ここに挙げる国民政府主席一覧は、今日の中華民国政府を基準として、「正統な国民政府」とされる国民政府の主席を挙げている。その他の国民政府については、それぞれの項目を参照のこと。なお、国民政府の主席は、全員が中国国民党の党員である。
国民政府主席一覧表氏名政党就任辞任備考
広州国民政府
汪兆銘中国国民党1925年7月1日1926年3月21日中山艦事件を契機として、26年3月21日に休暇を取得し、5月11日に広東を離れる。
譚延?（代理）中国国民党1926年3月21日1927年4月10日汪兆銘去職後、代理主席職權、7月6日選任真除
南京国民政府[1]
胡漢民中国国民党1927年4月18日1927年9月16日
不設主席1927年9月16日1928年2月
譚延?中国国民党1928年2月1928年10月8日
蒋介石中国国民党1928年10月8日1931年12月15日
林森中国国民党1931年12月15日1943年8月1日
蒋介石中国国民党1943年8月1日1948年5月20日
^ 1927年4月10日-1927年9月20日寧漢分裂、武漢南京均設立國民政府。1927年3月10日、武漢國民政府廢除主席、1927年4月28日南京國民政府仍設主席一職。（張朋園、沈懷玉、《國民政府職官年表》
前置の機関：中華民国大総統中華民国の国家元首
1928年-1948年後続の機関：中華民国総統
太平天国天王府跡は、中華民国臨時政府の総統府、及びに南京国民政府の総統府が置かれていた地でもある。同地には更に、明朝の歸徳侯府と漢王府、清朝の両江総督府、及び江寧織造署が置かれていた。現在の住所は、南京市長江路292号である。
1853年3月に太平天国の乱で洪秀全が南京を天京と改称し、天王府を置く。清軍により南京が陥落した後に曽国藩により天王府は焼き払われ、同治9年（1870年）に再び両江総督府が置かれる。林則徐、曽国藩、李鴻章、劉坤一、沈葆?、左宗棠、張之洞、端方らは両江総督を務めている。
1911年に辛亥革命が勃発して清朝が打倒され、1912年1月1日に孫中山が総統府にて中華民国臨時政府の臨時大総統に就任する。袁世凱の臨時大総統就任により1912年4月に、中華民国臨時政府は北京へ移り（北京政府）、黄興により総統府は南京留守府に変わり、1913年の第二革命により袁世凱討伐軍の総司令部が置かれる。1913年から1927年の間には、江蘇都督府、江蘇督軍署、江蘇将軍府、江蘇督弁公署、副総統府などが置かれる。1927年に蒋介石により南京国民政府が置かれる。日中戦争下の1937年12月、日本軍により南京が陥落すると、傀儡政権である汪兆銘の中華民国維新政府（後の汪兆銘政権）が発足し行政院、立法院、監察院、考試院、交通部、鉄道部、日本陸軍第16師団司令部などが置かれる。1945年に日本が連合国に対し降伏したことにより、汪兆銘政権も崩壊する。1946年5月に重慶国民政府が南京に戻り、社会部、地政部、水利部、僑務委員会、主計処、軍令部、総統府軍務局、首都衛戍総司令部などが置かれる。1948年5月20日に蒋介石が総統、李宗仁が副総統を務めてからは、国民政府から総統府の名称に変わる。国共内戦勃発後の1949年4月23日に人民解放軍が南京を占領すると、総統府は同月24日に人民解放軍によって占拠される。中国共産党による南京「解放」後も、総統府には中華人民共和国の政府機関がおかれたが、1980年代には他の場所に移っていった。
1998年に総統府旧址に南京中国近代史遺址博物館の建設が計画され5年の歳月がかけられ2003年に完成する。総統府HPにて「南京中国近代史遺址博物館」が総統府の正式名称と確認できるが、入場券には「南京中国近代史遺址博物館」の文字は見当たらない。一般的な名称は「総統府」であり、最寄のバス停も「総統府」である。