271948年鯉城2?0上野北池田、山田
281949年池田2?0宇都宮刈谷、山口東
291950年宇都宮4?0小田原岸和田、高知農
301951年浦和1?0三国丘長田、真岡
311952年修道2?1（延長）韮崎上野、刈谷
321953年東千田1?1（延長）岸和田宇都宮工、韮崎（両校優勝）
331954年浦和5?2刈谷東京朝鮮人高、熊本工
341955年浦和4?1秋田商韮崎、宇都宮工
351956年浦和西3?2日立一仙台育英、藤枝東
361957年秋田商4?2（延長）刈谷浦和西、明星
371958年山城2?1広島大付東京教大付、明星
381959年浦和市立1?0明星神戸、藤枝東
391960年浦和市立4?0遠野藤枝東、秋田商
401961年修道2?0山城宮城工、関西学院
411962年藤枝東1?0浦和市立明星、広島大付
421963年藤枝東2?0（延長）明星豊田西、浦和市立
431964年浦和市立3?1宇都宮学園仙台育英、鎌倉学園
441965年習志野0?0（延長）明星京都商、新島学園（両校優勝）
全国高等学校サッカー選手権大会
451966年藤枝東0?0（延長）秋田商3位：浦和市立[3-1](延長)4位：神戸（両校優勝）
461967年洛北0?0（延長）山陽3位：習志野[3-1]4位：韮崎（両校優勝）
471968年初芝1?0山陽3位：広島工[1-0]4位：遠野
481969年浦和南1?0初芝3位：広島市商[1-0]4位：韮崎
491970年藤枝東3?1浜名3位：浦和南[3-0]4位：初芝
501971年習志野2?0壬生川工3位：帝京[3-0]4位：清水市商
511972年浦和市立2?1（延長）藤枝東3位：帝京[1-1]（延長） 3位：関西大倉
521973年北陽2?1藤枝東3位：相模工大付[6-0]4位：四日市中央工
531974年帝京3?1清水東3位：児玉[0-0]3位：相模工大付
541975年浦和南2?1静岡工愛知、広島工
551976年浦和南5?4静岡学園帝京、八幡浜工
561977年帝京5?0四日市中央工北陽、浦和南
571978年古河一2?1室蘭大谷八千代、本郷
581979年帝京4?0韮崎水戸商、愛知
591980年古河一2?1清水東韮崎、岡崎城西
601981年武南2?0韮崎古河一、清水市商
611982年清水東4?1韮崎帝京、守山
621983年帝京1?0清水東韮崎、四日市中央工
631984年帝京1?1（延長）島原商武南、藤枝東（両校優勝）
641985年清水市商2?0四日市中央工宇都宮学園、秋田商
651986年東海大一2?0国見秋田商、室蘭大谷
661987年国見1?0東海大一四日市中央工、市船橋
671988年清水市商1?0市船橋前橋商、暁星
681989年南宇和2?1武南前橋商、国見
691990年国見1?0（延長）鹿児島実東海大五、武南
701991年四日市中央工2?2（延長）帝京国見、市船橋（両校優勝）
711992年国見2?0山城武南、習志野
721993年清水市商2?1国見鹿児島実、東福岡
731994年市船橋5?0帝京奈良育英、守山北
741995年静岡学園2?2（延長）鹿児島実東福岡、初芝橋本（両校優勝）
751996年市船橋2?1桐光学園徳島商、静岡学園
761997年東福岡2?1帝京丸岡、藤枝東
771998年東福岡4?2帝京滝川二、前橋育英
781999年市船橋2?0鹿児島実前橋育英、富山一
792000年国見3?0草津東富山一、青森山田
802001年国見3?1岐阜工鹿児島実、前橋育英
812002年市船橋1?0国見滝川二、桐蔭学園
822003年国見6?0筑陽学園滝川二、鹿児島実
832004年鹿児島実0?0（延長）（PK 4?2）市船橋国見、星稜
842005年野洲2?1（延長）鹿児島実多々良学園、遠野
852006年盛岡商2?1作陽八千代、神村学園
862007年流経大柏4?0藤枝東津工、高川学園
872008年??????????????????、?????
882009年??????????????????、?????
担当都道府県参加民放社名放送系列備考 担当都道府県参加民放社名放送系列備考
東京都日本テレビNNS主幹局 愛媛県南海放送NNS
茨城県高知県高知放送
北海道札幌テレビ山口県山口放送