学校教育法施行規則に基づき、中学校の教育課程は、必修教科、選択教科、道徳、特別活動、総合的な学習の時間によって編成されている。私立学校では、道徳に代えて宗教を設けることもできる。

必修教科

国語 - 書写を含む。

社会 - 地理的分野、歴史的分野、公民的分野

数学

理科 - 第1分野（物理、化学）、第2分野（生物、地学）

音楽 - 器楽合奏を含む。

美術

保健体育 - 体育分野、保健分野

技術・家庭 - 技術分野、家庭分野

外国語 - 英語を原則とする。

以前には職業という教科もあったが、徐々に技術・家庭に統合されていった。以前は、外国語として履修させる言語として、英語以外の外国語を扱っても良いことになっていたが、新しい学習指導要領では、原則として英語を扱うものとしている。なお、選択教科については、英語以外の言語を扱うことも認められている。

選択教科

国語、社会、数学、理科、音楽、美術、保健体育、技術・家庭、外国語、その他特に必要な教科


道徳

特別活動

学級活動、生徒会活動、学校行事


総合的な学習の時間

宗教（私立学校のみ存在）

中学校における学級

通常の学級と特別支援学級

通常の学級とは、障害のない生徒を主として編成される学級のことであり、特別支援学級とは、障害のある生徒のために編成される学級のことである。多くの生徒は、通常の学級に所属するが、知的障害や発達障害などの障害がある生徒は、特殊学級に所属することもある。（詳しくは、「特別支援学級」を参照のこと。）

単式学級と複式学級

単式学級とは、一つの学年だけが所属する学級であり、複式学級とは、二学年以上が所属する学級である。大多数の学級は単式学級だが、過疎地などでは複式学級もよく見られる。

その他の学級

一部の中学校では、主に帰国生徒などを対象に国際学級・帰国者学級・帰国生徒学級などの名称の学級で語学力に配慮した授業を行なっている。

夜間学級については下記を参照。

中学校における教育形態

通常の授業

一般的な中学校では、月曜日から金曜日または土曜日に、朝から午後まで5〜7時間程度の授業が行われ、ほぼすべての学齢期の中学生は、この時間帯に学習活動を行う。一般的な特徴としては、制服の学校が多い、若年の生徒が多い、就労している生徒がほとんどいないなどの点があげられる。高等学校の用語でいえば、全日制の課程に相当する。

しかし、学齢超過者（4月1日時点で15歳以上の人）については、このような一般的な教育を受けることが困難であることが多く、学齢期の生徒が在学する一般的な中学校に新入学・編入学しようとしても拒否される場合もある。（詳しくは、「学齢」「過年度生」を参照のこと。）

二部授業（夜間授業など）

二部授業とは、学校に在学する生徒を複数の組に分けて、別々の時間帯で授業を行うことである。学校教育法施行令（昭和28年政令第340号）の第25条（市町村立小中学校等の設置廃止等についての届出）の第5号を根拠としている。校舎などの学校施設が、在学する生徒数に対して極端に不足している場合などに行われることもあるが、現代社会においては、昼間に通学して学習することが困難である人のために、夜間にも授業を行うことを指すことが多い。

中学校における夜間の授業は、各学校において「夜間部」「夜間学級」などと名称が定められ、夜間中学校（やかんちゅうがっこう）などとも通称されることが多い。夜間の授業は、夕方5時30分ごろから授業が開始され、9時ごろに終わる、4時限の課程である。基本的には、学齢超過者だけが在籍する。なお、夜間の授業は、二部授業（時間帯別に生徒を分けた授業）として認可されているため、夜間に授業を行う中学校は、通例、昼間にも授業を行っている。

夜間の授業を受けている人には、日本国籍を有していない人や同和地区の出身者など、ほとんど文字の読み書きができない成年の生徒も多く、そういった学齢超過者は、日本の現在の受け入れ態勢のもとでは小学校に入学することが困難であるため、中学校における夜間の授業は、日本語教室、識字教室、小学校の代替としての役割も果たさざるを得ないといわれている。また、授業時間は、昼間の授業よりも少ないことが多く、授業は、「中学校学習指導要領」（文部科学省告示）を完全に模倣することが難しい。そのため、国語、数学のように、日常生活の基本となる教科が重視され、それ以外の教科や実技教科（保健体育など）に割り当てられる時間数は少ない。