市内の移動は路線バスがメインとなる。観光シーズンになると積み残しが続出する状況も珍しくなく、慢性化している渋滞が更に悪化して所要時間が全く読めなくなる事から、鉄道各社線との乗り継ぎ利用でそれらのリスクを最小限に抑える利用方法を取る乗客もいる。
京都市交通局（市バス）・京阪京都交通・京都バス・京阪バス・阪急バス・西日本JRバスとの間では、従来より回数券の共通化を行っており、地下鉄割引券込みの物も販売されていた。京都市バス・京都バス（それぞれ一部路線除く）および地下鉄全線が乗り放題の「京都観光一日・二日乗車券」が発売されている（他にも市バス均一区間専用の一日乗車券、市外発の市内各線フリーきっぷ込みの割引きっぷ類などもあり）。
運行地域は、市バスが旧市街地中心で、京阪京都交通は西京区並びに亀岡方面からの乗り入れ、京都バスが右京区嵯峨地区と左京区岩倉・鞍馬・大原地区、京阪バスが山科区と伏見区東部および比叡山方面、阪急バスが西京区（洛西ニュータウン）、西日本JRバスが旧京北町からの乗り入れとなっているが、一部競合区間が存在する。
乗降方式は後乗り前降りで、旧市街地周辺は均一運賃制（220円）。均一区間外は整理券方式の区間運賃制となっている。
京都市営バス（京都市交通局）※#
京都バス※#
京阪バス※#
阪急バス※#
近鉄バス※
京阪京都交通#〔＊（2008年3月頃から順次導入予定）〕
ヤサカバス#
西日本JRバス#
京北ふるさとバス
プリンセスラインバス
※はスルッとKANSAI対応カード（乗り放題カード類含む）が利用可能な会社（＊は今後利用可能になる予定の会社）
＃は京都市域バス共通回数券が使用可能な会社
京都駅と名古屋駅を結ぶ名神ハイウェイバスや、首都圏などと京都を含む京阪神地区を結ぶ多くの高速路線バス、ツアー形式の貸切バスが運行されている。
高速路線バスについては、京都駅を発着または経由するものは京都駅#高速バスの項を、京都駅を経由しないものは名神京都深草バス停の項を参照。（一部重複あり）
中央駅は京都駅。名称の違う同一駅・隣接駅が多いので注意が必要。JR西日本各線および近鉄線ではJスルーカード、嵯峨野観光鉄道を除く私鉄・地下鉄各線ではスルッとKANSAIカード対応。また、ICカード乗車券はJR西日本ではICOCAとSuicaにPiTaPaおよびTOICA（電子マネー機能はICOCAとSuicaのみ）、近鉄・京阪・阪急ではICOCA・PiTaPaが利用可能（順次各社拡大予定）。
京都市営地下鉄（京都市交通局）
宇治市にある六地蔵駅を除き全線市内
烏丸線 ： 国際会館駅 - 松ヶ崎駅 - 北山駅 - 北大路駅 - 鞍馬口駅 - 今出川駅 - 丸太町駅 - 烏丸御池駅 - 四条駅 - 五条駅 - 京都駅 - 九条駅 - 十条駅 - くいな橋駅 - 竹田駅
東西線 ： 太秦天神川駅 - 西大路御池駅 -二条駅 - 二条城前駅 - 烏丸御池駅 - 京都市役所前駅 - 三条京阪駅 - 東山駅 - 蹴上駅 - 御陵駅 - 山科駅 - 東野駅 - 椥辻駅 - 小野駅 - 醍醐駅 - 石田駅 -
東海旅客鉄道
東海道新幹線： - 京都駅 -
西日本旅客鉄道
東海道本線（琵琶湖線・JR京都線） ： - 山科駅 - 京都駅 - 西大路駅 - ※桂川駅 -
※現在建設工事中（2008年10月18日開業予定）。
山陰本線（嵯峨野線） ： 京都駅 - 丹波口駅 - 二条駅 - 円町駅 - 花園駅 - 太秦駅 - 嵯峨嵐山駅 - 保津峡駅 -