区間記録： 9分11秒 高橋由衣（山形） 第22回（2004年）
烏丸鞍馬口→（烏丸通）→烏丸丸太町→（丸太町通）→河原町丸太町
ジュニアB選手限定区間。なだらかな下り坂である（中継所間の高低差約20m）。
烏丸今出川からは暫く、京都御苑を常に左側に見ながらの走行。
4区（4.0km） 河原町丸太町⇒北白川山田町
区間記録：12分43秒 小崎まり（京都） 第24回（2006年）
丸太町河原町→（丸太町通）→熊野神社前→（東大路通）→百万遍→（今出川通）→銀閣寺道→（白川通）→北白川山田町
コースは全体的にやや登っている（高低差約30m）が、最後はわずかに下っている。
2区同様にカーブが多い（主なカーブは熊野神社前・百万遍・銀閣寺道の3ヶ所）。
5区（4.1075km） 北白川山田町⇒国際会館前（折り返し）
区間記録：12分53秒 五十嵐妙子（宮城） 第13回（1995年）
北白川山田町→（白川通）→叡山・宝ヶ池北→（宝池通）→京都国際会館前（折り返し）
登りの多い区間（高低差約25m）で、中間点付近には叡山電鉄のガード（跨線橋）の坂がある。
比叡山近くを走るので時には「比叡颪」と言われる強い風が吹く事も。
6区（4.0875km） 国際会館前⇒北白川別当町
区間記録：12分43秒 藤田真弓（長崎） 第24回（2006年）
京都国際会館前→（宝池通）→叡山・宝ヶ池北→（白川通）→北白川別当町
下りの多い区間（高低差約25m）で、5区同様叡山電鉄をまたぐ跨線橋のアップダウンがある。
比叡颪が強く吹くときにはこの区間では追い風となる。
7区（4.0km） 北白川別当町⇒丸太町寺町
区間記録：12分21秒 小島一恵（京都） 第25回（2007年）
北白川別当町→（白川通）→銀閣寺道→（今出川通）→百万遍→（東大路通）→熊野神社前→（丸太町通）→丸太町寺町
コースは全体的にやや下っている（最高点からの高低差約30m）。
行きの2区・4区同様に交差点を多く通るので、カーブの攻略が作戦上重要な区間。
8区（3.0km） 丸太町寺町⇒烏丸紫明
区間記録： 9分53秒 荒居明日香（埼玉） 第20回（2002年）
中学生限定区間になるまでの区間記録としては、吉田直美（京都：網野高）の第6回大会（1988年）9分45秒 がある。
丸太町寺町→（丸太町通）→烏丸丸太町→（烏丸通）→烏丸紫明
3区とともにジュニアB選手限定区間。3区を逆方向に走るので上り区間である（中継所間の高低差約20m）。
烏丸丸太町から北上する際に北山からの向い風が吹く事も。
9区（10.0km） 烏丸紫明⇒西京極
区間記録：30分52秒 福士加代子（青森） 第22回（2004年）
烏丸紫明→（紫明通）→堀川紫明→（堀川通）→堀川北大路→（北大路通）→金閣寺道→（西大路通）→西大路五条→（五条通）→西京極陸上競技場（ゴール）
行きの1区と2区をあわせた区間の逆方向である。アップダウンが多い（2km過ぎまで25mほど登り、ゴールまでは約70m下っている）。
前半は2区の決め手とも言われるカーブの位置取りと船岡山を回り込む上り坂、後半は1区の決め手とも言われる坂の走り方が其々、重要視される。
本駅伝の最長区間でもあり、世界へと羽ばたいていくランナーが多数この区間から誕生するため注目される（有森、真木、高橋、野口、川上、千葉などのオリンピック女子マラソン、同女子10000m競走の出場選手のほとんどがこの9区経験者である）。
大会記録
2時間14分58秒 第26回（2008年）
京都（木崎良子・湯田友美・久馬悠・小崎まり・夏原育美・竹中理沙・伊藤紋・久馬萌・小島一恵）
回開催日優勝優勝タイム2位3位
11983年1月23日千葉2時間29分02秒京都兵庫
21984年1月22日京都2時間27分14秒千葉兵庫
31985年1月20日千葉2時間25分32秒茨城鹿児島
41986年1月19日鹿児島2時間22分59秒大阪神奈川
51987年1月18日神奈川2時間23分05秒熊本鹿児島
61988年1月17日京都2時間20分25秒神奈川鹿児島
71989年1月16日京都2時間18分41秒鹿児島熊本
81990年1月14日京都2時間17分17秒熊本福岡
91991年1月13日京都2時間16分01秒千葉熊本
101992年1月12日京都2時間17分55秒千葉広島
111993年1月17日大阪2時間19分15秒京都広島
121994年1月16日千葉2時間18分04秒宮城熊本
131995年1月16日宮城2時間17分50秒京都千葉
141996年1月14日京都2時間17分19秒宮城熊本
151997年1月12日熊本2時間15分19秒京都福岡
161998年1月11日埼玉2時間16分54秒京都熊本
171999年1月17日福岡2時間18分16秒兵庫埼玉
182000年1月16日長崎2時間17分19秒愛知福岡
192001年1月14日兵庫2時間17分57秒千葉京都
202002年1月13日京都2時間15分55秒長崎福岡
212003年1月12日兵庫2時間16分02秒京都長崎
222004年1月11日兵庫2時間16分18秒神奈川京都
232005年1月16日京都2時間16分22秒兵庫山形
242006年1月15日京都2時間15分26秒埼玉長崎
252007年1月14日京都2時間17分03秒岡山兵庫
262008年1月13日京都2時間14分58秒兵庫岡山