第73回大会（1994年度）からは、回ごとのイメージソングも設けられている。これらの曲はテレビ中継のエンディングで流れるほか、開会式や決勝戦でライブパフォーマンスを披露することもある。
なお、第82回大会（2003年度）を前に「Golden Age ?黄金世代? 全国高校サッカー選手権大会イメージソングコンピレーション」が発売され、大会歌「ふり向くな君は美しい」も含め、第82回大会までのイメージソングが収録されている。ただし、第74回大会の「風になって」は収録されていないが、TOKIOが所属するジャニーズ事務所が原盤権を持っているため、同社の許可が下りなかったものと推定される。
第73回（1994年度）：「Melodies & Memories」／TUBE
第74回（1995年度）：「風になって」／TOKIO
第75回（1996年度）：「この地球が果てるまで」／佳苗
第76回（1997年度）；「sparkle」／奥居香
第77回（1998年度）：「祈り」／CURIO
第78回（1999年度）：「Sign of Love」／S.E.S
第79回（2000年度）：「約束」／中武佳奈子
第80回（2001年度）：「Yourself」／dream
第81回（2002年度）：「理由なきNew Days」／SOPHIA
第82回（2003年度）：「Golden Age ?黄金世代?」／ゴスペラーズ
第83回（2004年度）：「夢の場所へ」／w-inds.
第84回（2005年度）：「Starting Line」／コブクロ
第85回（2006年度）：「Start to 0（Love）」／絢香
第86回（2007年度）：「Remember」／RIP SLYME&MONGOL800
第87回（2008年度）：
第88回（2009年度）：
第81回大会（2002年度）より、高校サッカーを経験した日本の現役プロサッカー選手（平山相太は起用当時アマチュア）がイメージキャラクターとして、大会ポスターのモデルに起用されている。「高校サッカー」なので、Jリーグユースチーム出身選手や早くに高校を中退しブラジルへ渡った三浦知良は対象外、高校サッカー経験者の三都主アレサンドロや田中マルクス闘莉王は対象内と思われる。
第81回（2002年度）：小野伸二（出身校・清水市商…在学中は全国大会へ進出できず）
第82回（2003年度）：小野伸二
第83回（2004年度）：平山相太（国見）
第84回（2005年度）：大久保嘉人（国見）
第85回（2006年度）：中山雅史（藤枝東）
第86回（2007年度）：中澤佑二（三郷工技…在学中は全国大会へ進出できず）
第87回（2008年度）：小笠原満男（大船渡）
第88回（2009年度）：
第84回大会（2005年度）より応援マネージャーが導入された。選手と同世代の女性タレントが起用され、主にテレビの中継や関連番組に登場する。
第84回（2005年度）：堀北真希
第85回（2006年度）：新垣結衣
第86回（2007年度）：北乃きい
第87回（2008年度）：
第88回（2009年度）：
全国大会の組み合わせ抽選の手順（現在）
基本的に予備抽選を経て本抽選となる。抽選会は2003年（第82回大会実施分）から、東京都港区汐留の日本テレビ本社スタジオで行われている。また、2002年には六本木のディスコ「ヴェルファーレ」で行われた。
予備抽選
全国大会の抽選会場に来たチームから、順にくじを引き、その番号が小さい順に本抽選を行なう。
本抽選
トーナメント表の番号（1番から48番）に各校が振り分けられる。原則として、初戦で同じ地区が対戦しないように東西（福井、岐阜、愛知までが東ブロック。京都、滋賀、三重から西ブロック）に分けられている。抽選の際、東ブロックは奇数の番号札、西ブロックは偶数の番号札を引く（ただし、第79回大会は出場校が49校だった関係で、トーナメント番号38番以降が入れ替わっていた）。ただし事前の制約があるチームから抽選する。
シード校
シード校は、前年度の成績でベスト4以上だった都道府県に割り当てられる。出場校が異なっていてもシード権は引き継がれる。シード校のトーナメント表における番号が決まっている。前年度優勝の都道府県のチームは1番、準優勝の都道府県のチームは48番、3位の2校は24番と25番（この2つの番号は、前年度大会の準決勝で対戦した都道府県が、決勝まで対戦しないように分けられる）にまず入る。この4校は抽選する必要が無い。この際に、西ブロックのチームが1番か25番に、あるいは東ブロックのチームが24番か48番に入った場合は、東ブロックの他のチームが偶数の番号札（2番か26番）、西ブロックの他のチームが奇数の番号札（23番か47番）を引くことになる。シード校は、全チーム2回戦が初戦になる。他には、シード校の初戦の対戦相手やそれ以外のチームでも8校（トーナメント番号11番から14番、35番から38番を引いたチーム）も2回戦からとなる。
開催地区の抽選
開催地である東京都A、千葉県、神奈川県、埼玉県の4校。これらのチームは、開催地区が重ならないように準決勝まで対戦しないように分けられる。まず、トーナメント表の4つのゾーンの中のどこに入るか、ゾーン抽選をする（Aゾーンが1番から12番、Bゾーンは13番から24番、Cゾーンが25番から36番、Dゾーンが37番から48番）。その後に、決まったゾーンの中のどこに入るかを決める本抽選をする。ただし、半分は西ブロックに割り当てる番号なので、本抽選の箱にある5枚または6枚の抽選札から選択する（ちなみに第84回大会までは、ゾーン抽選は8つのゾーンに分かれていた）。4校の抽選が終了すると、東京都Bのチームの抽選をする。東京は2チームが出場するので、この2校が決勝まで対戦しないように分けられ、すでに決まっている東京都Aのチームと反対側に入る。なお東京都Bは、1回戦に決まると無条件に国立競技場での開幕カードとなる（86回大会より）。また、抽選の際に2回戦か3回戦に開催地区と当たる可能性のある番号に決まると、東京以外の会場になる。
東海地区の抽選
東海地区は静岡県、岐阜県、愛知県、三重県の4校だが、三重県は西ブロック、他3県は東ブロックのため、初戦で対戦しないように分けられる。まず三重県のチームが抽選する。この時、すでにシード校の中に東の東海地区のチームがある場合は、そのチームと初戦で対戦することになる番号札を事前に抜き取ってから抽選する。また三重県のチームが抽選した時点で初戦の対戦相手が決まらなかった場合は、そのチームと初戦で対戦することになる番号札を一時的に抽選箱から抜き取ってから、残り3県のチームが抽選をする。