健康食品には、エビデンス（科学的根拠）のないもの、エビデンスが不十分なものも存在し、また逆にエビデンスがあっても保健機能食品でなければ、表示すれば薬事法違反となるため表示できない。このため、効能を連想させるような曖昧な表現にならざるを得ない。チラシや刊行物でも効能効果の表示が許されていない。
健康食品において謳われる効能などは、行政による公的な検証（確認）を経ないため、商品の信頼性は消費者側が客観的に評価、検証することになる。
2005年、「いわゆる健康食品の摂取量及び摂取方法等の表示に関する指針について」（平成17年2月28日食安発第0228001号）[18]で表示の指針がある。
1日当たりの摂取目安量
通常の形態及び方法によって摂取されないものにあっては、摂取の方法
摂取をする上での注意事項
バランスの取れた食生活の普及啓発する文面「食生活は、主食、主菜、副菜を基本に、食事のバランスを。」の記載
日本では漢方などで用いられる在来の生薬の一部が医薬品として認められているが、西洋ハーブ（生薬）が健康食品として流通している。
西洋ハーブは、アメリカではサプリメントとしてEUでは医薬品（ハーバルメディスン）として流通していたが、日本ではアメリカの外圧によって1998年のハーブ類の形態に関する規制緩和をしたため、健康食品として流通・販売できることとなった。
2003年6月24日、「一般用医薬品としての生薬製剤（西洋ハーブを含む）の審査のあり方に関する検討会」[19]で、こうした西洋ハーブに関して厚生労働省でも検討会を開いた。以下のような意見が寄せられた。
薬効があり注意を要するものがあるが、食品であるため表示ができない。
ダイレクトOTCとして合成医薬品のレベルでしか審査が受けられないが、これは承認されるのが難しい。
さらに日本とEU諸国では承認制度が違い、EU諸国ではこうした既存の生薬は動物実験で安全性を確認するだけでいいのに対し、日本では高額な費用と数年以上の期間を必要とする通常の治験が必要とされる。（詳しくは、「治験」の項目を参照）生薬は特許がとれないため事業者は採算が取れないことから治験が行われない。
この検討会は2回目は開かれなかった[20]。
2007年3月22日、厚生労働省医薬食品局審査管理課は、日本で承認が難しく健康食品として流通していた西洋ハーブなどの生薬については海外のデータの利用を承認し、今後は医薬品の承認申請の負担が軽減されることとなった[21]。
2007年7月以降、「健康食品の安全性確保に関する検討会」[22]が行われた。
特定保健用食品のマーク特定保健用食品の認可を受けたヨーグルト
保健機能食品は、健康食品のうち安全性や有効性等が国の設定した一定の基準を満たした食品である。 健康食品の品質を見極める時、評価基準の一つとすることが出来る。
健康増進法及び食品衛生法により定義され、特定保健用食品と栄養機能食品の2つに分けられる。
実験データに基づいて審査を受け、健康に対する効能効果を表示することを厚生労働省から認可された食品。通称「トクホ」「特保」と呼ばれる。健康増進法に基づく特別用途食品に含まれる。
1991年に導入された制度だが、認知度が低かったため、日本政府がヤクルト本社にトクホを取得するように提案し、1998年以降にトクホに許可された[23]。
商品ごとに個別に実験データを提出し審査を受け許可される必要がある。
形態としては、通常の飲食物（ヨーグルト、乳酸菌飲料、納豆、お茶など）や調味料（オリゴ糖など）、食用油などの形態をしたものが多く、錠剤やカプセル、粉末状の物は少数である。
許可された成分と表示内容の例
キシリトール - 「虫歯の原因になりにくい食品です」
ラクトトリペプチド - 「血圧が高めの方に適する食品です」
ジアシルグリセロール - 「体脂肪が体につきにくい食品です」
特定保健用食品許可実績が十分であり、科学的根拠が蓄積されている一定の基準を満たしている食品（成分）に関しては、国が規格基準を定めたうえで、個別審査なしで許可をうけることができる。
2005年より制度化された。 特定保健用食品のうち、特定保健用食品の許可のレベルには届かないが一定の有効性が確認される食品について、限定的な科学的根拠である旨の表示をすることを条件として許可対象とされるもの。表示内容の前に「根拠は必ずしも確立されていませんが」という但し書きが必須となるため、積極的に許可をとろうとする企業が少なく、製品化しているものは少ない。
2001年に導入された。 食生活等の理由により、不足しがちな栄養成分の補給を目的とした食品。 特定の栄養素を厚生労働省の設定した基準を含んでいれば、食品衛生法に基づき、表示が許可される（規格基準型）。前述の特定保健用食品とは異なり、厚生労働大臣の認可は必要なく、製造業者が自主的に設けるものである。ただし、その際に「この食品の摂取によって、特定の疾病や症状が改善するものではない」という旨の注意書きや目安となる摂取量の記載、その他バランスの良い食事の啓発などの表記が義務付けられている。主に健康食品に用いられるが、一部調味料やお菓子（一例として、明治製菓のハイレモン、ヨーグレット）などにも表記されることがある。
対象となっているのは2008年時点で、ビタミン類、ミネラル類の１７種。
（許可の対象となる栄養成分）
水溶性ビタミン - ビタミンC、ビタミンB1、ビタミンB2、ビタミンB6、ビタミンB12、ナイアシン、ビオチン、パントテン酸、葉酸
脂溶性ビタミン - ビタミンA、ビタミンD、ビタミンE
ミネラル - カルシウム、マグネシウム、鉄、銅、亜鉛
