商品ごとに個別に実験データを提出し審査を受け許可される必要がある。
形態としては、通常の飲食物（ヨーグルト、乳酸菌飲料、納豆、お茶など）や調味料（オリゴ糖など）、食用油などの形態をしたものが多く、錠剤やカプセル、粉末状の物は少数である。
許可された成分と表示内容の例
キシリトール - 「虫歯の原因になりにくい食品です」
ラクトトリペプチド - 「血圧が高めの方に適する食品です」
ジアシルグリセロール - 「体脂肪が体につきにくい食品です」
特定保健用食品許可実績が十分であり、科学的根拠が蓄積されている一定の基準を満たしている食品（成分）に関しては、国が規格基準を定めたうえで、個別審査なしで許可をうけることができる。
2005年より制度化された。 特定保健用食品のうち、特定保健用食品の許可のレベルには届かないが一定の有効性が確認される食品について、限定的な科学的根拠である旨の表示をすることを条件として許可対象とされるもの。表示内容の前に「根拠は必ずしも確立されていませんが」という但し書きが必須となるため、積極的に許可をとろうとする企業が少なく、製品化しているものは少ない。
2001年に導入された。 食生活等の理由により、不足しがちな栄養成分の補給を目的とした食品。 特定の栄養素を厚生労働省の設定した基準を含んでいれば、食品衛生法に基づき、表示が許可される（規格基準型）。前述の特定保健用食品とは異なり、厚生労働大臣の認可は必要なく、製造業者が自主的に設けるものである。ただし、その際に「この食品の摂取によって、特定の疾病や症状が改善するものではない」という旨の注意書きや目安となる摂取量の記載、その他バランスの良い食事の啓発などの表記が義務付けられている。主に健康食品に用いられるが、一部調味料やお菓子（一例として、明治製菓のハイレモン、ヨーグレット）などにも表記されることがある。
対象となっているのは2008年時点で、ビタミン類、ミネラル類の１７種。
（許可の対象となる栄養成分）
水溶性ビタミン - ビタミンC、ビタミンB1、ビタミンB2、ビタミンB6、ビタミンB12、ナイアシン、ビオチン、パントテン酸、葉酸
脂溶性ビタミン - ビタミンA、ビタミンD、ビタミンE
ミネラル - カルシウム、マグネシウム、鉄、銅、亜鉛
違法な販売、健康被害や詐欺が大きな社会問題になっている。
販路としては、ドラッグストアやスーパーマーケット・百貨店を中心とした一般店舗で販売されるほか、訪問販売、通信販売、連鎖販売取引などの商材に使われることもある。販売時に、ガンなどの病気に効くなどといった薬事法に抵触するバイブル商法が使われることもある。このような根拠のない誇大表示（広告、宣伝）は薬事法、健康増進法、景品表示法、JAS法等に違反する。このような販売方法によって購入した人が健康食品のみ偏食したり、医師の治療をやめたりして健康被害を起こすことがある。中には提唱しているような健康効果について何の根拠も無い製品もあり、効果を得られずに終わってしまう事もある。
また、21世紀に入ってからは、インターネットを通して中国で製造された中国・日本の薬事法において食品への使用が認められていない向精神薬・医薬品（日本において未認可の物も含む）の成分が含まれるダイエット食品を購入し食べたりした人が腹痛・下痢・死亡するなどの健康被害を起こす事件もおきている。食品衛生法などに違反するものも存在する。
「有名人がテレビで言ったから」と報道内容及び宣伝内容をそのまま鵜呑みにしてしまう例も多い。テレビ番組で「健康によい」と取り上げられたとたんに需要が増加し、コンビニエンスストアやスーパーマーケットの棚から商品がなくなる、というのは近年でもよく見られる現象である。自己で判断できない場合、専門家に助言を求めることも重要となる。
健康食品被害にあわないよう、厚生労働省、国立健康・栄養研究所、食品安全委員会、各自治体は注意を喚起している。
2002年2月、「保健機能食品等に係るアドバイザリースタッフの養成に関する基本的考え方について」[24]では、2001年に健康食品に関して適切な情報が提供できるアドバイザリースタッフの確保の必要性が提言されたことを受けて、アドバイザリースタッフの定義や養成方法が示された。同2002年12月には、独立行政法人の国立健康・栄養研究所が認定する栄養情報担当者（NR）の認定制度ができた。
2004年、厚生労働省によって行われた検討会では、個々の状況に応じた食品の選択が食育の観点からも重要であり、管理栄養士、薬剤師などの正しい情報を提供できるアドバイザリースタッフによる役割が重要であるとされる[1]。
2005年、健康食品に係る制度に関する質疑応答[15]では、アドバイザリースタッフとして、栄養情報担当者や食品保健指導士、サプリメントアドバイザーが挙げられた。
国家資格には、こうした健康食品のみを専門に司る資格は存在していない。