京都駅と名古屋駅を結ぶ名神ハイウェイバスや、首都圏などと京都を含む京阪神地区を結ぶ多くの高速路線バス、ツアー形式の貸切バスが運行されている。

上記したとおり、京都市内を発着地とする高速バス路線の多くは京都駅をターミナルとしている。詳しくは京都駅の高速バス欄を参照。

また大阪市内を発着地として名神高速道路を通るバス路線のうち、京都駅に発着しない路線では、伏見区の深草バスストップ（京都深草）を京都の玄関口と位置づけているものがある。詳しくは当該項目を参照のこと。

鉄道路線

中央駅は京都駅。名称の違う同一駅・隣接駅が多いので注意が必要。JR西日本各線および近鉄線ではJスルーカード、嵯峨野観光鉄道を除く私鉄・地下鉄各線ではスルッとKANSAIカード対応。

京阪および阪急の路線は京都駅を通っていないが、両者とも市内のターミナル機能は複数の駅に分散しており、中心駅と呼べる存在の駅はない。

また、ICカード乗車券はJR西日本ではICOCAとSuicaにPiTaPaおよびTOICA（電子マネー機能はICOCAとSuicaのみ）、近鉄・京阪・阪急ではICOCA・PiTaPaが利用可能（順次各社拡大予定）。
京都市営地下鉄（京都市交通局）
宇治市にある六地蔵駅を除き全線市内

烏丸線 ： 国際会館駅 - 松ヶ崎駅 - 北山駅 - 北大路駅 - 鞍馬口駅 - 今出川駅 - 丸太町駅 - 烏丸御池駅 - 四条駅 - 五条駅 - 京都駅 - 九条駅 - 十条駅 - くいな橋駅 - 竹田駅

東西線 ： 太秦天神川駅 - 西大路御池駅 -二条駅 - 二条城前駅 - 烏丸御池駅 - 京都市役所前駅 - 三条京阪駅 - 東山駅 - 蹴上駅 - 御陵駅 - 山科駅 - 東野駅 - 椥辻駅 - 小野駅 - 醍醐駅 - 石田駅 -

東海旅客鉄道


東海道新幹線： - 京都駅 -

西日本旅客鉄道


東海道本線（琵琶湖線・JR京都線） ： - 山科駅 - 京都駅 - 西大路駅 - ※桂川駅 -

※現在建設工事中（2008年10月18日開業予定）。

山陰本線（嵯峨野線） ： 京都駅 - 丹波口駅 - 二条駅 - 円町駅 - 花園駅 - 太秦駅 - 嵯峨嵐山駅 - 保津峡駅 -

湖西線 ：山科駅 -

奈良線 ：京都駅 - 東福寺駅 - 稲荷駅 - JR藤森駅 - 桃山駅 -

近畿日本鉄道


京都線 ：京都駅 - 東寺駅 - 十条駅 - 上鳥羽口駅 - 竹田駅 - 伏見駅 - 近鉄丹波橋駅 - 桃山御陵前駅 - 向島駅 -

京阪電気鉄道


京阪本線 ： - 淀駅 - 中書島駅 - 伏見桃山駅 - 丹波橋駅 - 墨染駅 - 藤森駅 - 深草駅 - 伏見稲荷駅 - 鳥羽街道駅 - 東福寺駅 - 七条駅 - ※五条駅 - ※四条駅 - 三条駅